단독사업 영위기간을 계속사업기간에서 제외하여 수입금액증가 등에 대한 세액공제를 배제한 처분의 당부

청구인은 동 사업장에서 계속 사업을 영위하다 07.10.9. 청구외 정OOO과 공동으로 사업을 운영하여 청구인은 직전과세연도 종료일인 07.12.31.부터 소급하여 1년 이상 계속 사업한 경우에 해당된다 할 것임

1. 처분개요

가. 청구인은 2002.9.15.부터 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 단독으로 운영하다가 2007.10.9. 정OOO과 공동으로 사업을 운영하였고, 2008년 귀속 종합소득세 신고시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제122조의 수입금액 증가에 따른 세액공제를 적용하여 OOO원을 산출세액에서 공제하여 종합소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구인이 단독사업에서 공동사업으로 변경하였기 때문에 조특법에서 규정한 수입금액 증가에 따른 세액공제 적용 요건중 하나인 직전 과세연도 종료일부터 소급하여 1년 이상 계속하여 사업을 영위한 자에 해당되지 아니한다 하여 조특법 제122조 제2항 제1호가 아닌 같은 항 제2호의 규정을 적용하여, 2012.9.5. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

수입금액증가 세액공제의 입법취지가 성실히 세금을 납부하는 사업자에 대하여 혜택을 부여함과 동시에 사업장별 수입금액을 양성화하자는데 있다고 볼 수 있어 사실상 계속적으로 영위한 사업내용에 비추어 수입금액이 증가한 부분에 대하여 세액공제를 적용하는 것으로, 수입금액 증가세액공제를 위해 조특법 제122조 제2항 제1호를 적용함에 있어 같은 법 시행령 제117조 제1항에서 “동 세액공제를 받고자 하는 과세연도의 직전 과세연도 종료일부터 소급하여 1년 이상 계속하여 당해 사업을 영위한 자에 한하여 적용할 수 있다”고 규정되어 있는 것은 소득금액 계산 및 기장의무(단독사업장 및 공동사업장에 대하여 각각 별개로 장부를 비치 기장)에 관련된 것이고, 사업의 계속성과 동질성만 인정된다면 청구인과 같이 공동사업으로 전환한 경우에도 신규사업자가 아니라 계속하여 당해 사업을 영위한 자로 보아야 하므로 과세처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법」 제87조 제1항 및 제3항은 공동사업장을 1사업자로 보아 소득금액을 계산하도록 규정하고 있고, 또한 수입금액 증가세액 공제를 위한 법령의 취지는 사업장별로 수입에 대한 신고의 투명성을 확보하기 위한 것으로 이는 사업자별 수입금액증가 상황을 판단기준 으로 하는 것이 아니라 사업장별로 판단하여야 함에 따라 이 건과 같이 단독사업(2002.9.15.∼2007.10.8.)에서 공동사업(2007.10.9.∼2009.3.16.)으로 변경한 경우는 1년 이상 계속하여 해당사업을 경영한 기간 계산에 단독사업기간을 포함할 수 없는 것으로 청구인이 근거로 제시한 판례(국심 2003서909, 2003.6.11.) 중 공동사업장을 영위하던 사업자가 구성원의 탈퇴로 단독사업자가 된 경우, 신규사업자로 보아 수입금액 증가세액공제를 배제함은 부당하다는 판례는 “각 사업장이 얼마만큼 성실하게 수입금액을 신고했는가”라는 결과에 초점을 맞추고 있을 뿐 “그 수입금액이 어떤 방식(예 : 공동사업자 수의 증감)을 통해 증가하였는가 라는 원인에는 관심을 두고 있지 아니한다는 내용으로, 단독사업에서 별개의 공동사업장을 개설한 이 건에도 적용이 된다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

단독사업을 영위하던 청구인이 공동사업으로 변경하여 동일 업종을 계속 경영하는 경우 조특법 제122조 제2항 제1호에 따른 수입금액증가 등에 관한 세액공제를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제122조 【수입금액의 증가등에 대한 세액공제】

② 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드가맹점인 사업자, 판매시점정보관리시스템설비, 대통령령이 정하는 전파식별시스템(이하 "전파식별시스템"이라 한다) 또는 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 통합전산시스템(이하 이 조에서 "통합전산시스템"이라 한다)을 도입한 사업자중 부동산임대소득 또는 사업소득(이하 이 조에서 "사업소득등"이라 한다)이 있는 거주자(이하 이 조에서 "사업자"라 한다)로서 대통령령이 정하는 자 또는 「전자거래기본법」에 따른 사이버몰을 통하여 대통령령이 정하는 전자적 방법으로 재화와 용역을 거래(이하 "전자상거래"라 한다)하는 자로서 대통령령이 정하는 자가 2008년 12월 31일까지 신용카드(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 의한 수입금액, 판매시점정보관리시스템설비에 의한 수입금액, 전파식별시스템을 통한 수입금액, 통합전산시스템에 의한 수입금액 또는 전자상거래에 의한 수입금액(이하 이 항에서 "전자상거래등수입금액"이라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 의하여 계산한 금액중 하나를 선택하여 그 금액을 당해 과세연도의 소득세에서 공제받을 수 있다.

1. 종합소득과세표준확정신고시 신고한 사업장별 전자상거래등수입금액이 직전 과세연도의 전자상거래등수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액(사업장별 총수입금액의 증가분을 한도로 한다)의 100분의 50에 상당하는 금액이 당해 사업장의 총수입금액에서 차지하는 비율을 당해 사업장의 사업소득등에 대한 종합소득산출세액에 곱하여 계산한 금액

2. 종합소득과세표준확정신고시 신고한 사업장별 전자상거래등수입금액의 100분의 5에 상당하는 금액이 당해 사업장의 총수입금액에서 차지하는 비율을 당해 사업장의 사업소득등에 대한 종합소득산출세액에 곱하여 계산한 금액

(2) 조세특례제한법 시행령 제117조 【수입금액의 증가 등에 대한 세액공제】

① 법 제122조제1항제1호·제2항제1호 및 제5항 제1호는 동 세액공제를 받고자 하는 과세연도의 직전과세연도종료일부터 소급하여 1년 이상 계속하여 당해 사업을 영위한 자에 한하여 적용할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2002.9.15. 쟁점사업장을 개업하여 2007.10.8.까지는 단독으로 사업을 영위하다가 2007.10.9.부터 청구외 정OOO과 공동사업자로 등록하여 쟁점사업장을 공동운영하였음이 사업자등록증 등으로 확인되고, 쟁점사업장의 청구인 등의 수입금액 증가현황은 아래의 〈표1〉과 같다. OOOOOOOO OO (OO : O) (가) 쟁점사업장의 청구인의 공동사업 지분비율 변동현황을 보면, 2007.10.9. 50%, 2009.3.16.～2009.5.26. 100%, 2009.5.27. 이후에는 60%로 나타난다. (나) 청구인은 조특법 제122조 제2항 제1호의 증가액 기준 규정을 적용하여 세액공제액을 OOO원으로 산정하여 신고하였으나, 처분청은 청구인이 직전 과세연도종료일(2007.12.31.)로부터 소급하여 1년 이상 계속 사업한 경우에 해당되지 아니하므로, 조특법 제122조 제2항 제2호의 적용대상으로 수입금액증가등 세액공제액을 OOO원으로 산정하여 과세한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 조특법 제122조 제2항의 수입금액의 증가등에 대한 세액공제 제도는 여신전문금융업법에 의한 신용카드가맹점인 사업자와 판매시점정보관리시스템설비(POS)를 도입한 사업자 등에게 세액공제의 혜택을 주어 위 장비 등의 설치 및 이용을 적극 장려하고 이를 통하여 개인 사업자의 수입금액 양성화를 유도하고, 신용카드 등의 사용활성화로 세원투명성이 제고됨에 따라 납세의무자의 종합소득세 세부담이 급격히 증가하는 것을 완화하기 위해 도입된 제도로, 공동사업장의 경우에도 수입금액의 증가 등에 대한 세액공제액의 산출 및 공제는 공동사업자별로 적용하는 것인 바, 청구인의 경우 2002.9.15.부터 쟁점사업장에서 계속 사업을 영위하다가, 2007.10.9. 청구외 정OOO과 공동으로 사업을 운영하여, 청구인은 조특법 시행령 제117조 제1항 제1호의 과세연도의 직전과세연도 종료일인 2007.12.31.부터 소급하여 1년 이상 계속 사업한 경우에 해당된다 할 것(조심 2003서909, 2003.6.11. 참조)임에도, 처분청이 조특법 제122조 제2항 제1호의 규정을 적용하여 종합소득세를 신고한 것에 대하여 같은 법 제122조 제2항 제2호의 규정을 적용하여 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.