중소기업특별세액감면 적정 여부(기각)

복수의 감면업종을 영위하는 청구법인의 감면소득을 산정함에 있어 특정감면업종의 결손금을 다른 감면업종의 소득에서 차감하여 감면세액을 재계산하고 가산세를 가산하여 법인세를 과세한 처분은 타당한 것임

1. 처분개요

가. 청구법인은 1974.6.1. 석탄화학 관련제품 제조 및 판매업으로사업자등록을 한 법인사업자로서, 2004사업연도, 2006사업연도 및 2007사업연도 법인세 신고시「조세특례제한법」제7조의 규정에 의한 중소기업특별감면세액을 산정함에 있어 도매업에서 발생한 결손금을 제조업의 소득에서 차감하지 아니하고 계산한 감면세액을 2004사업연도분 68,197,495원, 2006사업연도분 169,827,617원, 2007사업연도분 49,757,284원으로 하여 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인이 감면세액을 과다하게 산정한 것으로 보아 제조업의 소득에서 도매업의 결손금을 차감하여 감면세액을 재계산하고2009.6.1. 청구법인에게 법인세 2004사업연도분2,098,080원, 2006사업연도분 23,428,030원 및 2007사업연도분 16,104,530원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.7.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「조세특례제한법」제7조에서 감면소득을 업종별로 구분하고 조세정책상 각 업종별로 감면율을 차등하여 규정하고 있으며,「법인세법 시행령」제96조제1항에서는 결손금 등의 공제액이 감면사업에서 발생한 경우 동 감면사업에서 공제하도록 규정하고 있으므로, 감면소득의 범위의 판단에 있어 순액감면소득으로 해석하게 되면 결손금이 있는 감면업종이 다른 업종에서 차감되는 결과를 가져와 업종별 감면율을 다르게 한 입법취지를 살리지 못하는 결과가 초래되므로, 처분청과 같이 논리적 근거가 없고 부당하게 감면소득을 감소시키는 순액감면소득액으로 해석할 것이 아니라 각사업연도소득금액 범위 내에서 각각의 감면대상소득으로 해석하여야 한다.

(2) 청구법인은 감면소득을 순액으로 하지 아니한다는 예규에 따라 신고하였는데, 2004년 이후 명확한 해석이 없었고 그 이전의 해석이 불분명한 세법규정에 대하여 2008년 세법해석의 입장을 변경하고 소급하여 본세에 가산세까지 부과한 것은 소급과세 금지 및 신의성실의 원칙에 위배되므로 가산세 부과처분 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 감면세액 계산시 감면사업에서 발생한 결손금은 감면대상소득에서 차감하여야 하고 감면소득간 통산하지 아니한다면 소득이 동일한 법인간 감면세액이 달라지는 형평상의 문제가 발생하게 되며, 2003.7.22.자 국세청의 예규는 통산하지 아니한다는 기존예규를 변경·치유한 것으로 이후 생산된 예규 등에서 감면소득간 통산하는 것으로 일관되게 해석하였으므로 이에 따라 적법하게 결정한 것이다.

(2) 2003.7.22.자 국세청 예규는 감면소득간 통산하지 아니한다는 기존예규를 변경·치유한 것으로 새로운 해석의 적용시기는 그 이후 신고 또는 경정하는 분부터 적용되는 것이므로 소급과세금지 및 신의성실원칙에 위배되지 아니하므로 가산세를 가산하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」상 복수의 감면업종을 영위하는 청구법인의 감면소득을 산정함에 있어 특정감면업종의 결손금을 다른 감면업종의 소득에서 차감하여 감면세액을 재계산하고 가산세를 가산하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2011년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

1. 감면업종마. 제조업아. 도매 및 소매업처. 물류산업

2. 감면비율가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광사업(이하이 조에서 “도매업 등”이라 한다)을 영위하는 사업장 : 100분의 10나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 20다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 30라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 “중기업”이라 한다)이 수도권외의 지역에서 도매업 등을 영위하는 사업장 : 100분의 5마. 중기업의 사업장으로서 수도권 안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장 : 100분의 10바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 15(2)법인세법 제59조【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

4. 제58조의3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다.

(3)법인세법 시행령 제96조【감면 및 세액공제액의 계산】

① 법 제59조 제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 이월결손금ㆍ비과세소득 또는 소득공제액(이하 이 항에서 “공제액 등”이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

1. 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액전액

2. 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 것인지의 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료 등에 의하면, 청구법인은 1974.6.1.부터OOOO OO시에서 도료 제조 및 도매업 등을 영위하는 중소기업으로서, 2004사업연도, 2006사업연도 및 2007사업연도 법인세 신고시「조세특례제한법」제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액 감면소득을 산정함에 있어 2개의 감면사업소득(제조업, 도매업) 중 도매업에서 발생한 결손금을 제조업의 소득에서 차감하지 아니하고 계산한 감면소득과 감면세액으로 법인세를 신고하였고,처분청은 청구법인이 도매업에서 발생한 결손금을 제조업의 소득에서 차감하지 아니함으로써 감면소득과 감면세액을 과다하게 산정한 것으로 보아 도매업의 결손금을 제조업의 소득에서 차감하여 감면소득과 감면세액을 재계산하고 가산세를 가산하여 이 건 법인세를 과세하였음이 확인된다.

(2) 청구법인은「조세특례제한법」제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액감면은 감면대상사업별로 계산하는 것이므로 처분청과 같이 결손금을 통산한 순액감면소득으로 하지 아니하고 각사업연도소득금액 범위 내 금액을 감면대상소득금액으로 하여야 하며, 또한 감면소득을 순액으로 하지 아니한다는 국세청의 예규를 믿고 신고한 것인데도 이 건 가산세까지 부과한 처분은 부당하다는 주장이다.

(3) 감면소득의 산정과 관련한 2003.1.21.자 국세청의 예규(OOOOOOOOOOOOO)는 감면율이 서로 다른 2개 이상의 감면사업을 영위하고 별도의 과세소득이 발생한 법인에 대해 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 1개 감면사업에서 결손이 발생한 경우 당해 결손금을 다른 감면사업의 소득에서 공제하지 아니하고 감면소득과 감면세액을 계산하는 것으로 하고 있고(다른 감면소득의결손금을 통산하지 아니하고 소득이 발생한 감면사업소득에 대하여만 감면 적용), 그 후 국세청의 예규(OOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO O OOOOOOOO, OOOOOOOOO)는 이 건 과세처분과 같이 감면사업에서 발생한 결손금을 다른 감면사업의 소득에서 공제하는 것이 타당한 것으로 해석하고 있다.

(4) 살피건대,「조세특례제한법」에 따라「법인세」가 감면되는2개 이상의 감면사업을 겸영하는 법인이 그 감면대상소득을 계산함에 있어 감면되는 사업 중 일부 업종에서 결손금이 발생한 경우에는「법인세법 시행령」제96조제1항 제1호에 따라 해당 결손금 전액을 감면대상소득에서 공제하는 것이므로(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O), 처분청이 청구법인의 2개 감면사업 중 도매업에서 발생한 결손금을 제조업의 소득에서 공제하는 것으로 감면소득과 감면세액을 재계산하고 가산세를 가산하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.