종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1997.8.25. 취득한 OOO 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 보유하다가 주택재개발사업의 조합원으로 참여하여 2005.4.20. OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 분양받아 2006.12.28. 양도하고 쟁점신축주택을「조세특례제한법」 제99조의3에 의한 감면대상으로 보아 2007.1.18. 양도소득세 100% 감면을 신청하였다.

나. 처분청은 OOO국세청장 지시에 따라 신축주택 감면에 대한 특별감사를 실시하여 2012.4.23. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.7.19. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

‘신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’이란 종전주택 취득 이후 발생한 전체 양도소득을 의미하고, 「조세특례제한법 시행령」상 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하는 규정은 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에만 적용되는 것이며, 신축주택 취득일부터 5년 전에 양도하는 경우에는 적용될 여지가 없다. 또한 세액감면신청서 작성요령에 따라 취득일부터 5년 이내에 양도시에는 주택의 양도로 발생한 전체 소득금액을 감면대상으로 기재하도록 되어 있고, 종전주택은 양도된 사실이 없어 종전주택의 양도소득은 존재하지 않으므로 감면대상 소득은 종전주택 취득시점부터 신축주택 양도시까지 발생한 모든 소득금액을 의미하며, 재정경제부와 국세청은 개정세법 및 실무해설책자에서 취득일부터 5년이내에 양도하는 경우 감면하는 것으로 해석하고 있으므로, 쟁점신축주택 취득 전에 발생한 양도차익에 대하여 감면을 배제하고 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

조세에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합하는바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11382 판결 등 참조), 신축주택의 취득일부터 5년간의 양도차익에 대하여 감면한다는 규정은 해당 주택의 전체 보유기간의 양도차익 중 신축주택 취득 이후 5년간의 양도차익에 대하여 감면해주는 것으로 해석함이 타당하므로 구주택을 취득하여 멸실하고 재건축에 의한 신축주택을 취득한 경우 감면세액은 신축한 주택의 5년내 양도소득금액에 대하여만 감면하고, 구주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액과 5년 경과후의 양도소득금액은 감면을 배제함이 타당하다. 따라서 쟁점신축주택 취득 이후 발생한 양도소득금액에 대해서만 신축주택 감면을 적용하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」 제99조의3에 의하여 신축주택에 대한 양도소득 감면시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 감면적용대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1)「조세특례제한법」 제99조의3제1항은 거주자가 자기가 건설한 신축주택(주택조합 또는 재개발조합원이 취득하는 주택 포함)을 취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 양도소득세 과세대상 소득금액에서 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다고 규정하고 있고, 제4항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하였으며, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 그 계산식은 다음과 같다.

양도소득금액

×

취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

───────────────────────────

양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

(2) 부동산등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1997.8.25. ～ 2001.10.25. 종전주택을 취득하였고, 2001.11.20. OOO 주택재개발사업 관리처분계획인가를 받아 2005.4.20. 신축주택 사용승인을 받았으며, 2006.12.28. 쟁점신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(3) 청구인은「조세특례제한법」 제99조의3제1항에 의하여 신축주택에 대한 감면소득금액 계산시 “5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”은「소득세법」 제95조제1항에 의한 양도소득금액 즉 양도일 현재 발생한 양도소득금액 전체를 의미한다고 주장하며, 그 이유로 「조세특례제한법」에서 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하는 규정은 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에만 적용되는 것이므로 신축주택 취득일부터 5년전에 양도하는 경우에는 적용될 여지가 없고, 「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제37호 서식인 세액감면신청서의 작성요령에 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 양도로 발생한 모든 소득금액을 감면대상으로 기재하도록 되어 있으며, 종전주택은 양도된 사실이 없으므로 종전주택의 양도소득은 존재하지 않고, 따라서 감면대상소득은 종전주택 취득시점부터 신축주택 양도시까지 발생한 소득금액을 의미하며, 재정경제부와 국세청은 개정세법 및 실무해설책자를 통하여 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 100% 감면하는 것으로 해석하였다고 주장하고 있다.

(4) 위 사실관계 및 관계법령 등을 종합하여 보면,「조세특례제한법」 제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점,「조세특례제한법」 제99조의3제1항에 의하면,신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우 감면대상은 그 양도소득세의 전액이고,신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 감면대상은 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정되어 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 신축주택 취득자에 대한 감면대상으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면대상이 되는 “취득일부터 5년 이내에발생하는 소득”이라 함은 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이므로(조심 2010부415, 2010.9.17., 같은 뜻임), 쟁점신축주택 취득 전일까지의 양도소득금액을 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.