쟁점토지에 대하여 종합부동산세를 부과한 처분의 당부

청구법인이 당초 자가형에서 아파트형 공장으로 쟁점토지 지상 건물의 건축허가를 변경하여 지자체가 지방세법에 따라 감면한 재산세를 추징한 점 등을 종합할　때, 처분청이 쟁점토지에 대하여 종합부동산세를 부과한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 방송업을 영위하는 법인으로, 2007.10.16.산업시설용지 26,614㎡(이하 “쟁점토지”라한다)를OOOOO로부터분양받고「지방세법」제276조(산업단지 등에 대한 감면, 취득세·재산세는 전액감면되나 자가형 건물에만 적용됨)에 의해 취득세·재산세를 전액 감면받았으나, 2010.5.11. 용도변경<자가형공장→아파트형공장> 후 2010.6.17.～2012.12.11. 기간동안 쟁점토지에 OOO 82,008.64㎡(분양·임대분 62.65% 포함)과 OOO 1,623.89㎡ 등 2개 건물(이하 “쟁점건물”이라한다)을 신축하며, 쟁점건물에 대하여는「지방세특례제한법」제58조의2(OOO 등에 대한 감면, 2011.12.31. 신설)에 의해 자가형부분 뿐만 아니라 분양·임대분까지 취득세 75%, 재산세 50%를 감면받았다.

나. OOO구청장은「지방세법」제276조 단서규정(취득일로부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다)에 의해2012년 12월 쟁점토지에 쟁점건물을 준공(2012년 10월)하기 이전 기간동안「지방세법」제276조에 의한 감면적용을 배제하고 종합합산과세대상으로 보아 당초 감면한 재산세를 추징하고, 처분청에 과세자료로 통보하였다.

다. 처분청은 OOO구청장의 통보자료에 의해 2013.5.31.,2013.8.12. 청구법인에게 아래〔표1]과 같이 2008～2010년 귀속 종합부동산세와 농어촌특별세를 경정·고지하였다.OOOO OOOOOOO OOOOOO OOOO(OO : O)라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO구청장은 쟁점건물 용도가 당초 자가형 공장에서 아파트형공장으로 변경됨에 따라 쟁점건물 부지 전체에「지방세법」제276조(산업단지 등에 대한 감면) 규정에 의한 감면을 소급하여 배제하였으나,「지방세법 시행령」제224조의2에 의하면, ‘산업건축물을 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물 및 이와직접관련된교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물’이라고 규정하고있고, 동 규정에 부합하는 용도로 자가형 공장(신사옥건물 부지 10,009.3㎡의 37.35%와 OOO 부지 16,805.3㎡)으로 사용되는 부지에 대해서는「지방세법」제276조(산업단지 등에 대한 감면) 규정에 의한 감면이 유지되어야 한다.

(2) 청구법인은 2008.2.22.부터 쟁점건물을 착공하기 위하여 OOO구청장에게 산업단지입주변경신청을 하였으나, OOO구청장은 2007.10.7.개정된「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 저촉된다는 이유로 청구법인의 입주변경신청을 불허하여 부득이 쟁점건물 신축이 지연되었는 바,착공이 지연된데 따른 청구법인의 귀책사유가 없고, 관할관청과 행정소송을 진행한 것은 건축행위에 준하는 행위에 해당한다 할 것이므로 쟁점건물 착공일(2010.6.17.) 이전 과세분(2008년～2010년)에 대하여 종합합산과세대상 토지로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)쟁점토지에 대한 OOO구청장의 종합부동산세 수시 세액조정자료에의하면,쟁점토지는「지방세법」제276조(산업단지 등에 대한 감면) 규정이배제되어 과세대상으로 분류되어 있는 바, 청구법인은 이에 불복하지 않고 재산세를 납부하였고, 당초 자가형 공장에서 아파트형 공장으로 건축허가를 변경하여 준공한 쟁점건물 부지에「지방세법」제276조의 단서규정<취득일로부터 3년 내에 정당한 사유없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된취득세·등록세 및 재산세를 추징한다>을 적용하여 감면 규정을 배제한이 건 처분은 정당하다.

(2) 쟁점토지는 산업시설용지로 특정되어 있어 지정용도로 사용되어야하나 청구법인이 이를 지정용도 외의 용도로 사용하기 위하여 변경신청하였다가 거부처분되어 불복소송으로 건축이 지연되었는 바, 이는「건축법」제18조(건축허가 제한 등)의 건축허가나 착공이 제한된 건축물에 해당하지 아니하므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 산업시설용지인 쟁점토지를 취득(2007.10.16.)하여 용도변경(2010.5.11.)한 후 쟁점건물 준공(2012년 10월)까지 적용한「지방세법」제276조(산업단지 등에 대한 감면)를 배제하고 종합합산과세대상으로 과세한 처분의 당부

② 쟁점토지가「건축법」제18조의 건축허가와 착공이 제한되는 토지에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가)「지방세법」제276조제1항에는 ‘「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지와「산업집적활성화 및 공장설립에관한 법률」에 의한 유치지역 및「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서"산업용건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의50을 경감(「수도권정비계획법」제2조제1호의 규정에 의한수도권외의지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)하나, 그 취득일부터 3년 내에정당한 사유없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징 한다’고 규정하고 있다.

(나) OOO구청장은 쟁점건물이 당초 자가형 공장에서 아파트형 공장으로 건축허가를 변경하여 신축되고「지방세특례제한법」제58조의2(지식센타 등에 대한 감면, 2011.12.31. 신설)에 의한 감면혜택이 적용되므로 쟁점토지에 적용되던「지방세법」제276조(산업단지 등에대한 감면)에 의한 감면을 배제하여 아래[표2]와 같이 쟁점토지 용도를재구분하고,쟁점토지에 대한 2008년～2010년 재산세 OOO원을 부과하였다.OOOO OOOOOOO OOOOO OO OOOO OO OO(OO : O)(다) 청구법인은 OOO구청청장의 위(나)의 과세에 대하여 불복하지 아니하여 확정된 것으로 나타난다. (라) 위의 내용을 종합하면, OOO구청장은 산업단지에 쟁점건물이준공됨에 따라「지방세특례제한법」제58조의2(지식센타 등에 대한 감면)의감면규정을 적용하여 청구법인에게 재산세를 부과하였고, 청구법인이이에 대하여 불복하지 않음으로써 재산세 과세가 확정되었으며, 종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행 세목으로 재산세와 동일하게 과세대상 토지를 분류하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 당초 자가형 공장에서 아파트형 공장으로 건축허가를 변경하여 준공한 쟁점건물 부지에「지방세법」제276조의 단서규정을 적용하여 과세한 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가)「지방세법 시행령」제131조에 ‘건축물의 범위에는 행정안전부령으로 정하는 지상정착물, 과세기준일 현재 건축물이 사실상 멸실된 날(건축물이 사실상 멸실된 날을 알 수 없는 경우에는 건축물대장상의 멸실일)부터 6개월이 지나지 않은 건축물, 건축허가를 받았으나「건축법」제18조에 따라 착공이 제한된 건축물 및 건축 중인 건축물은포함하되, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된건축물은 제외한다’고 규정하고 있고,「건축법」제18조제1항 및 제2항에 ‘국토해양부장관은 국토관리를 위하여 특히 필요하다고인정하거나 주무부장관이 국방, 문화재보존, 환경보전 또는 국민경제를위하여 특히 필요하다고 인정하여 요청하면 허가권자의 건축허가나허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있고, 시·도지사는 지역계획이나 도시계획에 특히 필요하다고 인정하면 시장·군수·구청장의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다’고 규정하고 있다.

(나) 청구법인의 쟁점토지 취득 및 쟁점건물 신축 경과는 아래 [표3]과 같은 것으로,OOOO OOOO OO O OOOO OO OO청구법인은 2003.2.18., 2003.10.17. 2회에 걸쳐 OOO과 산업시설용도로 쟁점토지를 분양받는 입주계약을 체결하였다가 2008.2.22.산업시설용지에 입주불가능한 시설(편의시설)을 쟁점건물 신축사업계획서에반영하여 산업단지입주계약 변경신청을 하였고 OOO구청장은 2008.2.29.편의시설은 산업시설구역내 입주가 명시되지 않은 시설이라는 이유로청구법인의 입주계약 변경신청을 불허하였는 바, 청구법인은 2008.4.14.부터 OOO구청과 입주계약 변경신청 불가처분에 대한 쟁송[2008.4.14.행정심판 제기(기각), 2009.6.26. 행정소송 제기(패소), 2009.7.22. 항소제기]을 진행하다 2010.3.10.～2010.3.19. 산업시설용지에 부합하는 시설물을 설치하는 내용으로 입주계약을 변경하여 입주계약을 체결하고 위 항소는 취하하였다. (다) 위의 내용을 종합하면, 청구법인은 OOO구청의 2008.2.29.산업단지입주계약변경신청 불가처분이 아니었다면, 2008년 중 쟁점건물착공이 가능하였으므로 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 분류하는 것은 부당하다는 주장이나, 청구법인은 산업시설용지로 지정된 부지에입주불가능한시설(편의시설)을 입주할 수 있도록 OOO구청장을 상대로 소송을 제기하였다가 패소한 건으로, 위 소송은「건축법」상 건축허가가제한되는 사유에 해당하지 아니한다 할 것이므로 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.