당초 세무조사 결과통지를 받은 후 감사지적에 따라 양도소득세를 부과한 처분에 대하여, 신의성실원칙에 반하는 처분으로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

당초 세무조사 결과통지를 받았더라도 이 건 처분은 감사원의 업무감사결과에 따른 처분지시에 따라 처분청이 세법적용의 판단착오를 바로 잡은 것에 불과함

1. 처분개요

가. 주식회사 AAA(이하 “쟁점법인”이라 한다)은 2007.10.18. 설립되어 OOO 소재에서 자동차부품 제조업 등을 영위하고 있고, 청구인은 2010사업연도말 기준 쟁점법인이 발행한 비상장주식 10,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득.보유하다가, 2016. 4.25. 그 사위 BBB(이하 “BBB”이라 한다)에게 1주당 액면가인 OOO원에 양도하였다.

나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.5.21.~2019.6. 17. 기간 동안 쟁점법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점주식을 1주당 시가인 OOO원이 아니라 액면가인 OOO원에 BBB에게 저가 양도한 사실을 확인하고, 관련 자료를 BBB의 관할 세무서장인 OOO서장에게 통보하였으며, OOO서장은 이에 따라 2019.8.1. BBB에게 2016.4.25. 증여분 증여세 OOO원을 결정.고지하였다.

다. 조사청은 2022년 5월경 감사원의 업무감사결과 처분지시에 따라 쟁점주식의 양도거래에 대하여「소득세법」제101조양도소득세 부당행위계산의 부인을 적용하여 관련 자료를 청구인의 관할 세무서장인 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2022.5.10. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2022.5.27. 이의신청(이의신청 결정에 따라 조사청의 세무조사결과통지서 수령일부터 이 건 양도소득세 결정 ㆍ고지일까지의 납부지연가산세 OOO원 감액 경정)을 거쳐 2022. 10.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2019.6.17. 쟁점법인의 주식변동조사가 종료되고 조사청으로부터 양도소득세 부당행위계산의 부인 적용대상이 아니라는 공적인 통지를 받았고, 이를 정당한 것으로 신뢰한 데에 청구인의 귀책사유가 없으며, 이를 신뢰하여 대출상환 등의 경제적인 행위를 하였고, 처분청은 2022년 5월경 조사청의 공적 견해표명에 반하여 청구인에게 경제적 이익을 침해하는 이 건 처분을 하였는바, 이는 신의성실의 원칙에 반하는 위법한 것이므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

대법원은 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세작에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 이러한 신의성실의 원칙이나「국세기본법」제18조에서 규정하는 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다는 취지로 판시(대법원 2002.11.26. 선고 2001두9103 판결, 대법원 2002.10.25. 선고 2001두1253 판결 등 참조)하고 있다.「소득세법」제114조제3항은 “양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 이를 경정한다”고 규정하고 있다.

따라서 처분청이 감사원의 업무감사결과 지시내용에 따라「소득세법」제101조양도소득세 부당행위계산의 부인을 적용하여 청구인에게 한 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 않으므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 처분이 신의성실의 원칙에 반하는 것인지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제101조(양도소득의 부당행위계산)

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지)

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

(2) 소득세법 시행령제98조(부당행위계산의 부인)

① 법 제41조 및 제101조에서 “특수관계인”이란「국세기본법 시행령」제1조의2제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다.

(3) 국세기본법제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

(4) 국세기본법 시행령제1조의2(특수관계인의 범위)

① 법 제2조 제20호 가목에서 “혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “친족관계”라 한다)를 말한다.

2. 4촌 이내의 인척

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 쟁점법인의 2007.2010.2016사업연도말 주주 및 주식보유현황은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

각 사업연도말 주주 및 주식보유현황OOO(나) 조사청은 쟁점법인에 대한 주식변동조사를 실시하고, 2019.6. 14. 쟁점법인에게 조사결과내용을 통지(아래 ＜표2＞ 참조)한 것으로 나타난다.

＜표2＞

쟁점법인에 대한 주식변동조사 결과내용(일부 발췌)OOO(다) 조사청은 2022년 5월경 감사원의 업무감사결과 처분지시(아래 ＜표3＞ 참조)에 따라, 이 건 관련 자료를 청구인의 관할 세무서장인 처분청에 통보하였는바, 주요내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞

감사원의 업무감사결과 처분지시내용(일부 발췌)OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 처분이 조사청의 공적 견해표명에 반하여 청구인에게 경제적 이익을 침해하였는바 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 신의성실의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 것(대법원 2002.10.25. 선고 2001두1253 판결 참조)인바, 조사청이 쟁점주식의 양도거래에 대하여 양도소득세 부당행위계산의 부인 적용대상이 아니라는 조사결과내용을 통지하였다 하더라도, 이 건 처분은 감사원의 조사청에 대한 업무감사결과 처분지시에 따라 처분청이 세법적용의 판단착오를 바로잡은 것에 불과한 점에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2005중2862, 2005.12.28. 등 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.