신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

관련법령은 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1997.2.13. OOO 241-14 소재 토지 92㎡, 건물 44.79㎡(기준시가 OOO원, 이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 재개발됨에 따라 2005.12.28. OO OOO OOO OOO OOO OOOOO아파트 113동 1302호(이하 “신축주택”이라 한다)를 신축취득(사용승인)한 후 2007.2.7. 신축주 택 을 양도하고 2007.2.28. 양도소득세 예정신고시 양도가액 OOO,OOO,OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원으로 하고,「조세특례제한법」(이하 “같은 법 ”이라 한다) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 의 규정을 적용하여 양도소득금액 전체를 감면대상으로 신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액만을 감면대상 소득으로 인정한 반면, 종전주택 취득일(1997.2.13.)부터 신축주택 취득일 전일(2005.12.27.)까지 발생한 양도소득금액 OOO원은 같은 법 제99조의3에 의한 감면대상이 아니라고 하여 2012.7.26. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

같은 법 제99조의3에 의하면 신축 후 5년이 경과한 후 양도할 때에는 신축일로부터 5년의 양도소득에 대해서만 감면하고 5년 후의 양도소득에 대해서는 감면배제 한다고 되어있을 뿐, 5년 이내에 양도할 때에는 어떻게 하라는 내용이 없으므로 신축 후 5년 이내에 양도한 경우에는 신축주택취득일과 관계없이 전체양도차익에 대해 감면하여야 하며, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 같은 법 시행령 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등)에서 규정하는 양도소득세 감면산식에서 분모와 분자의 취득시 기준시가에 대하여 분모의 취득시 기준시가는 종전주택의 기준시가이고 분자의 취득시 기준시가는 신축주택의 기준시가라고 구분하였으나, 이러한 예규가 생산되기 전에는 분모와 분자의 취득시 기준시가를 동일하게 적용하여야하는 바, 이 건 처분은 새로운 예규를 소급적용하여 과세한 것이므로 부당하다.

나. 처분청 의견

같은 법 제99조의3 제1항에서 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하고, 당해 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하고 있는 바, 동 규정은 신축주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로서 자기건설주택의 경우 신축주택 취득일은 사용검사 승인일이라고 보아야 할 것이며, 신축주택 취득후 5년 이내에 양도하든지, 5년이 경과하여 양도하든지 간에 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여만 양도소득세를 감면해 주겠다는 취지이며(국세청 적부 2010-0114, 2010.5.28.), 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)도 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면되지 않는다고 해석한 이후 일관되게 이를 유지하고 있는 점(부동산거래관리과-708, 2010.5.18., 부동산거래관리과-127, 2011.2.10.) 등을 감안할 때 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 양도소득세 감면적용대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 같은 법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항은 “거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다”고 규정하고, 같은 법 시행령 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) 제1항은 “법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”을 구하는 산식을 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 － 취득당시의 기준시가)}“로 규정하고 있으며, 「국세기본법」제18조 (세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제3항은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있다.

(2) 청구인은 1997.2.13. 취득한 종전주택이 재개발됨에 따라 2005.12. 28. 신축주택을 취득하였다가 2007.2.7. 양도한 후, 2007.2.28. 양도소득세 예정신고시 같은 법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득금액 전체를 감면대상으로 신고하였으나, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액만을 감면대상 소득으로 인정하고 종전주택 취득일(1997.2.13.)부터 신축주택 취득일 전일(2005.12.27.)까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 같은 법 제99조의3에 의한 감면적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 부과하였다.

(3) 살피건대, 같은 법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하고, 이 때, 감면대상에서 제외할 세액의 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는 바, 이는 같은 법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당한 바(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.), 관련 청구 주장을 받아들이기 어렵다고 판단되며 (OOO행정법원 2011구단27363, 2012. 3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻임), 조세관행 존중원칙은 헌법상 법치국가원리에서 파생된 법적 안정성 원칙에 그 근거를 둔 것으로 합법성원칙을 희생하여서라도 납세자 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것이고, 「국세기본법」제18조 제3항에 의하면, “세법의 해석이나 국세 행정의

관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있는 바, 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, 그 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여져야 하며, 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사가 있어야 하고, 이와 같은 의사는 묵시적으로도 가능하나 묵시적 의사표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간 과세하지 아니하겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것(대법원 2001.4.24. 선고 2000두5203 판결, 같은 뜻임)이며, 단순히 세법해석기준에 관한 공적견해표명이 있거나 국세청 기본통칙이나 예규가 제정·공포되었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 바(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 국심 2005서3764, 2006.11.1. 참고), 과세관청이 새로운 해석에 따라 과세한 이 건은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함으로써 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있거나 과세관청이 단순한 과세누락과 달리 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일 까지 발생한 양도소득금액에 대하여도 과세특례를 인정하겠다는 의사표시를 하였다고 보기 어려우므로 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이라는 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.