청구법인이 특수관계자인 ㅇㅇㅇ인프라투융자회사로부터 후순위차입한 거래에 대하여 이자율 시가를 초과한 부분을 부당행위계산부인 대상으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
심판청구를 기각한다.
처분청이 재조사 과정에서 선순위차입금 이자율에 만기프리미엄,후순위위험프리미엄을 각각 가산한 이자율을 시가로 산정하여 청구주장을 상당부분 받아들인 점,주무관청이 연도별로 이자를 지급하면서 실제로 지연한 MRG 평균 지연일수를 반영하여 계산한 지연이자과소프리미엄이 특별히 부당하다고 보이지 아니하는 점,처분청이 인정하지 아니한 MRG 미수위험프리미엄을 포함하여야 할 만한 특별한 사정이나 이를 입증하지 못하는 것으로 보이는 점 등에 비추어청구법인의 후순위차입금 적정이자율을
ㅇ
ㅇ%로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
결정문이 인용한 법령이 의결 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 의결 이후 개정 시행: 국세기본법(2026.08.11 시행), 법인세법 시행령(2026.02.27 시행), 법인세법(2026.07.01 시행) 이 표시는 결정문에 인용된 법령의 법령 단위 변경 신호이며 결정의 효력이나 현재 사건의 결론을 판정하지 않는다.
탐색 분야
사건명·공식 주문·재결요지·관련 법령에 실제로 나온 문자열로 붙인 탐색용 분류다.
재결요지
처분청이 재조사 과정에서 선순위차입금 이자율에 만기프리미엄,후순위위험프리미엄을 각각 가산한 이자율을 시가로 산정하여 청구주장을 상당부분 받아들인 점,주무관청이 연도별로 이자를 지급하면서 실제로 지연한 MRG 평균 지연일수를 반영하여 계산한 지연이자과소프리미엄이 특별히 부당하다고 보이지 아니하는 점,처분청이 인정하지 아니한 MRG 미수위험프리미엄을 포함하여야 할 만한 특별한 사정이나 이를 입증하지 못하는 것으로 보이는 점 등에 비추어청구법인의 후순위차입금 적정이자율을
ㅇ
ㅇ%로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 OOO민간투자사업시설에 대한 이용료 수금, 유지관리를 목적으로 2001.6.4. 설립되었으며, OOO대한 관리운영권 양수대금을 지급하기 위하여 2002.5.6. OOO연 20%의 이자율로 USD OOO외화 후순위사채를 발행하였고, 청구법인의 지분을 100% 보유하고 있는 OOO지분 전체를 OOO에게 양도하는 주식매매계약을 2005.1.21. 체결하고 2005.2.16. 주식을 양도하였으며, 이 과정에서 청구법인은 OOO부터 선순위 및 후순위차입금을 조달하여 기존의 장기차입금 및 외화 후순위사채를 상환하였고, 청구법인은 2005.2.16. OOO후순위차입약정을 체결하였으며, 후순위차입금의 약정한도액은 OOO억원이고 2018.5.16. 만기 일시상환 조건이며 이자율은 연 20%로 하였다.
나. OOO최 소운영수입보장 민자사업 사후관리실태 감사(2010.8.23.~2010.11.5.)에서 특수관계자간(주주차입금) 후순위차입금OOO에 대한 지급이자율 20%에 대하여 부당행위계산부인 규정에 의거 적정이자율을 초과하는 이자비용을 손금불산입하는 감사 처분을 요구하였다.
다. 처분청은 이에 따라 청구법인에게 2009~2010사업연도 법인세를 경정·고지하였고, 이에 청구법인이 불복하여 조세심판원에 심판청구하여 2012.12.12. 재조사결정을 받았으며, 처분청은 2013.2.1. 후순위차입금 이자율 시가를 13.15%로 결정하여 법인세를 경정하였다.
라. 청구법인은 2011~2013사업연도 법인세 신고시 가산세 리스크를 피하기 위하여 처분청이 재조사하여 결정한 적정이자율인 13.15%를 초과하는 후순위차입금 이자비용을 손금불산입하였으나, 청구법인은 2015.1.26. 후순위차입금 이자율 20%가 적정한 것으로 보아 13.15%를 초과하는 이자비용을 손금산입하여 2011사업연도 법인세 OOO및 2012사업연도 법인세 OOO환급과 2013사업연도 결손금 OOO증액하는 경정청구를 하였으며, 처분청은 2015.3.12. 이를 거부하는 처분을 하였다.
마. 청구법인은 이에 불복하여 2015.5.28. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은
① 청구법인의 과세기간을 달리한 동일한 사건에서 부산지방법원은 후순위차입금이자율 20%가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 것이라거나, 13.15%가 후순위차입금이자율의 시가라고 단정할 수 없다고 판결하였고,
② OOO당초 약정한 보조금의 지급기한을 2번에 걸쳐 연장하였을뿐 아니라 2009년 보조금의 경우 지급기한을 넘어 지급한 적이 있어 OOO로부터 보조금을 지연하여 수령할 가능성 및 최악의 경우 수령하지 못할 가능성 또한 배제할 수 없는바, OOO가 보조금을 지급할 의무가 있다고 하여 사업의 위험성이 없다고 볼 수 없으며,
③ 민간투자사업의 후순위이자율은 각 사업의 특성에 맞게 다양하게 결정되므로 각 사업에서 결정된 이자율을 존중하여야 하고, 다수의 민간투자사업에서 후순위이자율이 20% 이상으로 결정되었다는 사실을 보더라도 이 사건 후순위차입금이자율 20%를 과다한 것으로 볼 수 없으며,
④ 선순위차입금 OOO억원과 후순위차입금 OOO억원을 동일인인 OOO로부터 각각 8.5%, 20%로 차입하여 전체 OOO억원에 대한 차입금이자율은 10.93%에 불과하여 과다한 것으로 볼 수 없고,
⑤ 청구법인은 2009년 후순위차입금이자율에 대하여 부당행위계산부인 규정의 적용은 타당하지 않다는 내용의 외부회계법인의 검토를 받은 바 있다. 이와 같이 부산지방법원에서 후순위차입금 이자율 20%가 경제적인 합리성이 있는 정상적인 사가에 해당한다고 판단한 바 있고, OOO의 보조금 지급 유예 등으로 볼 때, 이 건 민자사업의 위험성이 상당히 높으며 다른 민자사업의 후순위차입금의 이자율과 비교하여 이 건 후순위차입금 이자율 20%가 과다하다고 볼 수 없고 선순위 및 후순위차입금의 가중평균이자율이 10.93%에 불과하다는 점에서 후순위차입금 이자율을 20%로 정한 것은 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 행위에 해당하지 아니하여 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 없으므로 이 건 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
「법인세법」 제52조 제2항에 따른 경제적 합리성의 판단기준으로 “건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준”이라고 규정하였고, 대법원은 “경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하는바(대법원 1997.5.28. 선고 95누18697 외 다수 참조), MRG(최소운영 수익) 보장 등 수익 및 비용 구조에 대해 비교적 장기 예측이 가능한 상황에서 청구법인이 과다한 이자비용 발생으로 인한 결손이 예상되는 재무구조(부채 94%)를 선택한 것은 경제적 합리성을 결여한 부당행위에 해당하고, 금전의 대여 또는 차용에 있어서는 부당행위임을 판단하는 기준인 시가는 「법인세법 시행령」 제89조 제3항의 당좌대출이자율이며, 아래 <표>와 같이 적정이자율에 관한 청구법인과 처분청의 주장 차이는 MRG 위험을 반영할 것인지 여부이다. 민간투자사업에 대한 최소운영수입보장(MRG) 제도는 1999년 4월에 시행된 「사회간접자본시설에 대한 민간투자법」에서 민간자본 유치를 활성화하기 위해 처음 도입됐는데 이는 민간투자 사업자의 실제 운영수입이 추정 운영수입보다 적을 경우 일정 수준까지는 사업시행기관인 국가 또는 지방자치단체가 민간투자사업자에게 보장할 목적으로 도입된 제도로서, 제도의 목적 등을 고려할 때 사업시행기관이 MRG를 지급하지 않을 가능성이나 사업시행기관이 지급불능 상태에 이를 개연성이 거의 희박하다.
청구법인은 실제 위험이 현실화되었다고 주장을 하나, 이는 자본구조 변경에 대하여 OOO소송 등 다른 사유에 기인한 것으로 그 결과가 어떻게 나오든지 청구법인이 OOO한 실시협약에 따라 발생한 MRG를 지급받는 사실에는 변화가 없어 기준이자율에 가산한 전체 위험률 11.5%의 46%에 이르는 5.25%를 위험률로 산정한 것은 부당하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점 청구법인이 특수관계자인 OOO로부터의 20%의 이자율로 후순위차입한 거래에 대하여 처분청의 재조사 시가 13.15%를 초과한 부분을 부당행위계산부인 대상으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
나. 관련 법령
(1) 법인세법 제52조[부당행위계산의 부인]
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율 이자율 임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 제87조[특수관계인의 범위]
① 법 제52조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 특수관계인”이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 “특수관계인”이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도 「국세기본법」제2조 제20호 각 목 외의 부분 하단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.
2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
(2) 법인세법 시행령 제88조[부당행위계산의 유형 등]
① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공 받는 경우 제89조[시가의 범위 등]
① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하“가중평균차입이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 “당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청은 과세기간을 달리한 2009~2010사업연도의 동일한 쟁점에 대하여 OOO감사처분요구에 따라 법인세를 경정·고지하였으며, 청구법인은 불복하여 우리 원에 심판청구하였고, 우리 원은 재조사 결정(조심 2012부2603, 2012.12.12.)한 것으로 나타난다.
(2) 처분청은 2013년 1월 아래와 같이 청구법인에 대한 후순위차입이자율의 위험프리미엄 검토하여 적정이자율을 8.5%(당좌대출이자율)에서 13.15%로 수정하여 경정하였다.
(3) 청구법인은 2011~2013사업연도에 대하여 13.15%를 초과하는 후순위차입금 이자비용을 손금불산입하였다가 2015.1.26. 후순위차입금 이자율 20%가 적정한 것으로 보아 13.15%를 초과하는 이자비용을 손금산입하는 것으로 경정청구를 하였고, 처분청은 2015.3.12. 이를 거부한 것으로 나타난다.
(4) 청구법인은 다른 민간투자사업의 후순위차입이자율, 실시협약서, 부산지방법원 판결서(2014.8.29. 선고 2013구합20524 판결), 3회 변경된 실시협약서, 회계법인의 검토보고서 등 관련 증빙을 제시하면서 후순위차입금 이자율 20%가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적인 합리성이 결여된 비정상적인 것으로 볼 수 없다고 주장한다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 후순위차입금 이자율 20%가 민자사업의 특수성과 후순위차입금이 가지는 제약조건 등을 반영하여 결정된 것으로서 적정한 시가에 해당한다고 주장하나, 처분청이 재조사 과정에서 선순위차입금 이자율 8.5%에 만기프리미엄 1.13%, 후순위위험프리미엄 1.62%, 선순위차입금과다프리미엄 0.75%, 지연이자과소위험프리미엄 1.15%를 각각 가산한 13.15%를 적정한 이자율로 산정하여 청구주장을 상당부분 받아들인 점, 주무관청이 연도별로 이자를 지급하면서 실제로 지연한 MRG 평균 지연일수를 반영하여 계산한 지연이자과소프리미엄이 특별히 부당하다고 보이지 아니한 점, 처분청이 인정하지 아니한 MRG 미수위험프리미엄 5.25%는 차입이자율 20%에서 나머지 프리미엄을 차감하여 산출한 것으로 청구법인이 이를 포함하여야 하는 특별한 사정이나 입증을 하지 못하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 후순위차입금 적정이자율을 13.15%로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
근거 법령·조문
- 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 법인세법 제52조제2항 (부당행위계산의 부인) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 법인세법 시행령 제89조제3항 (시가의 범위 등) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 사회간접자본시설에 대한 민간투자법
- 국세기본법 제2조제20호 (정의) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 국세기본법 제81조 (항고소송 제기사건의 통지) 조문 원문 govbrief.kr
같은 법령·조문을 다룬 기관 회신
- 주식으로 받은 어업권 피해보상금은 원천징수하나?공통 근거 법인세법 시행령 제89조 · 회신 2025.02.26 · 검색 품질 기준 통과
- 해외 자회사 채권 출자전환 손실은 어떻게 처리하나?공통 근거 법인세법 제52조 · 회신 2024.12.23 · 검색 품질 기준 통과
- 국외법인 매출채권 대손은 국내원천소득인가?공통 근거 법인세법 제52조 · 회신 2024.11.28 · 검색 품질 기준 통과
- 대여금채권 출자전환 차액은 채무 면제인가?공통 근거 법인세법 제52조 · 회신 2024.06.12 · 검색 품질 기준 통과
- 외국 모법인의 RSU는 어떻게 과세되나?공통 근거 법인세법 시행령 제89조 · 회신 2023.05.22 · 검색 품질 기준 통과
- 모회사가 자회사 주식을 처분하면 이연세액을 내는가?공통 근거 법인세법 제52조 · 회신 2022.03.07 · 검색 품질 기준 통과
- 주식을 저가 현물출자하면 증여의제가 적용되나?공통 근거 법인세법 시행령 제89조 · 회신 2021.10.25 · 검색 품질 기준 통과
- 분할합병 신주인수권 교부는 어떻게 과세하나?공통 근거 법인세법 시행령 제89조 · 회신 2021.06.15 · 검색 품질 기준 통과
공통 조문에 따른 탐색 연결이며 동일 질문·동일 사실관계를 뜻하지 않는다. 검색 품질 기준을 통과한 회신은 8건이다.
같은 조문, 다른 주문 결과
법인세법 제52조를 함께 인용했지만 주문 분류가 다른 결정이다. 사실관계가 같다는 뜻은 아니다.
- 대표이사의 배우자에 지급한 인건비 1.2억원의 가공인건비 여부조심 2026부1724 · · 주문 분류 경정 · 법인 · 탐색 분야 법인세 · 현행 확인
- 부과제척기간 만료일에 임박하여 한 이 건 과세처분은 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈한 것으로서 절차상 하자가 있으므로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부조심 2026부0004 · · 주문 분류 취소 · 양도 · 탐색 분야 양도소득세 · 결정 후 개정
- 그룹공동광고비 관련 매입세액 중 계열사들의 매출액 비중 상당액을 청구법인의 상표권임대업에 실지귀속된 것으로 보아 매입세액을 공제해야 한다는 청구주장의 당부조심 2022서8220 · · 주문 분류 기각+경정 · 부가 · 탐색 분야 부가가치세 · 결정 후 개정
- 현금흐름할인법(DCF)에 따라 산정한 주식평가액을 시가로 볼 수 있는지 여부조심 2025광2467 · · 주문 분류 경정+재조사 · 법인 · 탐색 분야 상속·증여세 · 결정 후 개정
- 위법한 세무조사 등 절차상 하자 있는 처분에 해당하는지 여부조심 2025구4186 · · 주문 분류 취소 · 법인 · 탐색 분야 법인세 · 결정 후 개정
- ① 쟁점감정가액을 부인하고 쟁점매매사례가액을 쟁점토지 지분(2분의1)의 시가로 보아, 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과한 처분의 당부② 공익법인인 청구법인이 출연받은 쟁점토지 지분을 특수관계인에게 저가양도하였으므로 시가와 매매가액의 차액을 공익목적사업 용도 외 사용한 것으로 보아 증여세를 부과한 처분의 당부조심 2024중4701 · · 주문 분류 취소+경정 · 증여 · 탐색 분야 상속·증여세 · 결정 후 개정
- 청구법인이 해외현지법인에 대한 대부채권을 출자전환하여 취득한 쟁점주식 시가와 채권 장부가액의 차액의 손금 귀속시기를 출자전환시로 보아야 한다는 청구주장의 당부조심 2025중3675 · · 주문 분류 취소+경정 · 법인 · 탐색 분야 법인세 · 결정 후 개정
- 상속개시일 전 피상속인 명의 계좌에서 인출되어 피상속인의 배우자에게 예치된 금전을 배우자가 아닌 청구인(피상속인의 자녀)에게 사전증여한 것으로 보아야한다는 청구주장의 당부 등조심 2026인0211 · · 주문 분류 기각+경정 · 상속 · 탐색 분야 상속·증여세 · 결정 후 개정
이 결정을 인용할 때
조세심판원 조심 2015부2638 (<time datetime="2016-01-25">2016.01.25</time> 의결), "청구법인이 특수관계자인 ㅇㅇㅇ인프라투융자회사로부터 후순위차입한 거래에 대하여 이자율 시가를 초과한 부분을 부당행위계산부인 대상으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/decisions/tt/107266/
출처·분류
- 공식 원문
- 국가법령정보센터 조세심판원 결정 (식별자 107266)
- 게시 분류
- 국세 · 사건번호 규칙에 따른 결정적 분류
- 주문 분류
- 화면에 표시한 공식 주문에서 확인한 결과어: 기각
- 본문
- 공식 주문·재결요지·청구취지·이유를 새 문장 없이 표시