별지 1번 및 7번 내지 11번 기재의 골프장 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분의 당부(경정)

수정 개발에 대한 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매입세액이 아니라 토지와는 구분되는 구축물에 대한 매입세액으로서 매출세액에서 공제되는 것으로 판단됨.

1. 사실 및 처분 개요 청구법인은 골프장사업 등을 목적으로 경기도 남양주군 진접읍 OO리 OOOO를 본점 소재지로 하여 89.4.7 설립된 법인으로서 89.11.20 골프장 사업승인을 받아 경기도 남양주군 진접읍 OO리에 골프장을 건설중에 있다. 청구법인은 별지 기재의 위 골프장 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 하여 93년 제1기 및 93년 제2기 부가가치세를 신고하였다가 이를 공제 대상으로 하여 94.1.25 및 94.7.25 각 부가가치세 수정신고를 하였다. 처분청은 94.9.16 별지 골프장 관련 매입세액 중 1번 및 7번 내지 11번 기재의 매입세액을 불공제하고, 동 불공제매입세액에 대하여 부가가치세법 제22조 제4항 제1호의 규정에 의한 초과환급신고가산세를 가산하여 93년 제1기분 환급세액을 16,726,600원으로, 93년 제2기분 고지세액을 8,437,290원으로 경정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.11.14 심사청구를 하였고, 이에 대하여 국세청장은 95.1.6 위 초과환급신고가산세는 부과하지 아니하는 것으로 결정하였다. 이에 따라 처분청은 95.2.10 위 초과환급신고가산세를 취소하여 93년 제1기분 부가가치세 693,400원을 93년 제2기분 부가가치세 19,068,140원을 각 환급하는 것으로 재경정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.3.6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 부가가치세 과세사업인 골프장사업을 위하여 동 사업의 사업용고정자산인 골프코스 등을 조성하는 과정에서 별지 기재의 부가가치세를 부담하였다. 처분청은 91.12.31 신설된 부가가치세법시행령 제60조 제6항의 규정에 의하여 별지 골프장 관련 매입세액중 1번 및 7번 내지 11번 기재의 매입세액을 토지의 조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액으로 보아 불공제하였는 바, 위 규정을 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 그 토지의 용도가 부가가치세 과세사업용이든 부가가치세 면세사업용이든 그 용도에 불구하고 모두 공제하지 아니하는 취지로 해석하는 것은 모법인 부가가치세법 제17조 제2항 제4호(93.12.31 개정전의 것)의 한계를 벗어나는 것이다. 즉, 부가가치세법 제17조 제2항의 규정은 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 공제하지 아니한다는 것인 바 매입세액 불공제의 요건은 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위한 매입세액이므로 간척사업, 택지조성사업, 공유수면매립사업 등과 같이 면세되는 재화인 토지를 조성하여 공급하는 경우에만 토지관련 매입세액을 불공제하여야 하는 것이다. 따라서 부가가치세가 과세되는 골프장의 사업용고정자산인 골프코스 등의 조성비용에 관련된 매입세액은 공제되어야 한다.

3. 국세청장 의견 부가가치세법 제12조 제1항 제12호에서 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 규정하고, 같은 법 제17조 제2항 제4호(93.12.31 개정전의 것)에서 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하였으며, 같은 법 시행령 제60조 제6항(93.12.31 개정전의 것)은 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하였는 바, 이는 토지가 부가가치세 면세재화이기 때문에 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 토지의 용도에 관계없이 불공제하여 토지의 취득원가로 계상하여야 한다는 것을 명확하게 한 것이다. 이 건의 경우 골프장용 토지조성공사는 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 공사임에 틀림이 없으며, 골프장용 토지는 감가상각 대상자산인 구축물로 볼 수 없으므로 별지 1번 및 7번 내지 11번 기재의 골프장 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 이 건의 다툼은 별지 1번 및 7번 내지 11번 기재의 골프장 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 먼저 관련 법령의 규정을 살펴보면, 부가가치세법 제12조 제1항 제12호에서 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있고, 같은법 제17조 제1항에서 “사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있다. 그리고 같은법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고, 그 제4호(93.12.31 개정전의 것)에서 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”으로 규정하였으며, 같은법 시행령 제70조 제6항(93.12.31 개정전의 것)에서 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하고 있다.

다. 부가가치세는 사업자가 거래 단계에서 창출한 부가가치를 과세객체로 하는 조세이며 우리나라의 현행 부가가치세제는 소위 “전단계세액공제방식”을 택하고 있으므로 토지와 같은 생산요소에 대하여 과세하는 경우 거래 단계에서 창출된 부가가치에 대하여 완전하게 과세하지 못하고 오히려 생산요소 구입에 대한 최종 소비자의 부담만을 증가시키게 되므로 토지와 같은 생산요소는 이와 같은 부가가치세의 기본원리상 면세로 하는 것이며 부가가치세법 제12조 제1항 제12호에서는 위와 같은 취지를 명문으로 규정하고 있는 것이다. 따라서 사업자가 토지를 바탕으로 창출한 부가가치가 면세재화 또는 용역에 관련된 것이든 과세재화 또는 용역에 관련된 것이든 관계없이 토지자체의 공급은 면세이므로 과세사업자가 토지 조성후 당해 토지를 양도할 경우에도 부가가치세의 과세대상이 되지 아니하는 것이다. 만약 부가가치세 과세사업자가 지출한 토지조성비라고 하여 이를 매입세액에서 공제한다면, 당해 토지를 양도하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제12호의 규정에 의하여 부가가치세 면세사업자인지 여부에 관계없이 동 토지의 공급은 면세가 되므로 결과적으로 볼 때 부가가치세법상의 영세율을 적용하는 결과가 되어 토지를 면세재화로 규정한 취지에도 모순되는 결과를 초래하게 된다. 그러므로 부가가치세 과세사업자의 경우에도 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하여야 면세제도의 기본원리에 부합되게 되는 것이다.

또한 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 “법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하였고, 같은법 시행령 제60조 제6항에서 이를 보다 구체적으로 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하고 있는 바, 법조문의 문리해석상으로도 사업자가 자기의 사업과 관련하여 면세재화인 토지에 투자한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 당연히 공제되지 아니하는 것이다. 따라서 청구법인이 부가가치세가 과세되는 사업인 골프장사업자로서 골프코스 등을 조성하기 위하여 부담한 부가가치세라 하더라도 그것이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 부가가치세인 경우에는 부가가치세가 면제되는 토지관련 매입세액으로서 청구법인에 최종적으로 귀착되는 것이므로 매출세액에서 이를 공제하지 아니하는 것이다.

라. 별지 기재의 골프장 관련 매입세액 중 처분청이 매입세액을 불공제한공사의 내용을 보면 수목이식 관련 공사, 토목공사 및 집수정 개발공사 등으로 구성되어 있다. 위 매입세액 중 수목이식 관련 공사와 토목공사는 토지 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하므로 앞에서 살펴 본 바와 같이 청구법인이 부가가치세 과세사업자로서 그 과세사업을 위하여 지출한 비용이라 하더라도 동 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것으로 판단된다. 그러나 집수정은 지하수를 개발하여 사용하기 위한 시설로서 토지와는 구분되는 별도의 구축물에 해당하므로, 집수정 개발에 대한 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매입세액이 아니라 토지와는 구분되는 구축물에 대한 매입세액으로서 매출세액에서 공제되는 것으로 판단된다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.