도로포O공사ㆍ배수로공사와 관련된 부가가치세 매입세액을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부(경정)

처분청이 이를 토지의 조성을 위한 자본적지출로 보아 이에 대한 세액을 공제하지 아니한 처분에는 일부 잘못이 있다고 판단됨.

1. 원처분 개요가. 청구법인은 석유화학제품을 주로 생산하는 (주)OO가 R & D 를 위하여 별도로 설립한 연구법인으로 OOOO개발공사가 대전시 유성구 OO동 OOOOOO에 대지로 조성한 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 동 공사로부터 분양 받아 1991.11.1부터 1993.3.30까지 쟁점토지 위에 OO첨단기술연구원 신축공사를 하였다.청구법인은 1992년 1, 2기분 및 1993년 1기분 부가가치세 예정 및 확정신고를 하면서 위 신축공사시 지출한 비용과 관련된 부가가치세 매입세액 2,602,000,000을 매입세액으로 공제한 후 총괄납부하였다.

나. 처분청은 1993.10.16 도로포O등에 관련된 매입세액(이하 “쟁점세액”이라 한다)을부가가치세법시행령 제60조제6항에 규정된 토지의 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보고 이를 공제하지 아니 한 후 1992년 1기분 부가가치세 10,495,070원, 1992년 2기분 부가가치세 20,315,040원, 1993년 1기분 부가가치세 22,056,770원을 합한 금액 46,297,560원과 신고납부 불성실가산세 6,569,320원을 합한 52,866,880원을 추징하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 1994.1.25 심사청구를 거쳐 1994.5.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주O 및 국세청O 의견가. 청구법인 주O쟁점토지는 OOOO개발공사가 대지로 조성한 토지이므로부가가치세법시행령 제60조제6항에 규정된 토지의 자본적 지출에 해당되는 공사는 청구법인이 취득하기 전에 이미 OOOO개발공사가 완료하였으며,부가가치세법 제17조제2항 제4호의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액에 해당하기 위하여는 반드시 그 매입세액이 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련하여 발생한 것임을 전제로 하고 있으나 청구법인의 연구ㆍ개발사업은 부가가치세 면제사업에 해당하지 아니하는 과세사업이므로 쟁점세액은 매출세액에서 공제하여야 할 것이나, 이를 공제하지 아니하고 추징한 처분은 부당하다는 주O이다.

나. 국세청O 의견쟁점세액은 「OO첨단기술연구원」의 신축공사를 하면서 토지조성등을 위하여 지출한 비용으로 당해 토지의 가액을 증가시키는 자본적 지출에 해당됨으로 이와 관련된 매입세액을 공제하지 아니하고 추징한 처분청의 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 쟁점토지 위에 기업연구사업을 영위하기 위하여 청구법인의 연구소를 건축하면서 지출한 비용중 도로포O공사ㆍ배수로공사와 관련된 부가가치세 매입세액을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 이를 공제하지 아니한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제12조제1항 제12호에 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고,같은법 제17조제2항 제4호에 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며같은법시행령 제60조제6항(91.12.31 신설된 것)에 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 공제되는 매입세액에 포함되지 아니한다고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단먼저 법령개정사항을 살펴보면토지는 부가가치세 면세재화이므로 토지에 관련된 지출에 대한 부가가치세 매입세액은 공제하지 아니하고 취득원가로 계상해야 된다는 것을 명확히 하기 위하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 부가가치세 매입세액은 당해 토지의 용도에 관계없이 매입세액을 공제하지 아니하도록 1991.12.31부가가치세법시행령 제60조제6항을 개정한 바 있다.다음으로 쟁점매입세액이 토지조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액에 해당하지 아니하고 구축물등 감가상각대상자산의 공사와 관련된 매입세액에 해당되는지 여부를 살펴보면

(1) 청구법인의 연구소 건축공사는 청구외 OO개발(주)가 1992.4.27～1993.3.10까지 실시하였고, 청구법인은 이 기간의 공사금액 26,020,000,000원에 대하여 위 OO개발(주)로부터 7회에 걸쳐 세금계산서를 수취하고 1992년 1, 2기분 및 1993년 1기분 부가가치세 예정 및 확정신고를 하면서 위 신축공사시 지출한 비용과 관련된 부가가치세 매입세액 2,602,000,000원을 매입세액으로 공제한 후 총괄납부하였음이 공사계약서, 세금계산서, 부가가치세 총괄 납부신고서등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인의 연구소 건축공사 내역을 공사종류별로 보면 공통가설공사비 506,924,350원, 건축을 위한 토공사비 1,746,829,993원, 건축공사비 17,891,259,175원, 전기공사비 2,678,368,000원, 설비공사비 6,288,979,124원 기타 잡비 4,957,737,468원이고, 이들 중 쟁점관련 공사비는 공통가설공사비와 건축을 위한 토공사비 중 도로포Oㆍ배수로공사 등 445,339,520원이며, 처분청은 공통가설공사비 중 단지정리공사비 9,750,000원과 토공사비 중 도로포Oㆍ배수로공사 등 관련공사비 445,339,520원에 대한 매입세액 46,297,560원을 공제하지 아니하고 추징하였음이 부가가치세 총괄납부신고서ㆍ기성금조서 및 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인된다.

(3) 위에서 살펴본 법령과 사실을 종합하여 판단할 때 단지정리 공사비 9,750,000원을 제외한 이 건 도로포O공사 및 배수로공사 445,339,520원은 OOOO개발공사가 이미 대지로 조정한 쟁점토지 위에 연구용 건물을 신축하기 위하여 도로와 배수로를 구축한 것이고, 법인세법시행규칙[별표]의 고정자산내용 연수표에서 포O도로ㆍ방벽ㆍ제방ㆍ하수도 등을 감가상각 대상자산인 구축물로 규정하고 있으므로 토지와는 별개의 자산인 구축물을 설치한 것이므로 이 구축물은 감가상각대상 자산에 해당한다 할 것임에도 불구하고 처분청이 이를 토지의 조성을 위한 자본적지출로 보아 이에 대한 세액 45,322,560원을 공제하지 아니한 처분에는 일부 잘못이 있다고 판단된다(국심 93전2704, 94.2.21외 다수, 같은 뜻)할 것이다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주O이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.