실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였다가 기준시가로 수정신고한 경우 처분청이 확인한 실지거래가액으로 과세한 것이 적법한 처분인지 여부(경정)

양도차익은 기준시가에 의해 평가하는 것이 원칙으로 실지거래가액으로 양도차익을 신고한 경우에도 과세표준수정신고시 기준시가에 의해 양도차익을 결정받겠다는 의사표시를 명백히 한 경우 적법한 수정신고이므로 수정신고내용대로 기준시가에 의해 양도소득세를 과세함이 타당함

1. 처분 개요

가. 청구인은 경상남도 김해시 장유면 OO리 OOOOO, 답 2,845㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 86.3.14 취득하여 95.8.28 양도하였다.청구인은 쟁점토지의 양도에 관한 자산양도차익 예정신고를 95.10.31 실거래가액에 의거(취득가액 2,342,000원, 양도가액 86,000,000원) 신고하였다가 96.9.20 위 양도차익에 관하여 기준시가에 의하여 수정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인이 당초 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 후 다시 기준시가로 양도차익을 계산하여 수정신고한 것은국세기본법 제45조의 규정에 의한 수정신고로 볼 수 없다고 하면서 처분청이 확인한 양도가액 200,000,000원과 청구인이 당초 신고한 취득가액 2,342,000원에 의하여 양도차익을 계산한 후 96.12.16 청구인에게 95년도분 양도소득세 65,678,820원을 과세하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 97.1.27 이의신청, 97.3.31 심사청구를 거쳐 97.6.12 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장국세청장은 심사청구에서 국세청예규(징세 46101-2865, 93.7.9)를 들어 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 경우 기준시가로 변경하여 수정신고한 것은 과세표준수정신고시 기재사항의 누락이나 오류로 볼 수 없어 수정신고의 대상이 될 수 없다 하였으나 위 예규는 구국세기본법 제45조(94.12.22 개정전)에 관한 것으로서 현행국세기본법 제45조(94.12.22 개정후)에는 명백히 해당되지 않는다 할 것이다.현행국세기본법 제45조에 의하면 수정신고의 대상은 “과세표준 수정신고서 기재사항의 누락이나 오류”가 아니라 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 경우”이면 어떠한 경우이든지 될 수 있는 바,당해 건의 경우는 관련법령에서 규정하고 있는 “예외적으로 실지거래가액에 의해 양도차익을 계산하는 투기거래등”에 해당하지 아니하므로 기준시가에 의하여 결정될 것으로서 현행국세기본법 제45조의 규정에 의거 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 수정신고할 수 있는 대상인데도 이를 수정신고 대상이 아니라 하여 과세한 처분은 부당하므로 기준시가에 의해 계산한 양도소득세액을 초과하는 부분은 경정하여야 타당하다.

나. 국세청장의견청구인은 쟁점토지를 95.8.28 양도하고 95.10.31 실지거래가액으로 자산양도차익 예정신고를 하였다가 처분청이 거래상대방인 청구외 OOO으로부터 확인된 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 청구인에게 96.9.11 결정전통지를 하자, 청구인은 96.9.20 기준시가로 자산양도차익을 계산하여 수정신고 하였으므로 기준시가로 과세하여야 한다고 주장하고 있으나,실지거래가액에서 기준시가로의 결정방법의 변경은 과세표준 수정신고대상에 해당되지 아니하므로, 당초 청구인이 실지거래가액으로 신고한 이 건의 경우에 처분청이 실지거래가액을 조사하여 확인된 실지거래가액으로 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.(국세청 예규 징세 46101-2865, 93.7.9 같은 뜻임)

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였다가 기준시가로 수정신고한 경우 처분청이 확인한 실지거래가액으로 과세한 것이 적법한 처분인지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 구소득세법 제23조제4항 제1호 및 제45조 제1항 제1호 가목과 같은 법 시행령 제170조 제4항 제2호 및 제3호(93.12.31 개정된 것)의 규정을 종합하여 보면, 자산양도차익을 결정함에 있어서 취득 및 양도가액은 기준시가에 의함이 원칙이되, 다만, 부동산의 취득 및 양도경위와 이용실태 등에 비추어 투기성이 있는 거래로 인정되거나 양도자가 법 제95조 또는 법 제100조의 규정에 의한 신고시 실지거래가액에 의하여 신고한 경우에는 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있으며(2)국세기본법 제45조(94.12.22 개정) 제1항 제1호의 규정에 의하면 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때에는 관할 세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다고 규정하고 있고, 또한 같은 법 부칙 제1조 제4조에서 위 제45조의 개정규정은 이 법 시행(95.1.1)후 최초로 수정신고하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있다.

다. 사실 및 판단

(1) 청구인이 86.3.14 쟁점토지를 취득하여 95.8.28 이를 양도한 후 95.10.31 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 자산 양도차익신고를 하였다가 이 건 결정고지일(96.12.16)전인 96.9.20 기준시가로 수정신고한 데 대하여, 처분청은 동 수정신고가국세기본법 제45조의 규정에 의한 수정신고로 볼 수 없다고 하여 처분청이 확인한 실지거래가액에 의하여 이 건 양도소득세를 과세하자, 청구인은 위의 수정신고가 적법한 신고에 해당되므로 기준시가로 과세함이 타당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(2) 양도소득세처럼 정부가 과세표준과 세액을 결정하는 때에 납세의무가 확정되는 조세에 있어서는 납세자의 신고내용에 따라 조세채권이 확정되는 것이 아니므로 양도소득세의 경우 자산양도차익 예정신고나 과세표준 확정신고 또는 과세표준 수정신고는 모두 법적으로는 납세자의 의사표시에 불과한 것으로 볼 수 있고, 또한 국세기본법상 소득세의 경우에도 수정신고를 할 수 있도록 명문규정을 두고 있는 점 등에 비추어 볼 때 수정신고는 납세자의 당초 신고당시 의사표시를 정할 수 있는 기회를 부여해 준 것으로 볼 수 있으므로, 이 건과 같이 과세표준 수정신고를 하면서 당초 신고시의 의사표시를 정정하여 기준시가에 의하여 양도차익을 결정 받겠다는 의사표시를 명백히 표명한 납세자에게 수정신고대상이 아니라고 제한적으로 해석하는 것은 수정신고제도의 취지에 어긋나는 불합리한 점이 있다 할 것이다.(국심 96서4108, 97.5.6 같은 뜻임)

(3) 소득세법상 양도소득세의 경우 기준시가에 의한 양도차익 결정을 과세원칙으로 규정하면서 기준시가에 의한 과세방법과 실지거래가액에 의한 과세방법을 납세자가 선택할 수 있도록 규정하고 있는 상황에서 납세자가 과세표준확정신고시 실지거래가액으로 신고하였다는 이유만으로 수정신고에 의하여 밝혀진 납세자의 의사에 반하여 실지거래가액으로 과세하는 것은 과세형평상 타당치 아니하며, 또한 어느 방법이 유리한지 모르고 신고한 납세자에게 있어서 신고내용이 사실과 다른 경우에는 결과적으로 유리한 기준시가 과세가 가능하나 신고내용이 사실인 경우에는 기준시가에 의한 과세가 불가능하다면 성실한 자가 불이익 받는 결과를 초래하여 불합리한 점이 있으므로 양도소득세의 경우 납세자의 선택사항으로 되어 있는 과세방법의 변경은 수정신고대상으로 보는 것이 합당하다 하겠다.(국심 96서4108, 97.5.6 같은 뜻임)

(4) 이 건 수정신고분이 적용되는 94.12.22 개정국세기본법 제45조제1항 제1호의 규정에 의하면 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때에는 수정신고대상에 해당된다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 당초 실지거래가액으로 신고한 과세표준 73,049,786원이 기준시가로 수정신고 한 과세표준 158,962,340원에 미달하므로 95.10.31 청구인의 수정신고는 적법한 수정신고에 해당된다 하겠다.

(5) 위의 법령 및 사실을 종합하여 볼 때 청구인이 95.10.31 기준시가로 신고한 수정신고가 적법한 신고에 해당되므로 수정신고 내용대로 기준시가에 의하여 양도소득세를 과세함이 타당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.