처분청이 청구인의 부동산임대업에 대하여 과세특례자로 전환된 것으로 보아 건물신축과 관련된 재고납부세액을 추징한 처분의 당부(기각)

부동산임대업에 대하여 과세특례배제업종으로 정한 바 없고 1과세기간의 공급대가가 일정액에 미달하는 경우 과세특례포기신고를 하지 않으면 과세특례자로 자동전환되는 것으로 계속하여 일반사업자로 부가가치세과세표준신고를 하였다 하여도 이로 인해 일반사업자로 되는 것은 아니라 할 것임

1. 원처분개요 청구인은 94.7.1 부산광역시 사하구 OO동 OOOOO에 지하 1층, 지상 5층 의 임대용건물(대지 132.30㎡, 건물 608.5㎡ : 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축한 후 94.8.1 일반사업자로 사업자등록을 하여 부동산임대업을 개시하고, 94.2기 부가가치세 신고시 과세표준으로 8,844,355원(년 환산공급대가 23,349,044원)을 신고하면서 건물신축과 관련한 매입세액이 매출세액을 초과함에 따라 22,717,273원의 환급세액을 신고하였다. 처분청은 94.2기 부가가치세 과세표준이 8,844,355원으로 년간 환산한 공급대가(23,349,044원)가 3,600만원에 미달하고, 청구인이 95.6.20까지 과세특례포기신고를 하지 않자 95.7.1부터 과세특례자로 유형이 전환된 것으로 보고 쟁점부동산의 신축과 관련하여 공제받은 재고납부세액에 대하여 96.12.15 청구인에게 95.2기 부가가치세 19,274,440을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.3.17 심사청구를 거쳐 97.5.7 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 부가가치세법상 과세특례를 배제하는 사업(과세특례 배제업종)을 국세청에서 별도로 정하지는 아니하였으나, 부가가치세법 시행령 제74조 제5항에서 규정한 과세특례배제기준이 고시되어 있어 이 규정을 이에 준용하여야 할 것이므로 쟁점부동산의 임대사업은 과세특례의 적용을 받을 수 없음에도 불구하고 처분청은 과세특례 배제업종에 대하여 정한 바 없다는 이유로 과세유형을 전환한 것은 부당하다. 또한, 처분청이 청구인을 계속하여 일반사업자로 인정해 왔으며, 이는 국세행정의 관행으로 보아야 하므로, 소급하여 과세유형을 전환한 것은 신의측에 어긋난다.

나. 국세청장 의견 부가가치세법상 신규로 사업을 개시한 경우에 과세유형의 전환시기는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 그 유형이 전환된다고 규정하고 있으며 이때 과세특례자로 전환되는 사업자에 대하여는 특례전환 사실의 통지와 관계없이 과세특례를 적용하도록 규정하고 있고, 부동산 임대업에 대한 과세특례배제 기준은 동 법 시행령 제74조 제5항에 근거를 두어 납세자가 신규로 사업자등록신청시 과세특례적용을 배제하는 규정이므로 동 법 시행령 제74조의 2 규정에 의하여 과세특례로 유형전환한 처분은 정당하다. 또한, 부가가치세법상 사업자등록은 사업자의 인적사항, 사업개시일등 과세자료를 과세관청의 관련대장에 등재하여 납세자를 정확하게 파악하기 위한 것에 불과하고 유형전환사실을 통지하지 아니하고 부가가치세 부과처분을 하였다 하여 이를 위법하다 할 수 없고, 청구인이 계속하여 일반사업자로 신고하였으나 처분청이 그 신고를 시정하지 않았다 하여 과세특례포기신고를 한 것으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

처분청이 청구인의 부동산임대업에 대하여 과세특례자로 전환된 것으로 보아 건물신축과 관련된 재고납부세액을 추징한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제25조 제1항 및 같은 법 시행령 제74조 제1항 제1호에서 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)가 3,600만원에 미달하는 개인사업자에 대하여는 과세특례에 관한 규정을 적용하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만 대통령령이 정하는 사업을 제외한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제74조 제2항에서 법 제25조 제1항 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 사업은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다고 하면서 그 제5호에 부동산임대업으로서 재무부령이 정하는 것이라고 규정하면서 같은 법 시행규칙 제23조의 2 제3항에서는 전시한 “재무부령이 정하는 것”이라 함은 특별시 및 직할시 지역에 소재하는 부동산임대사업장을 영위하는 사업으로서 국세청장이 정하는 규모이상의 사업을 말한다고 규정하고 있다. (국세청장은 이를 정한바 없다) 한편, 같은 법 시행령 제74조 제5항에서 신규로 사업을 개시하는 개인사업자가 같은 법 제25조 제3항의 규정에 의한 신고를 한 경우에 당해 사업자의 사업장 소재지역·사업의 종류·규모 등을 감안하여 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 때에는 과세특례를 적용하지 아니한다고 규정하고, 이를 받아 국세청장은 과세특례배제기준을 고시(국세청고시 제94-36호, 94.7.1시행)하면서 부산지방국세청산하 세무서기준중 부동산임대업(701121)의 적용기준을 보면 임대사업장의 공시지가가 ㎡당 200만원이상이고 임대면적이 396㎡(120평)이상이면 과세특례를 배제하고 일반사업자로 사업자등록증을 교부하도록 규정하고 있다.

부가가세치세법 제30조 제2항에서는 과세특례자가 일반사업자의 규정을 적용 받고자 하는 경우에는 그 적용 받고자 하는 달의 전 달 20일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제78조 제1항에서는 이를 받아 관할세무서장에게 사업자의 인적사항 등을 기재한 과세특례포기서를 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제74의 2 제2항에서 관할세무서장은 법 제25조의 과세특례규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시 20일 전까지 그 사실을 통지하여야 하며 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시 전일까지 교부하여야 한다고 규정하고, 그 제3항에서 과세특례의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 위 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 법제25조의 과세특례규정을 적용한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구인이 94.8.1 신규로 부동산임대업을 영위하는 것으로 하여 일반사업자로 사업자등록을 하였으며, 94.2기분 부가가치세 과세표준은 8,844,355원으로 이를 1역년으로 환산한 공급대가(세액이 포함된 금액)는 23,349,044원이며, 청구인이 이로 인하여 관련법령에 따라 95.2기분부터 과세특례자로 적용받게 되었으나 청구인이 일반사업자의 규정을 적용 받기 위한 과세특례포기신고를 하지 아니한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. 전시한 관련법령을 보면 부가가치세법 제25조 단서의 규정에 따라 일반사업자로 적용하여야 할 업종(과세특례배제 업종)을 규정하면서 같은 법 시행령 제74조 제2항에 구체적으로 그 업종을 정하고 부동산임대업에 대하여는 같은 법 시행규칙 제23조의 2 제3항에 위임을 하면서 동 시행규칙에서는 특별시 및 직할시 지역에 소재하는 부동산임대사업장을 영위하는 사업으로서 국세청장이 정하는 규모이상의 사업을 말한다고 규정하고 있으나 국세청장은 이를 정한 바가 없다.

(참조 : 국세청 부가 46015-232, 97.1.30) 청구인은 부가가치세법상 과세특례를 배제하는 사업(과세특례 배제업종)은 국세청에서 별도로 정하지는 아니하였으나 같은 법에 따라 과세특례배제기준이 고시되어 있어 이 규정을 이에 준용하여야 할 것이므로 쟁점부동산의 부동산임대업은 과세특례규정의 적용이 배제된다고 주장하나, 과세특례배제업종은 같은 법 시행령 제74조 제2항의 규정에 따라 공급대가금액에 관계없이 과세특례적용이 배제되어 일반사업자로 등록되는 업종을 말하는 것이며, 과세특례배제기준은 같은 법 시행령 제74조 제5항의 규정에 따라 사업자가 신규로 사업을 개시하고자 하는 경우에 동 기준에 해당되면 과세특례를 배제하고 일반사업자로 사업자등록을 하되 그 이후 1역년의 공급대가가 3,600만원미만(부동산임대업의 경우)이 되면 과세특례자로 전환된다는 점에서 과세특례배제업종과 차이가 있으며, 각각 별개의 규정으로 정하고 있는 것이다. 따라서, 부동산임대사업에 대하여는 과세특례배제업종으로 국세청장이 정한 바가 없으므로 쟁점부동산임대사업은 과세특례배제업종에 해당되지 아니하며, 청구인이 사업자등록시 위 과세특례배제기준에 따라 일반사업자로 등록되었다 하더라도 부동산임대업에 있어서는 그 이후 1역년의 공급대가가 3,600만원미만이 되면 과세특례자로 전환되는 것이므로, 청구인의 94년 1역년의 공급대가가 3,600만원미만이 된 이 건의 경우에 있어서 청구인이 과세특례포기신고서를 처분청에 제출하지 아니한 이상 과세특례자로 전환되는 것이다.

한편, 처분청이 청구인을 계속하여 일반사업자로 인정해 왔고, 이는 국세행정의 관행이 된 것으로 보아야 하므로 소급하여 과세유형을 전환한 것은 신의측에 어긋난다는 주장이나, 부가가치세법상 사업자등록은 사업자의 인적사항, 사업개시일등 과세자료를 과세관청의 관련대장에 등재하여 납세자를 정확하게 파악하기 위한 것에 불과하고, 일반사업자로부터 과세특례자로 유형전환시의 통지규정과 사업자등록증의 정정교부규정은 그 통지여부 및 그 정정교부여부가 각각 과세유형전환의 효력에 영향을 미치는 강행규정이라고 해석되지 아니하는 것(같은 뜻 : 국심 92중189, 92.4.11등 다수)이므로 비록 청구인이 계속하여 일반사업자로 부가가치세과세표준신고를 하였다 하여도 이로 인해 일반사업자로 되는 것은 아니라 할 것이다. 따라서, 청구인의 94년 1역년의 공급대가가 3,600만원에 미달하고 과세특례포기신고서를 제출하지 아니한 이 건의 경우 95.7.1 과세특례자로 유형이 변경되는 것이므로 처분청에서 당시의 부동산 신축과 관련하여 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.