부동산매매용역 대행계약에 의거 사업장으로 사용하던 부동산의 매각과 관련하여 그 수수료를 지급하고 수취한 세금계산서를 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부(경정)

토지의 양도와 관련하여 지출된 비용에 해당되므로 토지관련 매입세액에 해당되지 않음

1. 처분개요

청구법인은 사업용으로 사용하던 OOO OOO OOO OOOO OOOOO번지 소재 토지 11,740㎡ 및 건물 10,489㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 매각과 관련하여 부동산 매매용역 대행업자인 청구외 주식회사 OOOO(이하 “OOOO”이라 한다)에게 수수료 330,000천원을 지급하고 2004.9.20 OOOO으로부터 공급가액 300,000천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2004년 2기분 부가가치세 신고시 그 매입세액 30,000천원을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 매각시 건물철거 후 토지만을 매각하였다하여 쟁점세금계산서의 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 그 매입세액을 불공제하여 2005.2.7 청구법인에게 2004년 2기분 부가가치세 25,157,480원을 결정·고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 2005.3.4 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 OOOO으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 청구법인의 주된 사업에 사용하던 쟁점부동산을 매각하면서 발생한 용역의 대가로서 동 부동산의 매각을 부가가치세가 면제되는 재화를 공급하는 사업으로 볼 것이 아니라부가가치세법시행령 제3조제2호의 규정에 의한 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역으로 보아 그 매입세액 30,000천원을 매출세액에서 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

부가가치세법 제17조제2항 제4호의 규정에 의하면 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이므로 청구법인이 사업장으로 사용하던 쟁점부동산의 매각과 관련하여 OOOO에게 지급한 수수료는 면세재화인 토지와 관련된 매입세액으로 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점부동산매매 용역 대행계약에 의거 사업장으로 사용하던 부동산의 매각과 관련하여 그 수수료를 지급하고 수취한 쟁점세금계산서를 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련법령

부가가치세법 제12조【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거하는 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액부가가치세법시행령 제3조【부수재화 또는 용역의 범위】법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점세금계산서 수취와 관련하여 2004.6.23 청구법인과 OOOO 사이에 부동산매매 용역 대행계약(이하 “쟁점용역대행계약”이라 한다)을 체결한 사실, 2004.9.2 쟁점부동산의 건물을 철거한 후 토지를 양도한 사실, 2004.9.20 청구법인이 OOOO에게 쟁점용역대행계약의 대가로 3억3천만원을 지급하고 쟁점세금계산서를 수취한 사실, 2004.10.25 2004년 제2기 예정분 신고시 쟁점세금계산서를 매출세액에서 공제하여 신고한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청이 제시하는 부가가치세 조사종결복명서에 의하면 청구법인은 제과 및 제빵류 케이스를 제조하는 업체로서 쟁점부동산을 양도하는 과정에서 발생한 중개수수료와 건물철거비용·비영업용승용차 구입과 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였으므로부가가치세법 제17조제2항 제4호 및 제2항 제3호에 의거 매입세액 불공제하고 조사종결코자 한다는 내용이 기재되어 있음을 확인할 수 있다.

<표1>

매입세액불공제 대상 세금계산서 내역(OOOO)

(3) 청구법인이 제시하는 청구법인과 OOOO이 체결한 쟁점용역대행계약서(2004.6.23)에 의하면 아래와 같은 내용이 약정되어 있음을 확인할 수 있다.

ㅇ 제1조(용역기간) 매매에 대한 용역기간은 계약일로부터 2개월간(2004.6.23～2004.8.22)로 하며 필요시 상호 협의에 의하여 조정할 수 있다.

ㅇ 제3조(용역수수료 및 지급방법) 용역수수료는 매매계약 이행완료시 부가가치세를 포함하여 330,000천원으로 한다.지급방법은 계약금 입금시 30,000천원, 중도금 입금시 50,000천원, 잔금은 매매계약 이행완료시 250,000천원을 지급한다.

(4) 청구법인이 제출한 자료에 의하면 쟁점부동산(OOOO)은 규모가 커서 선뜻 매입대상자가 나타나지 않았고, 자금난으로 어려움을 겪던 청구법인이 매입대상자를 물색키 위해 컨설팅업체를 선정하게 된 것이며, OOOO이 매각컨설팅업체로 선정되면서 매각에 대한 협상을 본격 진행하게 되었고 OO OOOOO 아파트형공장에 입주중인 OOOOOOOO OOOOOOOOO이 원매자로 나서게 된 것이고, 원매자들은 공장을 헐고 그 자리에 아파트형 공장을 신축하고자 토지만을 매입코자 하였으며 건물은 청구법인에서 철거 후 멸실하여 줄 것을 요구하여 자금이 급한 청구법인으로서는 이에 응하지 않을 수 없어 공장을 철거하고 토지상태로 매각하게 된 것이라고 진술하고 있음을 확인할 수 있다.

(5) 위와 같은 사실관계 하에서 처분청은 청구법인이 건물을 철거한 상태에서 토지만을 매각하기 위해 그 중개수수료를 지급하고 쟁점세금계산서를 수취한 것이라고 하여 이를 토지관련 매입세액으로 보아 불공제하였고, 청구법인은 쟁점세금계산서는 토지관련 매입세액이 아니라고 주장하고 있어 이를 살펴본다.

(6) 살피건대,부가가치세법 제17조제2항 4호에 의하면 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”은 매출세액에서 공제하지 않는 것으로 규정하고 있고,부가가치세법시행령 제60조제6항에 의하면 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서

(1) 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액,

(2) 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거하는 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액,

(3) 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액을 규정하고 있음을 알 수 있다.

(7) 그런데, 이 건의 경우를 살펴보면, 쟁점세금계산서가 부동산의 취득과 관련된 것이 아니라 사업용으로 사용하던 부동산의 양도와 관련되어 수취한 것임을 알 수 있고, 관련법령인부가가치세법시행령 제60조제6항에 의하면, 토지관련 매입세액이라고 하여 불공제되는 범위는 토지의 취득 및 자본적 지출과 관련된 비용으로 한정하고 있고, 이 건과 같이 토지의 양도와 관련되어 지출한 비용에 대하여 매입세액을 불공제하는 규정이 없음을 확인할 수 있으며, 거래비용은 토지의 가치를 증가시키는 비용이 아닌 점 등으로 볼 때 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것이 관련법령의 올바른 해석이라고 판단된다.

(8) 따라서, 쟁점세금계산서를 매출세액에서 공제하지 아니한 처분청의 과세처분은 취소되어야 할 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.