자치단체장이 보조금 교부계획을 통지한 날이 속하는 사업연도가 아니라 지방의회의 의결을 거쳐 자치단체장이 보조금 교부결정액을 통지한 날이 속하는 사업연도를 보조금 귀속시기로 보아 법인세 과세한 처분의 당부

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시의회의 의결을 거쳐

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시장이 쟁점보조금에 관하여 내시한 2010년도가 되어서야 쟁점보조금의 교부결정(지급금액 및 시기 등)이 이루어졌다 할 것이므로, 쟁점보조금의 익금 귀속시기는 2010년도로 보아야 한다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO가 100% 출자하여 토지개발 및 동물원 운영 등 자체 사업과 OOO에서 위탁받은 업무를 대행하는 지방공기업으로서, 2002년도부터 지점법인인 OOO를 운영하면서 발생하는 적자를 보전하기 위하여 매년 OOO로부터 보조금을 교부받아 왔는데, 2009.11.9. OOO에게 2009년도 OOO 운영보조금(이하 “쟁점보조금”이라 한다) 지원을 요청하여, 2009.12.17. OOO으로부터 쟁점보조금으로 OOO을 지원할 계획임을 통보받은 후, 같은 금액을 2009사업연도 법인세 신고시 익금으로 계상하였다가, 2010.10.4. OOO으로부터 쟁점보조금이 2010년도 제1회 추경예산안 의회심의시 일부 삭감된 OOO으로 의결확정되었음을 통보받고서, 2009사업연도에 익금산입한 쟁점보조금 명목의 OOO 중 삭감된 OOO을 2010사업연도 법인세 신고시 전기오류수정손실로 계상하였다.

나. 처분청은 쟁점보조금의 귀속시기를 청구법인이 OOO으로부터 교부금 확정통지를 받은 날이 속하는 2010년도라고 보아, 청구법인이 신고한 위 2010년도 전기오류수정손실 OOO과 보조금 교부 결정액 OOO을 각 손금불산입·익금산입하고 유보로 소득처분한 후 2012.3.14. 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO을 경정고지하였다(한편, 처분청은 청구법인에게 2009사업연도 법인세 과다신고분에 대하여 경정청구할 수 있음을 안내함).

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 OOO의 의결을 거쳐 쟁점보조금이 확정된 날이 속하는 2010사업연도를 그 귀속시기로 보고 있으나, 2009사업연도에 OOO과 청구법인이 합의하여 쟁점보조금의 금액과 지급시기를 결정하고 보조금 교부통지를 한 이상, 보조금 수익의 실현가능성은 상당한 정도로 성숙되고 확정되었다고 볼 수 있으므로 쟁점보조금은 보조금 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여야 한다. 만약, OOO의 의결로 쟁점보조금에 관한 당초 합의가 달라지더라도 이는 새로운 거래나 계약의 변경, 혹은 추정의 변경으로 인식하여 새로운 손금이나 익금, 정산금 등으로 처리함이 타당하며, 보조금이 손실금에 대한 보전금이라는 점을 감안하고, 청구법인이 매년 손실금에 대응하여 해당 보조금을 당해사업연도 익금으로 산입해 왔다면 이는 수익비용대응의 원칙이나 회계관행 존중의 원칙에 비추어 보아서도 합당하므로 쟁점보조금은 2009사업연도의 익금으로 산입하는 것이 합당하다.

(2) 설령, 쟁점보조금의 귀속시기를 2010사업연도로 보더라도 청구법인이 세법상 거래질서 왜곡이나 조세탈루 의도가 전혀 없었고 과세권의 행사 내지 조세채권의 실현을 어렵게 하지도 않았으므로 가산세 부과처분은 부당하다. 특히, 이익조절이나 세율차이 등으로 인하여 법인세액이 달라지지 않는 한 2009사업연도 법인세 신고시 익금을 미리 계상하여 법인세를 납부하였다면 익금을 과소계상한 2010사업연도의 손익을 경정하는 경우 법인세의 미납일이 없으므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 법인세법 기본통칙 40-71…7【국고보조금의 귀속시기】에서 보조금의 귀속시기를 “교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도”로 규정하고 있고, 청구법인은 OOO 운영과정에서 발생한 적자에 대한 보조금을 보전받으면서 2008년도까지는 보조금을 요청한 당해연도에 보조금 결정통지가 이루어진 반면, 2009년도에는 OOO의 보조금 지급계획 통보 문서에 의해 “2010년 제1회 추경예산에 반영하여 지급할 것”이라고 지급시기가 2010년도로 명시되어 있고, 이에 따라 쟁점보조금의 교부신청 및 교부결정 통지가 2010년도에 이루어졌으므로, 쟁점보조금의 귀속시기는 쟁점보조금 교부결정 통지일이 속하는 2010사업연도이다.

(2) 가산세란 세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 규정하는 의무를 위반한 자로부터 그 세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 부과징수하는 일종의 행정상 제재이고, 청구법인이 손익귀속시기를 위반하여 법인세를 신고·납부하게 된데 대하여 귀책사유가 없다고 보기 어려우므로 청구법인에게 과소신고가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 자치단체장이 보조금 교부계획을 통지한 날이 속하는 2009사업연도가 아니라 지방의회의 의결을 거쳐 자치단체장이 보조금 교부결정액을 통지한 날이 속하는 2010사업연도를 보조금 귀속시기로 보아 익금산입한 후 법인세 과세한 처분의 당부

② 과소신고가산세 및 납부불성실가산세 부과처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점보조금의 지급경위를 살펴보면, 청구법인은 2009.11.9. OOO 등에 따라 OOO에게 쟁점보조금으로 OOO의 지원을 요청하였으며OOO, OOO은 2009.12.17. “2009년도 OOO 운영보조금 지원계획 통보”라는 제목하에 쟁점보조금으로 OOO을 지원할 계획임을 통보하면서 2010년 제1회 추경예산에 반영하여 보조금을 지원할 것임을 알렸고OOO, OOO은 2010.10.4. OOO라는 제목하에 위 운영보조금이 2010년도 제1회 추경예산안 의회 심의시 일부삭감된 OOO으로 의결 확정됨에 따라 부족분은 OOO 경영개선 등 자구방안을 마련하기 바라며, 추경확정보조금을 보조 내시하니 OOO 제5조에 따라 추경확정보조금을 교부신청하기 바란다고 통보하였으며OOO, 청구법인은 2010.10.29. OOO에게 쟁점보조금으로 OOO을 신청하여 교부받았다.

(2) 쟁점보조금의 지급 근거규정인 「대전광역시 보조금관리조례」 제5조에서 시비를 재원으로 하는 보조금의 교부를 받고자 하는 자는 시장에게 신청서를 제출하도록 되어있고, 제6조 및 제8조에서 보조금의 교부결정, 보조금 등의 교부결정통지는 시장이 하는 것으로 규정하고 있으며, 2004.11.20. OOO에서 작성한 OOO에 의하면 OOO은 지방공기업이 운영하는 주민복리시설이면서 공익시설임을 감안 수익과 공익의 조화를 통하여 지속적이고 안정적인 관리운영을 위해 청구법인이 요구하는 사안을 원칙적으로 수용하되, 매년 예상되는 운영적자(결손액) 보전은 2004년부터 2008년도 OOO 준공까지(이후 별도 경영진단결과 후 조치) 채택된 안으로 시비로 지원하되, 당해연도마다 12월말 기준을 10월말까지 추계정산하여 지원액을 결정하고 당해연도 정리추경예산에 반영지원하기로 한 것으로 나타난다.

(3) 한편, 2004년도부터 2008년도까지 청구법인이 OOO에게 요청하여 교부받은 OOO 운영보조금의 현황은 아래 <표>와 같은바, 2009년도 OOO 운영보조금인 쟁점보조금과 달리 2008년도 이전에는 청구법인이 OOO 운영보조금을 지원요청한 해에 OOO으로부터 보조금 결정통지를 받은 것으로 나타난다.OOO

(4) 먼저, 쟁점①에 관하여 본다. (가) 청구법인은 2009사업연도에 OOO과 합의하여 쟁점보조금의 금액과 지급시기가 결정되고 보조금 교부통지가 이루어져 이미 쟁점보조금의 실현가능성이 상당한 정도로 성숙되고 확정되었으므로 그 귀속시기는 2009년도라고 주장하는 반면, 처분청은 OOO이 2009년도에 청구법인에게 보조금 지급계획을 통보할 당시 쟁점보조금은 2010년 추경예산에 반영하여 지급할 것임을 알렸고 그 후 시의회의결을 거쳐 2010년도에 쟁점보조금 교부결정 통지가 이루어졌으므로 쟁점보조금의 귀속시기는 2010사업연도라는 의견이다. (나)「법인세법」 제40조제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 하여 익금과 손금의 인식기준으로서 권리의무확정주의를 규정하고 있는데, 권리의무확정주의 아래에서 수익을 인식하기 위해서는 수익이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 수익이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어서 상당히 높은 정도로 성숙·확정되어야 할 것이므로, 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 아직 법인세 과세대상으로서의 수익 발생이 있다고 할 수 없다 할 것이다OOO.

(다) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 위 <표>에서 과거 3년간(2006～2008년) 청구법인이 신청한 보조금 중 약 20%가 삭감되었던 전례가 있었으며, 특히 2009년도에는 OOO의 재원 부족으로 인하여 2009.12.17. OOO이 청구법인에게 쟁점보조금 지원계획을 통보하면서 종전과 달리 다음 해(2010년도)의 추경예산에 반영하여 지원할 예정임을 명시한바, 2009년도에는 청구법인이 수취할 쟁점보조금의 구체적인 지급금액 및 지급시기에 관하여 아직 합리적인 확신을 할 수 있는 상황이 아니었던 것으로 보인다. 또한, 2009년도 보조금 지원계획 통보서상 쟁점보조금 규모는 OOO이나 2010년도에 실제로 결정된 쟁점보조금은 OOO으로서 당초 지원계획 통보금액의 30.16%에 불과하고, OOO 및 OOO의 의결에 따라 이루어진 일련의 쟁점보조금 지원과정 등에 비추어 볼 때, OOO이 청구법인에게 쟁점보조금 지원계획을 통보한 2009년도에는 아직 쟁점보조금의 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 보기 어렵다 할 것인 반면, OOO 의결을 거쳐 OOO이 쟁점보조금에 관하여 내시한 2010년도가 되어서야 쟁점보조금의 교부결정(지급 금액 및 시기 등)이 이루어졌다 할 것이므로, 쟁점보조금의 익금 귀속시기는 2010년도로 보아야 한다고 판단된다.

(5) 다음으로, 쟁점②에 관하여 본다. (가) 처분청은 청구법인이 쟁점보조금의 귀속시기를 잘못 적용하여 2010사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 과소신고한데 대하여 과소신고가산세(10%)를 적용한바,「국세기본법」 제47조의3제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고가산세를 적용하는 것으로 규정하고 있고, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하며OOO, 법인세와 같이 일정한 기간을 과세단위로 하는 세목에 있어서 과세기간을 달리하는 신고 및 과세처분은 각각 독립된 별개의 신고 및 과세처분으로 보아야 하므로, 청구법인이 손익귀속시기를 위반하여 2010사업연도 법인세를 2009사업연도 법인세로 신고함으로써 결과적으로 2010사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 과소신고하였고 청구법인에게 달리 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로도 보이지 아니하는 이상, 이는「국세기본법」 제47조의3제1항에서 정하는 과소신고가산세 부과대상에 해당한다 할 것이다.

(나) 그러나, 처분청은 청구법인이 쟁점보조금의 귀속시기를 달리적용한데 대하여 2010사업연도 법인세 부과처분을 하면서 납부불성실가산세 부과대상 무납부일수를 348일(2011.4.1.～2012.3.13.)로 계산하여 동 가산세를 적용하였으나,「국세기본법」 제47조의4제1항에서 규정하는 납부불성실가산세는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액에 납부하지 아니한 상태에서 경과된 일수(즉, 납부하였어야 할 날의 다음날부터 자진납부하는 날 또는 자진납부하지 아니하는 경우에는 고지일)를 곱하는 기간계산방식을 채택하고 있고, 여기서 “자진납부”란 납부사실 그 자체로 보아야 하므로, 2009사업연도에 이미 세액을 자진납부한 쟁점보조금에 관한 무납부일수는 0일로 계산되는 점OOO, 청구법인이 손익귀속시기를 위반하였으나 실질적으로는 쟁점보조금에 해당하는 세액을 먼저 납부한 점 등을 감안할 때, 쟁점보조금의 손익귀속시기 위반에 관하여 납부불성실가산세를 적용하는 것은 잘못이라고 판단된다(다만, 이와 관련된 환급가산금을 징수조정하는 것은 별론으로 한다).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.