신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

「조세특례제한법」 제99조의3 소정의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화를 도모”하는데 그 입법취지가 있고, 같은 법 제1항에 의하면 신축주택에 대한 감면대상은 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하므로 이 건 과세처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 1995.12.7. OOO아파트 302동 1004호(이하 ‘종전주택’이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 종전주택이 재건축됨에 따라 2002.2.19. 준공된 같은 곳 OOO아파트 105동 1602호(이하 ‘신축주택’이라 한다)를 취득하였으며, 2006.12.19. 신축주택을 양도하고, 양도소득세 신고를 하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세 산출세액 OOO원 전액을 감면대상 세액으로 신고하였다.

나. 처분청은 OOO지방국세청장의 처분청에 대한 정기종합감사 결과, 시정지시에 따라조특법 제99조의3소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상 소득이 아니라 하여 이에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 2012.4.16. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원(농어촌특별세 과다납부 환급세액 OOO원을 상계한 금액임)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.13. 이의신청을 거쳐 2012.11.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) 신축주택 취득에 대한 양도소득세 감면과 관련된조특법 제99조의3의 입법목적은 1998년 외환위기 및 경기침체에 따른 주택경기 활성화를 위한 것으로, 그동안 납세자들은 신축주택 취득후 5년이 경과하였는지 여부에 관계없이 5년간의 양도소득금액에 대하여 전액 감면받는 것으로 신고하여 왔고, 과세관청 또한 이러한 신고를 시인한 사례들이 많이 있다. 또한,조특법 시행령 제40조제1항의 계산식을 보더라도 신축주택 취득자의 양도소득세 감면대상은 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전액이어야 함에도 처분청은 새로운 예규(국세청 재산세과-227, 2009.1.20.)를 적용하여 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 것으로 이 건 과세처분은 처분청이 새로운 예규에 의하여 관련법령의 적용을 잘못하였으므로 취소하여야 한다.

(2) (예비적 청구) 설사, 이 건 과세처분이 정당한 것으로 본다 하더라도 양도소득세 신고를 성실히 한 청구인에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보아야 하므로, 납부불성실가산세는 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구)조특법 제99조의3의 입법목적은 그 취지가 신축주택의 취득자에 대하여 양도소득세를 감면하는데 있으므로, 재건축 이전의 종전주택에 대한 양도소득세는 감면대상이 될 수 없고, 신축주택의 양도소득금액에 대하여 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 비율을 기준시가를 기준으로 하여 감면소득금액을 계산하도록 규정한 점을 종합하여 볼 때,조특법 시행령 제40조제1항의 계산식을 적용할 때, 분자의 취득당시의 기준시가는 신축주택의 것을, 분모의 취득당시의 기준시가는 종전주택의 것을 적용하는 것이 타당하다. 따라서 관련법령 적용의 오류 등을 이유로 이 건 과세처분을 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) (예비적 청구) 납부불성실가산세는납세자가 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 과세하는 지연이자 성격의 가산세로 납세자의 고의·과실 여부는 고려되지 아니하는 것이므로, 청구인의 양도소득세를 경정하면서 과소납부세액에 대하여 납부불성실가산세를 과세한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점①조특법 제99조의3소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용시종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 감면대상 소득인지 여부

② 처분청의 예규변경 등이 납부불성실가산세 면제 사유에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.(가) 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3제2항에서 ‘법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제40조 제1항의 계산식은 ‘{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}’로 되어 있다.(나) 청구인은 위 계산식의 분자에 나타난 ‘취득일’ 내지 ‘취득당시’와 분모에 나타난 ‘취득당시’는 모두 종전주택의 ‘취득일’ 내지 ‘취득당시’를 의미하는 것으로 해석하여야조특법 제99조의3의 입법목적에 부합한다는 취지의 주장을 하고 있다.(다) 그러나,조특법 제99조의3소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화를 도모”하는데 그 입법취지가 있었던 점,조특법 제99조의3제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3규정에 따른 감면대상 소득에 해당하지 아니하므로, 법령 적용의 오류 등을 이유로 이 건 과세처분을 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2013서178, 2013.2.22. 등 다수 같은 뜻임).

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.(가) 「국세기본법」 제47조의4 제1항에서 ‘납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액에 대하여 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간에 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율을 곱한 금액을 납부불성실가산세로 과세하도록 하고 있다.(나) 또한, 세법상 가산세는납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 법령의 부지나 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 납부불성실가산세는 지연이자의 성격도 포함되어 있으므로납부불성실가산세를 면제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.