토지와 건물의 안분계산을 감정평가가액 비율로 안분하여 과세한 처분의 당부(기각)

토지는 기준시가, 건물은 감정평가가액의 비율을 적용한 것은 동일기준의 원칙에 부합하지 아니하므로 감정평가가액에 따라 계산한 가액에 의하여 안분계산한 처분은 정당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 2008.6.30. OOOO OOO OOO OOO OOOOO O 3필지 토지 11,354㎡, 건물 3,067.41㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOOO OOOOOO(이하 OOOOOOO”라 한다)로부터 32억원에 취득하고, 취득가액을 토지는 개별공시지가, 건물은 감정평가가액을 적용한 비율로 안분하여 건물가액을 공급가액 1,760,000,000원으로 산출하고 관련 매입세액 176,000,000원을 매출세액에서 공제하여 2008.7.25. 부가가치세 확정신고시 188,415,500원의 환급을 신청하였다.

나. 처분청은 쟁점부동산을 토지와 건물의 가액이 합리적인 방법으로 안분되지 아니하여 실지거래가액이 불분명하다고 보아, 토지와 건물가액을 감정평가가액 비율로 안분하여 건물가액을 공급가액 1,219,920,456원으로 하여 2008.9.9. 청구법인에게 123,495,500원만을 환급하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.11.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점부동산의 취득가액은 당초 당사자가 2,860,000,000원으로 합의하였으나 OOOOOO가 건축비 상승 등을 이유로 32억원으로 증액을 요구함에 따라 당초 적용하려던 OOOOOO 장부상의 비율(토지:건물=50.35:49.65)을 변경하여 토지는 개별공시지가, 건물은 감정평가가액을 적용한 비율(토지:건물= 45:55)로 안분하였던 바, 해당 건물의 시공사였던 천일종합건설주식회사로부터 받은 건물 신축시의 공사비가 20억원이라는 견적서를 참고하여 증액분(340,000,000원)을 건물가액에 합산하여 산출한 실지거래가액이므로, 처분청이 실지거래가액을 불분명한 것으로 보아 감정평가가액으로 안분하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

토지 및 건물의 가액이 구분 표시되지 아니하였다고 하더라도 계약서에 기재된 매매금액이 실지거래가액으로 확인되고 구분된 토지 및 건물가액 등이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 실지거래가액으로 보며, 반대로 구분표시되었더라도 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정하지 아니하는 경우에는 실지거래가액으로 볼 수 없는 바, 쟁점부동산의 건물가액을 2006년 신축시 소요금액에 자재비 상승분을 반영하여 산정하였다고 하나 건물 산정방법에 임의성이 많고 토지에 대한 가격상승분은 고려되지 않았을 뿐만 아니라 토지 및 건물의 안분비율(45:55)이 2008.6.19. 기준 감정평가서상의 비율(61.9:38.1)과 현저한 차이가 있으므로, 쟁점부동산을 실지거래가액이 불분명한 경우로 보아 감정평가가액 비율로 안분하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산 매입금액을 토지와 건물로 안분함에 있어 토지는 개별공시지가, 건물은 감정평가가액을 적용한 비율로 안분한 가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있는지 여부+

나. 관련법령

⑴부가가치세법 제13조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가⑵부가가치세법 시행령 제48조의2【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

다. 사실관계 및 판단

⑴ 부가가치세 경정결의서 등에 의하면, 청구법인은 2008.6.30. 쟁점부동산을 32억원에 매입하고 2008년 제1기 부가가치세 확정신고시 토지는 1,440,000,000원, 건물은 1,760,000,000원으로 구분하여 건물 관련 매입세액 176,000,000원을 포함한 총 188,415,500원의 환급을 신청하였으나, 처분청은 토지와 건물의 가액이 불분명한 것으로 보고 감정평가가액의 비율로 안분하여 123,495,500원만을 환급한 사실이 나타난다.

⑵ 부동산매매계약서, OOOOOO의 장부, 일반건축물대장, 견적서에 의하면, 청구법인과 OOOOOO는 당초 쟁점부동산의 매매가액을 2,860,000,000원으로 합의하고, OOOOOO의 2008년 장부상의 토지:건물의 비율(50.35:49.65)에 따라 토지를 1,440,000,000원, 건물을 1,420,000,000원으로 하기로 하였으나, OOOOOO가 건축자재 가격 상승을 이유로 쟁점부동산 매매가액을 32억원으로 증액할 것을 요구하여 청구인법인은 건물(2006.8.25. 착공, 2007.2.15. 사용승인) 시공자였던 OOOOOOOOOO에 견적을 의뢰하여 2008.4.5. 기준의 건물 신축공사비가 2,008,402,700원이라는 견적서를 받아, 2008.5.2. 총매매대금을 32억원으로 증액하여 부동산매매계약을 체결한 것으로 나타난다. 쟁점부동산의 토지와 건물 가액 산정과정을 보면, 당초 토지는 개별공시지가(101,000원/㎡, 2008.1.1. 기준)인 1,146,754,000원, 건물은 감정평가가액(2007.8.16. 가격시점)인 1,360,524,600원을 적용하여 토지와 건물의 비율(45.7:54.3)을 구하고 이를 변형한 비율(45:55)을 32억원에 적용하여 토지를 1,440,000,000원, 건물을 1,760,000,000원으로 산정하였으므로, 결국 토지는 기준시가, 건물은 감정평가가액의 비율을 적용한 것으로 나타난다.

산정기준

산정금액

비율

비고

당초비율

토지

101,000원/㎡

11,354㎡ × 101,000원 = 1,146,754,000원

45.7%

2008.1.1. 개별 공시지가 기준

건물

감정평가액

1,360,524,600원

54.3%

2007.8.16. 감정평가 기준

계

2,507,278,600원

↓

실지적용비율

토지

공시지가

(변형)

3,200,000,000 × 45% = 1,440,000,000원

45%

건물

감정평가액

(변형)

3,200,000,000 × 55% = 1,760,000,000원

55%

계

3,200,000,000원

⑶ 감정평가서 등에 의하면, 청구법인이 신고한 토지:건물의 비율 45:55는 OOOOOO의 2008사업연도 계정별 원장의 토지:건물의 비율 50.35:49.65, 계약 당시(2008.5.2.)의 기준시가를 기준으로 한 토지:건물의 비율 49.9:50.1, 세금계산서 교부 당시(2008.6.30.)의 기준시가를 기준으로 한 토지:건물의 비율 53.3:46.7, 잔금지급(2008.6.30.) 직전인 2008.6.19. 가격시점의 한국감정원의 감정평가가액을 기준으로 한 토지:건물의 비율 61.9:38.1보다 건물비중이 높게 산정된 것이다.

⑷ 청구법인의 통장거래내역 등에 의하면, 청구법인은 2008.4.8. 계약금 320,000,000원을 OOOOOOO OOOOOO 계좌에 입금하였고, 2008.6.30. 28억원을 청구법인의 OOOO 계좌에서 수표로 인출하여 OOOOOO에게 지급하고, 80,000,000원을 OOOOOO의 계좌에 별도로 입금하였으며, 2008.7.21. 건물분 관련 세액 176,000,000원을 OOOOOOO OOOOOO 계좌에 입금하여 총 3,376,000,000원을 지급한 것으로 나타난다. 한편, OOOOOOO 부가가치세 확정신고서에 의하면 OOOOOO는 2008년 제1기 부가가치세 확정신고시 쟁점부동산의 건물분 매입세액을 176,000,000원으로 하여 부가가치세를 신고·납부한 사실이 확인된다.

⑸「부가가치세법 시행령」 제48조의2제4항을 보면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 토지와 건물 등에 대한「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하였고, 이러한 경우에도 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있는 바, 이는 매매계약서상의 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분표시되어 있으며, 구분표시된 토지와 건물가액이 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근 토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 보아야 하고, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 국세청 기준시가나 감정평가가액에 따라 계산한 가액에 의하여 안분계산한 가액을 공급가액으로 하는 것이 규정의 취지라 할 것이다(OO OOOOOOO, 2005.9.28. 외 다수 같은 뜻임).

⑹ 그러나, 쟁점부동산은 토지는 기준시가, 건물은 감정평가가액의 비율을 적용하여 동일한 모수에서 산출되어야 안분비율로 적용할 수 있는 동일기준의 원칙에 부합하지 아니하며, 청구법인이 신고한 건물가액 1,760,000,000원은 처분청의 감정평가가액 비율로 산정한 건물가액 1,219,200,000원에 비하여 540,800,000원(44.3%)이 과다하게 평가되었고, 시간이 경과함에 따라 총 매매가액에서 차지하는 비중이 토지는 증가하고 건물은 감소하는 것이 일반적임에도 쟁점부동산의 건물가액 비중은 시간이 경과함에 따라 증가하는 결과가 되어 타당하지 아니하며, 특히 건물가액만을 증액하여야 할 특별한 이유가 없음에도 양도자가 건축공사비 상승 등을 주장한다는 이유로 쟁점부동산의 증액분 340,000,000원을 모두 건물에만 포함하여 산정하는 것은 타당하다고 보이지 아니하는 바, 청구법인이 신고한 토지 및 건물의 구분가액의 산정방법은 합리적이지 아니한 것으로 판단된다.

⑶ 따라서, 처분청이 청구법인의 건물가액을 불분명한 것으로 보아 감정평가가액의 비율로 안분하여 청구법인에게 123,495,500원만을 환급한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.