양도소득세 자진납부한 사실은 확인되나 당해 신고사실이 확인되지 아니한다 하여 양도소득세 무신고로 인정한 후 기준시가에 의하여 과세한 처분의 당부(기각)

자산양도 후 실지거래가액에 의한 자산양도차익예정신고 또는 확정신고를 이행한 사실 및 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이전까지 실지거래가액에 관한 증빙서류를 처분청에 제출한 사실이 없는 이 건의 경우, 청구인이 주장하는 부동산의 취득 및 양도가액이 실지거래가액인지에 불구하고, 그 양도차익은 위 관련법령에 의하여 기준시가에 의하여 계산함이 적법하다 하겠고,

1. 원처분의 개요청구인은 86.11.5 취득한 서울특별시 강동구 OO동 OOOOOOO 대지 290㎡의 지상에 87.7.3 4층 상가건물 연면적 775.26㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축·준공하여 주거 및 임대용으로 사용하다가 96.5.30 청구외 OOO에게 양도하였다.처분청은 쟁점부동산의 양도에 대한 양도소득세를 무신고·무납부한 것으로 보아 기준시가에 의한 양도차익을 산정하여 97.12.17 양도소득세 268,171,142원을 청구인에게 결정고지 하였다.청구인은 이에 불복하여 98.2.12 심사청구를 거쳐 98.6.3 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견가. 청구인 주장쟁점부동산의 양도차익을 실지거래가액으로 산정하여 당해 예정신고기한내에 양도소득세 40,090,200원을 자진신고·납부하였으므로 신고한 실지거래가액(취득가액 : 502,400,000원, 양도가액 : 700,000,000원)으로 과세하여야 한다.

나. 국세청장 의견처분청 조사에 따르면 양도소득세신고서를 접수한 사실이 확인되지 아니하고 있고, 청구인 또한 신고서를 접수한 사실에 대하여 접수증 등 구체적인 거증제시가 없으므로 청구인의 양도소득세 자진신고 사실을 인정할 수 없다. 따라서 양도소득세를 자진신고한 사실이 없는 본건의 경우에는 관련 법 규정에 의한 실지거래가액으로 양도소득세를 결정할 수 있는 경우에 해당하지 아니하므로 처분청이 기준시가에 의한 양도차익으로 양도소득세를 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다만, 당초 결정시 토지의 취득시기를 77.1.1로 보았으나 등기부등본에 의하면 86.11.5로 확인되고, 양도소득세 자진납부세액 사후결의서 및 영수증 사본에 의하면 청구인이 96.6.28 양도소득세 40,090,200원을 자진납부하였음이 확인되므로 86.11.5을 토지의 취득시기로 하고 자진납부한 세액은 기납부세액으로 공제하여 이 건 과세표준과 세액을 경정함이 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 양도소득세 자진납부한 사실은 확인되나 당해 신고사실이 확인되지 아니한다 하여 양도소득세 무신고로 인정한 후 기준시가에 의하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

소득세법 제94조【양도소득의 범위】는「양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. (생략)」라고 규정하고 있고,소득세법 제96조【양도가액】는「양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.(’95.12.29 단서개정)

2. (생략)」라고 규정하고 있으며,소득세법시행령 제166조【양도차익의 산정】제4항은「법 제96조 제1호 가목 단서에서 “당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다(95.12.30 개정)

1. ～

2. (생략)

3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거랙가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우(95.12.30 개정)」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 96.5.30 쟁점부동산을 양도하고 96.6.28 양도소득세 40,090,200원을 OO은행 OO동지점에 납부하였으나 당해 양도소득세신고서는 처분청에 접수되지 않았음이 영수증사본 및 전심의 확인 등에 의하여 인정되고 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 다만, 위 납부한 양도소득세액이 청구인이 보관중인 양도소득세신고서 사본과 첨부한 매매계약서 등 증빙서류에 의하여 산출한 금액과 일치하고 있는 점으로 보아 당해 양도소득세 신고사실을 인정할 수 있고, 그렇다면 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일이내에 증빙서류를 갖추어 실지거래가액을 관할세무서장에게 신고한 경우에 해당되어 이 신고서상의 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 과세함이 타당하다고 청구인은 주장한다.

(2) 청구인이 위 양도소득세의 납부과정을 당심에 진술한 바에 의하면, 청구인은 세무사사무실에서 신고서류를 작성하고 당해 신고서를 처분청에 제출하는 것은 동 세무사에게 의뢰한 한편 납부할 세액만은 청구인이 은행에 납부했다는 것인데, 세액의 납부사실과 신고서의 제출사실은 별개이고, 여타 신고사실을 입증하는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어, 청구인의 이 건 양도소득세 자진신고 사실을 인정하기는 어려운 것으로 판단된다.

(3) 그렇다면, 자산양도 후 실지거래가액에 의한 자산양도차익예정신고 또는 확정신고를 이행한 사실 및 이 건 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이전까지 실지거래가액에 관한 증빙서류를 처분청에 제출한 사실이 없는 이 건의 경우, 청구인이 주장하는 쟁점부동산의 취득 및 양도가액이 실지거래가액인지에 불구하고, 그 양도차익은 위 관련법령에 의하여 기준시가에 의하여 계산함이 적법하다 하겠고, 따라서 이 건 양도차익을 기준시가로 계산하여 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

(4) 나아가, 청구인이 주장하는 바와 같이 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이전까지 실지거래가액에 의한 자산양도차익예정신고를 했다고 하더라도, 청구인이 제출한 쟁점부동산의 토지부분 취득시의 매매계약서와 매도인 청구외 OOO의 사실확인서, 청구인이 청구외 OOOO주식회사와 86.11.10 체결한 건설공사표준도급계약서, 그리고 청구인이 제시한 쟁점부동산 양도시의 매매계약서와 매수인 청구외 OOO의 사실확인서만으로서는 금융자료 등 객관적인 증빙의 제시가 없는 이 건에 대해 실지거래가액(취득가액과 양도가액)이 확인된다고 보기는 어렵다 하겠다.

라. 이 건 심판청구의 청구인의 주장은 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.