특조법에 의하여 이전등기한 쟁점토지의 취득시기를 등기접수일로 할 것인지, 등기원인일로 할 것인지(경정)

특조법에 의하여 등기된 부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 또는 양도시기를 판정함에 있어서는 전시한 소득세법 제98조 에 따라 소유권이전등기접수일을 취득시기로 하여 과세표준과 세액을 경정함이 타당

1. 사 실청구인은 부산광역시 강서구 OO동 OOOOOOO 전 3,240㎡ (이하 “쟁점토지”라 한다)를 부동산소유권이전등기등에관한특별조치법(이하 “특조법”이라 한다)에 의하여 1995.3.23 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 한 후 1996.7.6 부산광역시장에게 양도(수용)하였으며, 취득시기를 1995.3.23로, 양도시기를 1996.7.6로 하여 1996.9.24 자산양도차익예정신고를 하였다.이에 대하여 처분청은 쟁점토지의 취득시기를 1985.9.25(등기원인일)로 보아 1999.9.18 청구인에게 1996년도 귀속분 양도소득세 72,713,140원, 농어촌특별세 13,131,570원을 결정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 1999.12.9 심사청구를 거쳐 2000.5.3 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 특조법에 의하여 소유권 이전 등기한 것으로, 쟁점토지의 취득당시의 잔금청산일을 확인할 수 없으므로 쟁점토지의 소유권이전등기의 접수일인 1995.3.23을 취득시기로 보아야 함에도, 처분청은 특조법에 의하여 이전등기를 신청할 당시 첨부된 확인서 발급신청서상에 기재된 1985.9.25을 취득시기로 보아 이 건 양도소득세 등을 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 쟁점토지를 특조법에 의하여 등기한 것은 1985.12.31 이전에 취득한 것을 시인한 것이고, 과세적부심사청구시에 쟁점토지를 1969년경 청구외 OOO로부터 취득하여 1985년 청구인의 조카인 청구외 OOO에게 명의신탁하였다고 진술하였으며, 이전등기를 신청할 당시 부산광역시 강서구청장에게 신청하여 발급받은 확인서발급신청서를 첨부한 것은 동 확인서발급신청서가 증거력이 있다고 판단되므로, 쟁점토지의 취득시기를 이전등기원인일인 1985.9.25로 하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단가. 쟁 점특조법에 의하여 이전등기한 쟁점토지의 취득시기를 등기접수일로 할 것인지, 등기원인일로 할 것인지를 가리는데 있다.

나. 관련법령이건 쟁점토지 양도당시의소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】에서「자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다」고 규정하고 있고,같은 법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】제1항은 「법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다」고 하면서, 그 제1호에서 「대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다」고 규정하고 있다.한편, 특조법(법률 제4502호) 제1조【목적】에는「이 법은 부동산등기법에 의하여 등기를 하여야 할 부동산으로서 이법 시행당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부 기재가 실제권리 관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다」고 규정하고,같은 법 제3조【적용범위】에서「이 법은 제2조에 규정된 부동산으로서 1985년 12월 31일 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보전등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 이 건 과세관련자료에 의하면, 청구인이 특조법에 의하여 1995.3.23 소유권이전등기를 한 후 1996.7.6 공공용지 협의취득을 원인으로 부산광역시에 양도한 사실에 대하여 취득시기를 1995.3.23로, 양도시기를 1996.7.6로 하여 1996.9.24 자산양도차익예정신고를 하였으나, 처분청은 쟁점토지의 취득시기를 등기원인일인 1985.9.25로 하고, 양도시기를 1996.7.6로 하여 1999.9.18 양도소득세 및 농어촌특별세를 부과하였음이 확인된다.

(2) 청구인이 제시한 쟁점토지의 소유권이전등기와 관련한 자료에 의하면, 1995.3.23 법률 제4775호(특조법)에 의하여 청구인명의로 소유권이전등기되었음이 확인되고, 또한 청구인이 과세적부심사청구시 제출한 청구서를 보면,「청구인은 1969년경 청구외 OOO로부터 취득한 쟁점토지를 그의 큰처남인 청구외 OOO에게 파농사를 짓게하고 있다가 1985년 특조법에 따라 큰처남의 아들인 청구외 OOO명의로 소유권이전등기를 하였으나, 고령(1930년 생)으로 생존시에 소유권 문제를 해결하기 위하여 1995.3.23 청구인명의로 이전등기한 바, 취득할 당시의 정확한 매매대금이나 계약일자 또는 잔금지급일을 기억할 수도 없고 근거서류도 없는 실정이다」고 진술하고 있을 뿐 아니라, 처분청에서도 잔금청산일에 대한 확인·조사내용이 없는 점으로 미루어 보아, 쟁점토지 취득당시의 매매대금을 청산한 날이 분명하지 아니하다는 청구인의 주장은 이유있다고 인정된다.

(3) 살펴보건대, 쟁점토지와 같이 특조법에 의하여 등기된 부동산의 경우와 관련하여 자산의 양도차익을 계산함에 있어서, 취득시기 및 양도시기에 대하여 달리 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로, 특조법에 의하여 등기된 부동산의 경우라 하더라도 그 취득시기 또는 양도시기를 판정함에 있어서는 전시한소득세법 제98조및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호의 규정에 따라야 할 것인 바(국심95구2814, 1996.8.8 합동회의 및국심2000서1319, 2000.6.24외 다수 같은 뜻임), 위와 같이 쟁점토지의 취득시 잔금청산일이 확인되지 아니하는 이 건의 경우, 쟁점토지의 소유권이전등기접수일인 1995.3.23을 쟁점토지의 취득시기로 하여 이 건 과세표준과 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

라. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유있으므로국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.