신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 위탁자인 청구법인으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

신탁계약에 따라 수탁자가 위탁자로부터 신탁재산의 소유권을 이전받은 다음 그 신탁재산을 관리ㆍ처분하면서 재화를 공급하는 경우에는 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 봄이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 부동산 개발 및 공급업을 주요사업으로 하는 법인으로 OOO 신축.분양사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)과 관련하여 ㈜AAA과 관리형토지신탁계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하고 2017년 제1기 부가가치세 과세기간 중 신탁재산을 처분(분양)한 것에 대해 부가가치세를 신고하였다.

나. 청구법인은 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 보아야 한다는 법원 판결OOO을 근거로 쟁점사업 관련 부가가치세 납세의무자는 위탁자인 청구법인이 아니라 수탁자인 ㈜AAA이므로 신탁재산 처분과 관련하여 신고한 2017년 제1기 부가가치세 합계 OOO원(아래 ＜표1＞ 참조)의 환급을 구하는 내용으로 2022.7.22. 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 2022.9.19. 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.10.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 위탁자가 아닌 수탁자로 판시한 쟁점판결에 따라 이 건 부가가치세 납세의무자는 수탁자이다. (가) 대법원은 쟁점판결을 통해 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세 납세의무자에 관하여 종전에 처분 등으로 발생한 이익이 최종적으로 귀속되는 자를 기준으로 하여 자익신탁의 경우에는 위탁자, 타익신탁의 경우에는 수익자로 보던 해석을 변경하여 “부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 그 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자”라고 명확하게 판시하였고, 이후 신탁과 관련한 부가가치세 납세의무를 판단하는 사안에서 수탁자를 납세의무자로 보는 입장을 견지하였다OOO. (나) 쟁점판결은 위탁자에게 부가가치세 납세의무가 있다고 보았던 이전의 판례해석을 변경하여 위탁자가 부가가치세 납세의무를 부담하지 않는다고 명시적으로 판시한 전원합의체 판결로, 대법원이 신탁 관련 부가가치세 납세의무자를 판단하는 데 고려하여야 할 「부가가치세법」상 규정을 종합적으로 검토한 결과 종전 해석이 잘못되었음을 다툼 없이 확인한 데에 그 의의가 있는바, 쟁점판결에 따라 위탁자인 청구법인이 납세의무를 부담하지 않음에도 불구하고 잘못된 종전 해석에 따라 부가가치세를 납부하였음이 밝혀진 이상, 과오 납부된 부가가치세를 감액 경정하는 것이 조세 정의에 합당하다.

(다) 쟁점판결은 신탁 관련 부가가치세 납세의무자를 판단하는 것과 관련된 법률조항의 내용을 명시적으로 확인한 것에 지나지 아니하며 이로써 법률조항 자체가 변경된 것이 아님에도 불구하고 기획재정부는 아무런 법률상 근거 없이 질의회신일인 2017.9.1.부터 신탁 관련 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 하고, 쟁점판결일 이후 질의회신일 전까지 수탁자를 부가가치세 납세의무자로 하여 신고한 경우에는 수탁자를 납세의무자로 할 수 있다고 하여 행정편의 목적에서 시점에 따라 신탁 관련 부가가치세 납세의무자를 자의적으로 달리 판단하였는바, 만약 이러한 기획재정부의 회신내용에 따라 위탁자인 청구법인이 법률상 부가가치세 납세의무를 부담하지 않음이 명백한데도 과오 납부한 부가가치세를 감액 경정 받지 못한다면 이는 조세법률주의 원칙 및 조세 형평에 반하는 심히 부당한 처사라 할 것이다. (라) 조세심판원도 위와 같은 취지에서 부가가치세 납세의무자의 판단 근거는 원칙적으로 법률 규정이지 판례가 아니고 판례는 그 법률 규정의 내용을 확인하는 것에 지나지 아니한 점, 기획재정부는 대법원 변경판결 취지에 따라 신탁재산의 공급에 따른 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 본다고 하면서도 예규 생산일인 2017.9.1. 이후 공급분부터 적용하도록 하였으나 질의회신일을 기준으로 하여 부가가치세 납세의무자에 대한 판단을 달리할 이유는 없어 보이는 점 등에 비추어 해당 과세기간의 관리형토지신탁계약에 따른 신탁재산 처분에 대한 부가가치세 납세의무자는 위탁자가 아닌 수탁자인 신탁회사가 되어야 한다고 판단한 바 있으며OOO, 같은 취지에서 분양관리신탁 계약에 따른 신탁재산 처분에 있어서도 부가가치세 납세의무자는 수탁자인 신탁회사가 되어야 판단한 바 있다OOO.

(2) 신탁재산을 수탁자의 명의로 양도할 때에는 원칙적으로 위탁자를 부가가치세 납세의무자로 본다는 신설규정은 2018.1.1. 이후 시행되었으므로 2017.12.31. 이전에 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세 납세의무자는 수탁자로 보아야 한다.(가) 2017.12.19. 개정된 「부가가치세법」(제15223호)에서는 신탁재산을 수탁자의 명의로 매매할 때에는 위탁자가 직접 재화를 공급하는 것으로 본다는 규정을 신설하였으나(제10조 제8항), 당해 신설규정은 같은 법 부칙 제1조 및 제2조에 따라 2018.1.1. 이후에 적용되었는바, 이 건 경정청구 대상인 2017년 제1기분 부가가치세에 대해서는 위 신설규정이 적용되지 않으므로 위 기간에 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세 납세의무자는 종전 법률조항 및 쟁점판결에 따라 수탁자로 판단함이 타당하다.(나) 이 건 신설규정은 기본적으로 신탁재산 관련 조세채권의 일실방지 취지에서 신설된 것으로 단서에 담보신탁으로서 위탁자에 대한 채무이행을 위해 신탁재산을 처분하는 경우에는 수탁자를 재화의 공급자로 보도록 하는 규정을 두었고, 부가가치세 체납 시 수탁자의 보충적 물적납세의무를 함께 규정하였으며, 2020.12.22. 「부가가치세법」 개정 시 이 건 신설규정은 신탁 관련 부가가치세제 합리화 목적에서 결국 삭제되었고, 신탁 관련 부가가치세 납세의무자를 원칙적으로 수탁자로 전환하는 규정이 신설되었는바, 이와 같은 「부가가치세법」 개정연혁을 종합적으로 고려하여 볼 때, 신탁재산에 따른 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 하는 것이 신탁 관련 부가가치 세제상 합리적이므로 이 건 신설규정이 시행되기 전인 2017년 제1기의 신탁 관련 부가가치세 납세의무자는 종전 법률조항 및 쟁점판결에 따라 수탁자로 판단함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 주장의 근거로 삼은 쟁점판결은 담보신탁의 경우로 수탁자가 실질적 통제권을 취득한 것으로 보아 납세의무자를 수탁자로 판시한 것으로 신탁계약별 실질적인 사업의 주체가 다르므로 모든 신탁계약에 대해 수탁자에게 재화가 실질적으로 이전되었다고 보아 쟁점판결을 적용할 수 없고, 신탁계약 시 소유권이 위탁자에서 수탁자로 이전되었더라도 이는 형식적으로 소유권이 이전된 것일 뿐으로 재화에 대한 사실상 소유자 지위(실질적 통제권)가 이전되었다고 볼 수 없는바, 정상적으로 분양을 완료한 이 건의 경우 납세의무자는 실질적 통제권을 행사한 위탁자가 되는 것이다.

(2) 아래와 같이 쟁점사업의 신탁계약서 내용을 보면 실질적인 사업의 주체가 위탁자임이 확인된다. (가) 쟁점계약 제1조(신탁목적) 제1항을 통해 신탁의 목적은 수탁자가 신탁토지 위에 신탁건물을 건축한 후 토지와 건물을 신탁재산으로 하여 이를 분양(처분)하는 데에 있음을 알 수 있다. (나) 쟁점계약의 특약사항 제1조(특약의 목적) 제2항에서 청구법인은 사업부지의 제공, 사업비의 조달, 인허가, 분양자 및 분양수입금 등 분양 관련 업무 일체 등 본 사업 관련 전반 업무를 행하는 반면, 신탁회사는 본 사업의 수행상 필요한 자금의 조달 및 시공상의 하자, 분쟁 및 민원의 처리와 해결 등에 대해서는 일체의 책임을 지지 않는다는 내용이 확인된다. (다) 특약사항 제4조(신탁재산의 인도 및 계약의 효력) 제3항에서 권리의무승계계약으로 인한 제반의무는 청구법인이 그 책임과 비용을 부담함에 따라 실질적으로 청구법인의 의무임을 알 수 있다. (라) 특약사항 제6조(신탁보수) 제1항에서 본 신탁업무에 따른 신탁회사의 신탁보수는 청구법인의 부담으로 한다는 조항을 통해 수탁자가 신탁사업에서 수수료만을 받는 대외적 사업주체에 불과함을 알 수 있다. (마) 특약사항 제7조(업무분담 및 신의성실) 제2항 제9호 마목의 “매도인·공급자·실질적 사업주체로서의 모든 책임과 채무부담” 및 제10호의 “청구법인 또는 신탁회사 명의로 부과되는 제부담금 및 제세공과금 신고·납부, 제수수료의 부담”을 보면, 본 사업 시행과 관련한 일체의 업무를 청구법인의 책임과 비용으로 수행하여 실질적인 사업의 주체가 청구법인임을 알 수 있다. (바) 특약사항 제12조(자금의 조달 및 이자) 제2항과 같이 본 사업 수행상 필요한 자금의 조달책임은 위탁자인 청구법인에 있다.

(사) 특약사항 제18조(분양자 관리 및 분양계약 등)에 따르면 분양계약 및 계약자 관리 등 실질적인 분양업무는 청구법인이 수행하며, 분양계약상 공급인 또는 매도인의 지위를 수탁자로 하는 경우에도 수분양자에 대한 제반 관리 업무 및 수탁자에게 발생하는 일체의 의무는 위탁자인 청구법인이 부담한다. (아) 특약사항 제33조(신탁해지 및 사업장 매각 등) 제1항의 “甲의 부도, 파산 등의 사유로 본 사업의 정상적인 진행이 불가하다고 판단할 경우, 丙은 丁과 협의하여 甲의 동의 없이 단독으로 본 사업장 전체를 일괄 매각 할 수 있다”는 조항은 신탁계약에서 수탁자가 단독으로 집행할 수 있는 것은 위탁자의 부도발생 등 사업을 원활히 추진하지 못할 경우 위탁자의 의사와 관계없이 부동산을 매각할 수 있는 권원이 생기는 것으로 정상적으로 사업이 진행되어 채무불이행으로 인한 환가사유가 발생하지 않은 이 건의 경우는 신탁회사가 법률상 주체가 되어 신탁된 부동산을 처분하는 경우와는 관련이 없다. (자) 분양계약서상 청구법인을 위탁자로 표기하였고 수탁자는 위임을 받은 것으로, 수분양자는 신탁계약에 따른 분양임에도 실질적인 거래의 당사자인 공급자가 청구법인임을 충분히 인지 할 수 있다.

(3) 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 통제. 지배하고 있고 경정청구 대상 기간인 2017년제1기는 기획재정부 질의회신 적용 대상(2017.9.1. 이후 공급분부터)에도 해당하지 않으므로 위탁자를 납세의무자로 봄이 타당하다. (가) 청구법인이 제시한 쟁점판결은 담보신탁에 대한 판시로서 부동산담보신탁계약의 환가사유가 발생하여 수탁자가 위탁자의 의사와 관계없이 우선수익자에게 신탁재산이 이전되는 경우로 재화를 공급한 수탁자를 납세의무자로 본 것이므로 이 건과 같이 수탁자는 위임받은 관리업무를 수행하는 소극적 역할에 그치고 위탁자가 분양계약의 당사자로서 사업비 조달의무를 부담하는 등 사업의 주체로서 실질적인 통제권을 가지며 정상적으로 사업이 진행되는 신탁계약의 경우까지 동일하게 적용함은 타당하지 않다. (나) 쟁점판결 이후 기획재정부는 신탁 유형에 관계없이 납세의무자는 수탁자임을 회신OOO하였으나 이는 2017.9.1.부터 2017.12.31.까지만 유효하며, 이후 세법개정으로 2018.1.1. 이후 신탁부동산 처분 시 납세의무자를 일반적인 경우 위탁자로 규정하면서 다만, 위탁자의 채무이행 담보목적 신탁의 경우 수탁자가 채무불이행을 사유로 신탁재산 처분 시 수탁자임(「부가가치세법」 제10조제8항)을 명확히 하였으므로 2017.9.1.부터 2017.12.31.까지 기간을 제외하고는 일관되게 위탁자가 납세의무자에 해당하고 쟁점판결을 자의적으로 해석하여 수탁자로 납세의무자를 변경하는 것은 법률상 원인 없는 행위로 볼 수 있다.

(다) 또한, 청구법인이 수탁자가 대외적 사업의 주체라는 이유만으로 수탁자가 납세의무자이며, 위탁자는 재화·용역의 공급주체가 되는 납세의무자에 해당하지 않는다고 주장한다면, 매출 관련 매입세액도 위탁자의 매입세액이 아닌 것으로 매입세액 불공제하여 경정청구 할 세액을 확정해야 하므로 이 건 경정청구의 주요 쟁점인 납세의무 존부와 별개로 경정청구세액은 OOO원으로 변경됨이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 위탁자인 청구법인으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부나. 관련 법률

(1) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 14387호로 일부개정된 것)제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

(2) 부가가치세법(2017.12.19. 법률 15223호로 일부개정된 것)제10조(재화 공급의 특례)

⑧ 신탁재산을 수탁자의 명의로 매매할 때에는「신탁법」 제2조에 따른 위탁자(이하 "위탁자"라 한다)가 직접 재화를 공급하는 것으로 본다. 다만, 위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 대통령령으로 정하는 신탁계약을 체결한 경우로서 수탁자가 그 채무이행을 위하여 신탁재산을 처분하는 경우에는 수탁자가 재화를 공급하는 것으로 본다.

(3) 부가가치세법(2020.12.22. 법률 17653호로 일부개정된 것)제3조(납세의무자)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가·지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격 없는 사단·재단 또는 그 밖의 단체는 이법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

② 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 공급하는 때에는「신탁법」 제2조에 따른 수탁자가 신탁재산별로 각각 별도의 납세의무자로서 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는「신탁법」 제2조에 따른 위탁자가 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 위탁자 명의로 공급하는 경우

2. 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배·통제하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

3. 그 밖에 신탁의 유형, 신탁설정의 내용, 수탁자의 임무 및 신탁사 무 범위 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우

(4) 신탁법제2조(신탁의 정의) 이 법에서 “신탁”이란 신탁을 설정하는 자(이하 “위탁자”라 한다)와 신탁을 인수하는 자(이하 “수탁자”라 한다) 간의 신임관계에 기하여 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산(영업이나 저작재산권의 일부를 포함한다)을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고 수탁자로 하여금 일정한 자(이하 “수익자”라 한다)의 이익 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 그 밖에 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률 관계를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 관리형토지신탁계약서(2부)에 따르면, 청구법인은 2015년 2월 및 8월에 ㈜AAA과 쟁점사업과 관련한 관리형토지신탁계약(쟁점계약)을 체결한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점판결의 판단부분의 내용은 OOO와 같다.

(3) 청구법인이 경정청구 한 세액 OOO원은 신탁재산 처분 관련 매출세액만 감액할 경우로서 동 매출과 관련하여 공제받은 매입세액에 대한 감액은 반영하지 않은 것이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점판결은 담보신탁의 경우로서 수탁자가 실질적 통제권을 취득한 것으로 보아 납세의무자를 수탁자로 판시한 것이어서 이 건에 적용할 수 없고, 쟁점사업 관련 신탁계약서 내용으로 보아 신탁재산에 대한 사실상 소유자 지위(실질적 통제권)가 수탁자로 이전되었다고 볼 수 없으며, 이 건 경정청구 대상 기간인 2017년제1기는 기획재정부 질의회신 적용 대상(2017.9.1. 이후 공급분부터)에도 해당하지 아니하므로 이 건 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 청구법인으로 보아야 한다는 의견이나, 신탁계약에 따라 수탁자가 위탁자로부터 신탁재산의 소유권을 이전받은 다음 그 신탁재산을 관리ㆍ처분하면서 재화를 공급하는 경우에는 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 봄이 타당한 점OOO, 기획재정부는 쟁점판결 취지에 따라 신탁재산의 공급에 따른 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 본다고 하면서 예규 생산일인 2017.9.1. 이후 공급분부터 적용하도록 하였으나, 질의회신일을 기준으로 하여 부가가치세 납세의무자에 대한 판단을 달리할 이유는 없어 보이는 점 등에 비추어 신탁재산 처분과 관련하여 처분청이 청구법인의 공제받은 매입세액을 불공제하여 과세할 수 있음은 별론으로 하더라도 이 건 신탁재산 처분에 따른 납세의무자를 청구법인으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못인 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.