재건축아파트입주권 양도시 장기보유특별공제를 기존부동산의 양도차익뿐만 아니라 입주권의 양도차익에 대하여도 적용하여야 한다는 청구주장의 당부(취소)

입주권의 장기보유특별공제율 적용시 보유기간은 종전주택 취득일부터 입주권 양도시까지 계산하는 것이므로, 쟁점 아파트분양권 양도에 대한 분양권 양도차익에 장기보유특별공제를 적용하지 않은 것은 부당함

1. 처분개요

청구인은 1982.12.2 취득한 OOOOO OOO OOO OOO OO OOOOO OOO OOO호(40.62㎡이고, 이하 “기존주택”이라 한다)를 2002.1.14 사업승인을 받은 재건축사업에 출자하고 조합원 자격으로 분양받은 같은 곳 OOOOOOO OOOO OOOO호의 분양권(143.2635㎡로서 43평형이고, 이하 “쟁점아파트분양권”이라 한다)을 2005.4.12 서OO외 1인에게 1,150백만원에 양도하고 양도가액 6억원을 초과하는 고가주택의 양도차익계산시 기존주택의 취득일로부터 사업계획승인일까지의 기간에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하여 2005.4.29 양도소득세 89,115,510원을 예정신고·납부 하였다. 2005.10.10 청구인은 쟁점아파트분양권의 양도차익계산시 기존주택의 양도차익 뿐만 아니라 사업계획승인일 이후인 분양권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여 기 납부한 양도소득세 28,268,370원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 처분청은 청구인의 위 경정청구에 대하여 국세기본법 제45조의 2 제3항에 규정된 처리기간(2월 이내)내에 청구인에게 아무런 통지를 하지 아니하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.2.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

이 건과 같이 쟁점아파트의 입주권이 1세대1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도소득세가 과세되는 경우에는 기존주택 뿐만 아니라 분양권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당한 것(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO)이므로 분양권의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부(부작위)한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

소득세법 제95조 제2항 및 제3항, 소득세법시행령 제166조 제1항 제2호에서 고가주택의 장기보유특별공제는 소득세법 제94조 제1항 제1호의 토지 및 건물에 대하여 적용한다고 규정 하고 있으므로 “부동산을 취득할 수 있는 권리”부분에 대하여는 장기보유특별공제를 적용할 수 없는 것이고, 또한 국세청예규(재산46014-20, 2001.1.4)에서 양도소득의 범위를 판정함에 있어 도시재개발법에 의한 관리처분계획인가일 또는 주택건설촉진법에 의한 사업계획승인일부터 당해 재개발 또는 재건축아파트의 사용검사필증교부일까지는 이를 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보아 양도소득세를 과세하는 것 이라고 유권해석하고 있으므로 부동산을 취득할 수 있는 권리인 분양권에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구는 부당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 재건축아파트입주권 양도시 장기보유특별공제를 기존부동산의 양도차익뿐만 아니라 입주권의 양도차익에 대하여도 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지정공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

(2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15 {제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만의 주택(이하 이 항에서 “기준면적 미만 고가주택”이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25}

3. 당해자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30( 기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50 )

③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 소득세법시행령 제159조의2 【기준면적 미만 고가주택】법 제95조 제2항 제2호에서 “대통령령령이 정하는 면적기준 미만인 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적 (주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다) 이 149제곱미터 미만인 주택

(4) 소득세법시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】

① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 양도가액 - 6억원 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 ×--------------- 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 양도가액 - 6억원 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액× --------------- 양도가액

(5) 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우 {양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비} + {(기존건물과 그 부수토지의 평가액- 기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비}

2. 청산금을 지급받은 경우 {양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 -지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비} + {(기존건물과 그 부수토지의 평가액- 기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비}×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 -지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액 다 . 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1982.12.2 취득한 기존주택을 재건축사업계획승인일(2002.1.14) 이후 쟁점아파트분양권으로 전환된 상태에서 2005.4.12 서OO에게 1,150백만원에 동 분양권을 양도함으로써 양도가액 6억원을 초과하는 고가주택의 분양권을 양도한 사실과 양도차익 계산시 부동산과 분양권의 양도로 구분하여 과세된 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점아파트분양권의 양도가액 중 6억원을 초과하는 고가주택 부분에 대한 양도차익중 부동산의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하여 이 건 양도소득세를 신고·납부하였다가 분양권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하라고 경정청구를 한데 대하여 그 처리기간인 2월내에 청구인에게 아무런 통지를 하지 아니한 사실이 처분청의 답변서 내용에 의하여 확인된다.

(3) 청구인이 제시하는 양도소득과세표준 및 자진납부계산서에 의하면, 청구인은 1세대 1주택으로서 고가주택에 해당하는 쟁점아파트분양권을 양도하고 양도가액 6억원을 초과하는 부분의 양도차익을 계 산하면서 기존주택의 취득일부터 사업계획승인일까지의 부동산 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제 107,055,994원을 적용하여 2005.4.29 예정신고를 하고 양도소득세 89,115,510원을 자진·납부한 사실이 확인된다.

(4) 과세표준 및 세액의 경정청구서에 의하면, 청구인은 쟁점아파트의 양도차익 계산시 기존주택 부분만 아니라 분양권 부분에 대하여도 장기보유특별공제를 적용함으로써 동 공제액을 당초 107,055,994원에서 222,799,803원으로 증액하여 2005.10.10 기 납부한 양도소득세 28,268,370원의 환급을 구하는 경정청구를 한 사실이 확인된다.

(5) 기존주택의 등기부등본 및 쟁점아파트분양권의 분양계약서에 의하면 전용면적이 40.62㎡인 아파트로서 공동주택에 해당하는 기존주택을 10년 이상 보유하다가 양도하였고, 청구인이 분양받은 쟁점아파트의 전용면적은 143.2635㎡로서 기존주택면적을 적용하든지, 새롭게 분양받은 아파트의 면적으로 하든 소득세법시행령 제159조의2 제2호에 규정된 주택의 전용면적이 149제곱미터 미만인 주택에 해당됨을 알 수 있다.

(6) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 소득세법시행령 제155조 제16항에서 1세대 1주택자인 재건축조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주권이 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있고, 입주권을 1세대 1주택으로 의제하는 경우에 동 입주권의 양도가액이 6억원을 초과하면 이를 고가주택으로 보아 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세할 수 있도록 규정하고 있다.

(7) 위와 같은 법리에 의하여 입주권이 1세대 1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도소득세를 과세하는 경우에는 장기보유특별공제액의 계산시 입주권을 주택으로 의제함이 타당하며, 입주권을 주택으로 보는 경우 양도하는 주택은 기존주택이 아니라 입주권에 의해 새로 취득할 주택으로 봄이 합리적이므로 장기보유특별공제율 적용시 보유기간은 종전주택의 취득일부터 입주권 양도시까지 계산하고 주택의 면적기준도 새로 분양받을 주택의 면적을 기준으로 하는 것이 타당하다고 할 것이다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OOOO OO OO).

(8) 따라서 처분청이 쟁점아파트분양권 양도에 대한 분양권양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거분한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기 본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한 다.