비영리내국법인이 법정신고기한내에 법인세를 신고하지 아니하였다가 기한후신고에 의해 이자소득에 대해 원천징수된 세액을 환급받을 수 있는지 여부

청구법인이 법인세 신고기한 내에 이자소득을 과세표준에 포함하여 신고를 하지 아니함에 따라 동 이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결된 것으로 볼 수 있고, 「법인세법 시행령」제99조 제2항에서 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 이를 과세표준에 포함시킬 수 없도록 명시하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 「사립학교법」에 의한 학교법인으로서 비영리내국법인이다.

나. 청구법인은 2007.3.1.～2008.2.28.사업연도(이하 “2008사업연도”라 한다)에 OOO지점 등에 정기예금을 가입하여 이자 OOO원을 지급받으면서 법인세 OOO원(이하 “쟁점원천징수세액”이라 한다)을 원천납부하였고, 2008사업연도에 법정기한인 2008.5.31.까지 법인세 과세표준 및 세액을 신고하지 아니하였다가 2008.8.20. 처분청에 쟁점원천징수세액의 환급으로 기재한 기한후과세표준신고서를 제출하였다.

다. 처분청은 2008.9.4. “이자소득만 있는 비영리내국법인이 과세표준을 신고하지 아니한 경우 기납부한 원천징수분 이자소득에 대해서는 「법인세법」제62조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제2항에 따라 기한후신고로 경정청구하여 환급받을 수 없다”면서 청구법인의 위 쟁점원천징수세액의 환급을 거부하였다.

라. 이에 청구법인은 2008.9.4. 처분청에 고충신청을 하였고, 처분청은 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 고충신청을 수용하여 2008.9.22. 청구법인에게 쟁점원천징수세액을 환급하였다.

마. 국세청은 2012년 4월경 처분청에 대해 위 환급이 부당하다는 감사지적을 하였고, 처분청은 2012.6.7. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.29. 이의신청을 거쳐 2012.10.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 이자소득 이외의 다른 소득이 있어 법인세 과세표준 신고의무가 있고, 착오에 의해 신고를 누락하게 되었으나 기한후신고를 통해 부동산임대소득과 이자소득을 과세표준에 포함시킨다는 적극적인 의사표시를 하였음에도 「법인세법」제62조 제1항을 들어 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

원천징수된 이자소득을 과세표준에 포함할지 여부는 비영리내국법인이 선택할 수 있으나 법적 안정성을 위해 신고기한 내 과세표준을 신고한 경우에만 가능한 것이고, 「법인세법 시행령」제99조 제2항에서 경정청구 등에 의해 환급할 수 없도록 규정하고 있으므로 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 비영리내국법인이 법정신고기한 내에 법인세를 신고하지 아니하였다가 기한후신고에 의해 이자소득에 대해 원천징수된 세액을 환급받을 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. 「소득세법」제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익 3.～

6. (생 략) 제62조【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 따른 이자·할인액 및 이익( 「소득세법」제16조 제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

(3) 국세기본법 제45조의3【기한후신고】

① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 의한 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다. (단서 생략)

다. 판단

살피건대, 청구법인은 기한후신고를 하였으므로 이자소득에 대한 쟁점원천징수세액을 환급하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 법인세 신고기한 내에 이자소득을 과세표준에 포함하여 신고를 하지 아니함에 따라 동 이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결된 것으로 볼 수 있고, 「법인세법 시행령」제99조 제2항에서 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 이를 과세표준에 포함시킬 수 없도록 명시하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2009부2891, 2010.3.8. 합동회의, 조심 2011서3492, 2011.12.22. 참고).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법 」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.