신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정이 과세특례대상 양도소득금액을 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도차익”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 과세관청이 청구인에게 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1996.10.2. 취득하여 보유하던 OOO아파트 19동 202호(이하 “종전주택”이라 한다)가재건축(사용승인일 2002.5.30.)됨에 따라 같은 동 182-2 OOO아파트102동 1502호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 조합원 부담금을 납입하고 취득한 후 2006.10.16. 신축주택을 양도하고, 2006.10.19. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3(신축주택의 취득자에대한 양도소득세 과세특례)의 규정에 의한 신축주택의 감면세액을 실지거래가액으로 계산하면서 종전주택 취득시점부터 신축주택의 양도일까지의 양도소득금액 전부를 감면대상으로 신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득 후 양도시점까지 발생한 양도소득금액에 대하여는조특법 제99조의3의 규정에 따른 감면대상 소득으로 인정하고 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 과세특례 적용을 배제하여 2012.5.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.27. 이의신청을 거쳐 2012.11.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청산금을 납부한 재건축 신축주택의 감면소득금액을조특법 시행령 제40조제1항의 ‘신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산한 산식’에 따라 계산함에 있어, 분자와 분모 모두 ‘취득당시 기준시가’로 되어 있음에도 처분청이 분모는 ‘종전주택기준시가’로, 분자는 ‘신축주택기준시가’로 구분계산한 것은 부당하다.

(2) 종전주택 멸실 후 재건축한 경우 신축주택의 양도소득만이 있을 뿐으로 종전주택의 양도소득이란 개념상 존재할 수 없는 것을 새로운 예규(국세청 부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)로 소급과세한 것은 부당하며, 과세관청이 종전예규(서사-2109, 2005.11.8.)에 의하여 5년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득금액 전액을 감면하였으나 처분청은 바뀐 예규(국세청 부동산관리과-127, 2011.2.10.)에 의하여 이 건 부과처분하였는 바, 조세시효임박시점에 2006년 양도분까지 소급적용하여 부과처분한 것은 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙에 반하여부당하다.

나. 처분청 의견

(1)조특법 제99조의 3제1항의 양도소득세 감면대상은 전체문언을고려할 때 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도할 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해서 할 수 없으므로 신축주택 취득일부터 계산하여 감면한 처분은 정당하다.

(2) 종전 국세청 예규가 과세특례 대상소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하지 않아 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 위배되지 않으며, ‘신축주택의 취득일부터 5년 내 양도한 양도소득금액만 감면’한다는 법령에 따라 적정하게 신고·납부한 납세자도 다수 있어 이들과의 형평에 비추어 이 건 과세는 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 감면대상이 아니라고 보아 과세한처분의 당부②이 건 부과처분이 소급과세금지·신의성실 원칙을 위배된 것인지

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점신축주택은 청구인이 ‘OOO동 주공아파트 재건축조합’에 종전주택을 출자한 후 1999.10.14. 재건축조합원으로서 분양계약하고조특법 제99조의3의 ‘신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)’에 사용승인(2002.5.30.)받은 사실이 아파트공급계약서 및 건축물대장에 의하여확인되므로 양도소득세 과세특례 적용을 받는 신축주택에 해당된다.

(2) 청구인은 2006.10.16. 신축주택을 양도한 후 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하고 장기보유특별공제액을 차감하여 산정한 양도소득금액 전체를조특법 제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 감면대상으로 신고하였으나, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득 후 양도시점까지 발생한 양도소득금액(조특법 시행령 제40조제1항의 산식을 준용하여 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액이 신축주택 양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산)만을 감면대상 소득으로 인정하고 종전주택의 취득일(1996.10.2.)부터 신축주택의 취득일 전일(2002.5.29.)까지의 양도소득금액에 대하여는조특법 제99조의3에 의한 감면적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(3)조특법 제99조의3제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택 또는 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우에는신축주택 취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며,조특법 시행령 제99조의3제2항은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 그 산식으로 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)}를 규정하고 있다.

(4)위와 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여쟁점①에 관하여 본다.(가)청구인은조특법 시행령 제40조제1항에 규정된 산식이 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우에는 적용될 여지가 없는 계산 산식이며, 동 산식의 분자와 분모 모두 ‘취득당시의 기준시가’로 되어 있음에도 처분청이 분모는 ‘종전주택 기준시가’로, 분자는 ‘신축주택 기준시가’로 계산하는 것은 부당하다고 주장한다.(나) 그러나, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이고,조특법 시행령 제99조의3제2항은조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득 계산 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말한다고 봄이 합리적인 점 등을 종합할 때 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2010중2363, 2011.4.19. 외 다수 같은 뜻임).

(5) 쟁점②에 관하여 본다. (가)종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는조특법 제99조제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는「소득세법 시행령」제162조제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 : 2002.10.31.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.

(나)청구인은 신축주택의 양도일 이후에 생산된 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 의한 부과처분이 신의성실 및 소급과세 금지의 원칙에 반하는 등 처분청의 과세처분은 부당하다는 주장이나, 살피건대조특법 제99조의3소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,조특법 제99조의3제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 과세관청의 종전해석(국세청 서면4팀-2109, 2005.11.8.)이 종전주택의 보유로인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점,과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때 처분청이 소급금지 과세원칙 및 신의성실원칙을 위배하였다고 볼 수 없어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 할 것이다(조심2012서, 2012.2.23. 등 다수 같은 뜻).

따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.