신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위

관련법령은 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있으며, 가산세를 면책할만한 정당한 사유도 없는 것으로 보이므로, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1992.12.21. 서울특별시 OOO호(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 재건축사업을 통해 이를 멸실하고, 서울특별시 OOO OOO OOO OOO OOOOOOO OOOO OOOO호(면적은 134.9㎡이며, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 2002.4.30.(사용승인일) 취득한 후 2006.6.30. OOO에게 양도하면서 「조세특례제한법」제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)을 적용, 쟁점종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 양도일까지의 양도소득금액을 감면하여 양도소득세를 신고하였다. 나.처분청은 OOO지방국세청장의 특정감사지시에 따라 「조세특례제한법」제99조의3 의 감면규정을 적용함에 있어 쟁점종전주택의 취득일( 1992.12.21. )부터 쟁점신축주택 취득일( 2002.4.30. ) 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아 2012.5.10. 청구인에게 당초 감면소득금액에서 이를 차감하여 2006년 귀속 양도소득세 OOO,OOO,OOOO 을 경정·고지하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2012.7.13. 이의신청을 거쳐 2012.11.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법」제99조 (이 건은 같은 법 제99조의3을 적용하여야 하나 청구인이 이를 잘못기재한 것으로 판단되며, 이하 “가.청구인 주장”에서 같음) 제1항에서는 “양도소득세 감면대상 신축주택을 취득하여 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 뺀다”라고 규정되어 있고, 대법원(대법원 2012.6.26. 선고 2010두3725 판결)도 “구 조세특례제한법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 이 사건 특례조항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 이 사건 특례조항의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 이 사건 특례조항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다”라고 판결하고 있으므로, 이 건 과세처분은 이에 따라 재산정되어야 한다.

(2) 「조세특례제한법」제99조 및 같은 법 시행령 제40조 제1항에 대한 법조문을 적용함에 있어 입법취지에 따라 해석을 달리 할 수 있다면 조세법률주의에 따라 시행령을 개정하여 적용할 수 있도록 하였어야 함에도 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 과세근거로 하여 양도소득세 감면세액을 추징한 것은「국세기본법」상 세법해석의 기준 및 소급과세의 금지의 원칙에 위배된 것이다. 또한, 과세관청의 세법해석과 세무행정을 신뢰하여 성실하게 납세의무를 이행하였음에도 청구인에게 그 귀책사유를 물어 이 건 납부불성실가산세를 부과한 것은 위법·부당하다.

나. 처분청 의견

(1)청구인은 「조세특례제한법」제99조 (이 건은 같은 법 제99조의3을 적용하여야 하나 처분청이 이를 잘못기재한 것으로 판단되며, 이하 “나.처분청 의견”에서 같음) 제1항에 “신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 양도소득세 과세대상에서 뺀다”라고 규정되어 있어 이에 따라 양도소득세 산출세액을 재산정해야 한다고 주장하나, 동 법률이 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전에는 “당해 신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다”라고 규정하고 있고, 쟁점신축주택의 양도일은 2006.6.30.이므로 기존 규정을 적용시 감면소득금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 감면하여야 하므로 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(2) 「조세특례제한법」제99조 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 침체된 주택건설경기를 부양하려는 목적에서 입법된 것으로서, 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여만 양도소득세를 감면해주겠다는 취지로 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 감면대상에 포함된다고 보기 어려우며, 기존 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 않을 뿐만 아니라, 현행 국세청 예규(재산세과-227,2009.1.20., 부동산거래관리과-127, 2011.2.10. 외 다수)는 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 일관되게 이를 유지하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 과세관청에서 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였다고 볼 수 없어 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 또한, 청구인은 세법해석상의 차이로 납세자의 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세는 면제하여야 한다고 주장하고 있으나, 이러한 과세처분은 위와 같이 소급과세금지의 원칙에 위배되지 않고 청구인에게 정당한 사유가 있다고 보이지도 않으므로, 처분청이 경정시 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 「조세특례제한법」제99조의3 을 적용하여 양도소득세를 계산하는 경우 감면소득금액을 양도소득금액에서 직접차감하여야 한다는 청구주장의 당부 ②재건축사업에 의하여 종전주택을 멸실하여 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 양도한 경우, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3 에 따른 세액감면대상인지 여부 및 과세관청의 세법해석과 세무행정을 신뢰하여 성실하게 납세의무를 이행하였음에도 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1)쟁점종전주택 및 쟁점신축주택의 등기부등본, 쟁점종전주택 및 쟁점신축주택의 매매계약서(계약일은 각각 1992.10.9., 2006.5.17.) 등에 따르면, 청구인은 1992.12.21. 쟁점종전주택을OOO에 취득하였다가 멸실하고, 재건축사업을 통해 쟁점신축주택을 취득(사용승인일은 2002.4.30., 소유권보존등기일은 2002.6.14.)한 후 2006.6.30.(매매계약일은 2006.5.17.) OOO원에 양도한 것으로 나타난다. (2)서울특별시 OOO이 발급한 집합건축물대장(2006.8.4.)에서 쟁점신축주택의 사용승인일은 2002.4.30.로 나타난다. (3)「조세특례제한법」(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항은 신축주택취득기간(2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간) 내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 자기가 건설한 신축주택으로서 그 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 「조세특례제한법」제99조의3 의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 해당 양도소득금액(감면소득금액)을 계산하도록 규정하고 있다.

｛ 양도소득금액 ×([취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가] - [취득당시의 기준시가])/([양도당시의 기준시가] - [취득당시의 기준시가]) ｝ (4)청구인의 쟁점신축주택의 양도소득세 과세표준 신고서 등에서 청구인은 쟁점신축주택을 양도한 후 양도소득세를 신고하면서 감면소득금액을 다음 <표1>과 같이 계산한 것으로 나타나고, 처분청의 이 건 경정결의서 등에 따르면, 처분청은 이 건 양도소득세 경정시 감면소득금액을 다음 <표2>와 같이 계산한 것으로 나타나며, 청구인에게 납부불성실가산세 OO,OOO,OOOOO OOO OOO OOOOO OO OOOOOOOOOOOOOO OOOOOO OOOO (5)쟁점①에 대하여 본다.

청구인은 쟁점신축주택의 양도에 대해 「조세특례제한법」제99조의3 을 적용하여 양도소득세를 계산하는 경우 감면소득금 액을 양도소득금액에서 직접차감하여야 한다고 주장하고 있으나, 「조세특례제한법」제99조의3 은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 같은 조 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정되어 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면대상이 되는 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이란 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이고(조심 2012서4568, 2012.11.26., 조심 2012서4392, 2012.11.30. 외 다수 같은 뜻임), 청구인은 쟁점신축주택을 2002.4.30. 취득한 후 취득일부터 5년이 경과하기 전인 2006.6.30. 양도하였는바, 이는 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 해당하지 않아 쟁점신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다는 규정을 적용할 수 없으므로, 청구주장은 타당성이 없다고 판단된다. (6)쟁점②에 대하여 본다.

(가)청구인은 처분청이 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 과세근거로 하여 양도소득세 감면세액을 추징한 것은「국세기본법」상 세법해석의 기준 및 소급과세금지의 원칙에 위배된 것이라고 주장하고 있으나, 쟁점①에서 본 바와 같이 「조세특례제한법」제99조의3 에 따른 양도소득세의 감면대상이 되는 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이란 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이고, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 세법해석의 기준 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로, 쟁점신축주택의 양도에 따른 양 도소득세 감면대상에 해당하지 아니하는 기간(쟁점종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 기간)을 감면배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나)한편, 청구인은 과세관청의 세법해석과 세무행정을 신뢰하여 성실하게 납세의무를 이행하였음에도 청구인에게 그 귀책사유를 물어 납부불성실가산세를 부과한 것은 위법·부당하다고 주장하고 있으나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나(대법원 2005.11.25 선고 2004두930 판결 등 참조), 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2007.4.26. 선고 2005두10545 판결 참조), 납부불성실가산세는 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 가산하는 지연이자 성격을 갖고 있으므로 미납부한 기간 동안 실질적으로 받게 되는 금융혜택 상당액을 국가에 납부하도록 하는 의미도 있는 것인바, 과세관청은 양도소득세의 부과제척기간이 만료되기 전까지 과세가 가능한 반면, 처분청이 청구인의 양도소득세 경정을 지연하였다는 사실 등이 청구인의 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 보기는 어려우므로 위 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.