감가상각 대상자산인 옹벽·석축 등 구축물공사와 관련된 매입세액을 불공제한 처분의 당부(경정)

처분청이 이를 토지의 조성을 위한 자본적 지출로 보아 매입세액을 불공제한 처분에는 잘못이 있다고 판단됨.

1. 원처분 개요 가. 청구법인은 아스콘, 레미콘 등을 제조하는 법인인 바, 충청남도 서산군 운산면 OO리 OOOOO번지 소재 청구법인의 아스콘 제조공장 건설과 관련된 93년도분 공사금액 356,042,661원 (공사부지 조성공사 218,042,661원, 아스콘 배차플랜트 설비 138,000,000원)에 대한 부가가치세 매입세액 35,604,269원을 93년 2기 예정분 부가가치세 매입세액으로 공제하여 신고하고 환급신청 하였다.

나. 처분청은 청구법인의 공장건설과 관련된 부가가치세 매입세액중 공장부지 조성공사 관련 매입세액 21,804,269원 (이하 “쟁점매입세액”)을 토지조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하고 신고납부 불성실 가산세 2,180,426원을 합한 23,984,690원을 환급세액에서 감액하고 11,619,570원을 환급하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 94.1.8 심사청구를 거쳐 94.4.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구법인은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액에 해당하기 위하여는 반드시 그 매입세액이 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련하여 발생한 것임을 전제로 하는 것이므로 청구법인의 아스콘 제조업은 부가가치세 면제사업에 해당하지 아니하는 과세사업이므로 위 공장부지 조성공사에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 할 것이나, 이를 불공제한 처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견 청구법인의 공장부지 조성공사가 토지의 조성만을 위한 필수적 공사가 아니라 하더라도 토목공사는 필연적으로 토지의 조성을 위하여 발생하는 자본적 지출에 해당하는 것으로 볼 수 있으며, 이와 관련된 매입세액을 불공제함이 타당하므로 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다고 보아진다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 부가가치세 과세사업을 영위하기 위한 청구법인의 공장부지 조성공사에 관련된 부가가치세 매입세액을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제12조 제1항 제12호에 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은법 제17조 제2항 제4호에 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며 같은법시행령 제60조 제6항 (91.12.31 신설된 것)에 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 공제되는 매입세액에 포함되지 아니한다고 규정하고 있다.

다. 이 건 처분이 정당한지 여부 청구법인은 쟁점매입세액 21,804,269원은 부가가치세 과세사업과 관련하여 발생한 매입세액이므로 매출세액에서 전액 공제되어야 한다는 주장이나, 토지는 부가가치세 면세재화이므로 토지에 관련된 지출에 대한 부가가치세 매입세액은 불공제하여 취득원가로 계상해야 된다는 것을 명확히 하기 위해 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 부가가치세 매입세액은 당해 토지의 용도에 관계없이 매입세액을 불공제하도록 91.12.31 부가가치세법 시행령 제60조 제6항을 개정한 바 있고, 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 건설공사에 대한 부가가치세 매입세액은 부가가치세법시행령 제60조 제6항의 규정에 의하여 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이므로 부가가치세 과세사업과 관련된 매입세액은 전액 매출세액에서 공제되어야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다 (국심93경 2809, 94.1.28 외 다수, 같은 뜻). 한편 쟁점매입세액 21,804,269원 중 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하지 아니하고 구축물등 감가상각대상자산의 공사와 관련된 매입세액에 해당하는 금액이 포함되어 있는지의 여부를 살펴보기 위하여 쟁점매입세액과 관련한 공사의 내역을 확인할 수 있는 공사설계서 등의 자료와 처분청의 과세내용을 보면,

(1) 청구법인은 공장부지 조성공사를 하면서 시공회사인 청구외 OO건설(주)이 93.7.1 - 93.7.31까지 공사한 공사금액 218,042,661원에 대해 세금계산서를 수취하고 93년2기 예정 부가가치세에서 매입세액 21,804,269원을 공제하여 신고하고 환급신청을 하였고, 공사부지 조성공사의 내역을 공사종류별로 보면 토공사가 128,808,157원, 옹벽·석축 등 구축물공사가 89,234,504원임을 알 수 있는 바, 처분청은 공장부지 조성공사비 218,042,661원에 대한 매입세액 21,804,269원 전액을 불공제하였음이 확인된다.

(2) 토공사는 전·답·임야에 공장부지를 조성하기 위해 “터파기”, “성토”, “발파”, “줄떼”등을 한 공사비로 토지조성을 위한 자본적 지출에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 매입세액 12,880,815원을 불공제한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

(3) 옹벽·석축 등 구축물공사는 평탄한 공장부지 조성을 위해 전·답·임야의 절단면 또는 경사면에 옹벽·석축 등을 구축한 것이고, 법인세법 시행규칙[별표]의 고정자산 내용 연수표에서 잔교·방벽·제방·하수도 등을 감가상각 대상자산인 구축물로 규정하고 있으므로 청구법인의 옹벽·석축 등 구조물 공사비는 토지와는 별개의 자산인 구축물의 취득원가로 감가상각대상자산에 해당한다 할 것임에도 처분청이 이를 토지의 조성을 위한 자본적 지출로 보아 매입세액 8,923,450원을 불공제한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다(국심93전2704, 94.2.21외 다수. 같은 뜻)할 것이다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.