독립성기준을 충족하지 못하여 중소기업 유예기간이 적용되지 아니한다고 보아 과세한 처분의 당부

청구법인과 종속법인은 관계기업으로 2014사업연도 자기자본의 합계액이 1천억원 이상인 경우에 해당되어 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못해 청구법인에게 중소기업 유예기간이 적용되지 아니한다고 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 1992.9.30.부터 현재까지 OOO을 본점 소재지로 하여 제조업을 영위하고 있는 법인사업자로, 2011사업연도부터 (주)OOO(이하 “종속기업”이라 한다)의 발행주식 45,455주(37.5%)를 보유하던 중, 2012.1.1. 시행된「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 시행령 제2조 제1항 제3호에 따라 중소기업에 해당하지 않는 관계기업에 해당하게 되었으나, 2014사업연도는 중소기업 유예기간에 해당하는 것으로 보아 연구·인력비에 대한 세액공제 등 중소기업관련 세액 공제율을 적용하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 신고한 중소기업관련 세액공제에 대한 서면검토결과, 관계회사제도 도입으로 출자관계에 있는 기업군(관계회사)내 출자비율 등을 합산한 결과가 중소기업기준을 초과하여 독립성기준을 충족하지 못한 경우에는 중소기업 유예기간을 적용할 수 없다고 보아 2016.6.10. 청구법인에게 2014사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.7.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조특법 시행령 제2조 제5항은 「중소기업기본법」(이하 “중기법”이라 한다) 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생하는 날이 속하는 사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지 중소기업으로 본다고 규정하고 있고, 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호는 중소기업을 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준을 갖춘 기업으로 하고 이 중 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 상시 근로자의 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 경우 그 기준을 갖추지 못한 것으로 규정하고 있다. 청구법인은 2011사업연도에 종속기업의 주식을 취득하였던 점, 중기법 시행령에서 규정하고 있는 관계기업 제도를 조특법에 적용한 시점이 2012.1.1. 이후인 점, 2014사업연도에 청구법인과 종속기업의 평균매출액을 합산한 결과 중소기업의 요건을 갖추지 못하게 된 점을 감안하면, 청구법인은 중기법 개정으로 인해 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것이므로 조특법 제2조 제5항의 중소기업유예기간을 적용하여야 한다.

(2) 처분청은 청구법인은 중기법 시행령 제3조 제2호 별표 1 및 별표 2의 개정에 의한 관계기업 기준의 변경으로 새로이 중소기업에서 제외된 것이 아니므로 조특법 제2조 제5항의 중소기업유예기간을 적용할 수 없다고 주장한다. 그러나, 중소기업 유예제도는 중소기업으로서 부여받은 정부지원과 혜택이 일시에 중단되어 겪을 수 있는 부담을 완화하기 위해 도입된 것인 점, 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 조특법 시행령 제2조 제2항에서는 관계기업이 중소기업 요건을 이탈하는 경우에도 중소기업유예제도를 적용하기로 규정하고 있는 점 등을 감안하면 처분청이 조특법 제2조 제5항의 중소기업 유예기간 적용을 배제하여 청구법인에게 한 이 건 과세처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 조특법 시행령 제2조 제5항에 따라 중소기업 유예기간을 적용받아야 한다고 주장하나, 위 시행령에 따라 중소기업 유예기간을 적용하는 경우라 함은 중기법 시행령 제3조 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우를 의미하는 것이다.

(2) 청구법인은 중기법 시행령 제3조 제2호 별표 1 및 별표 2의 개정에 의한 관계기업 기준의 변경으로 새로이 중소기업에서 제외된 것이 아니라 조특법 시행령의 개정으로 2012.1.1.부터 관계기업의 실질적 독립성 기준이 연구·인력개발비 세액공제 대상인 중소기업 요건으로 추가(적용)되면서 중소기업에서 제외된 경우에 해당되는 것이므로 조특법 제2조 제5항의 중소기업유예기간을 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인에 대하여 조특법 시행령 제2조 소정의 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 오토바이 헬멧 등의 제조 및 판매를 영위하는 법인으로 조특법 시행령 제2조 제1항 본문에 따른 중소기업에 해당하는 업종을 영위하고 있고, 2014사업연도에 종속법인과의 자기자본 합계액이 OOO원을 초과하여 중소기업의 요건을 갖추지 못하게 된 것에 대해 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 2014사업연도가 조특법 시행령 제2조 소정의 중소기업 유예기간에 해당하는 것으로 보아 연구·인력개발비에 대한 세액공제 등 중소기업관련 세액 공제율을 적용하여 2014사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고·납부한 것으로 나타난다.

(3) 조특법 시행령 제2조 제1항은 중소기업의 요건으로 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합하여 실질적 독립성을 갖추고 있을 것을, 동 시행령 제2조 제2항 본문 단서는 중소 기업이 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호에 위배 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니할 것을, 동 시행령 제5항은 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 볼 것을 각각 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 중기법 개정으로 인해 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것이므로 조특법 시행령 제2조 소정의 중소기업유예기간을 적용하여야 한다고 주장한다. (나) 중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정기간 세제혜택을 부여하는 것이고, 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 유예 여부는 중소기업기본법령이 아닌 조특법과 조특법 시행령에 따라 판단하여야 한다. (다) 이 건의 경우 청구법인과 종속법인은 관계기업으로 2014사업연도 자기자본의 합계액이 OOO원 이상인 경우에 해당되어 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하고 있어 동 시행령 제2조 제2항 본문단서에 의하여 중소기업유예기간을 적용하지 못하는 점, 청구법인은 조특법 시행령 개정으로 관계기업의 실질적 독립성 기준이 중소기업 요건에 추가되면서 중소기업에서 제외된 것이지 관계기업 기준의 변경으로 새로이 중소기업에서 제외된 것이 아니라 조특법 시행령 제2조 제5항의 적용을 받을 수 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 조특법 제2조 소정의 중소기업유예기간을 적용하지 아니하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2014전589, 2014.5.13., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.