GovBrief 국세자주 묻는 질문양도소득세

과세이연 주식을 다시 교환하면 세금이 과세되나?

국세청 공식 회신문서번호 부동산거래관리과-366회신일 세목 양도소득세회신 후 개정
1. 질문과세이연 주식을 다시 교환하면 세금이 과세되나?2. 공식 회신국세청 · 2012.07.133. 다툰 결과0건 직접 · 7건 조문 연결4. 현행 조문3개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신

재차 포괄적 교환할 때 당초 과세이연 받은 양도소득세가 과세된다.

과세이연으로 취득한 지주회사 주식을 다시 포괄적 교환할 때의 과세 여부를 물었다. 재차 포괄적 교환할 때 당초 과세이연 받은 양도소득세가 과세된다. 교환 당시 세율을 적용하며 예정신고납부세액공제는 적용되지 않는다.

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 소득세법(2026.07.01 시행), 조세특례제한법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 3곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 3 · 문구 동일 0
  1. 문구 변경회신 당시 시행본 2012.04.27 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제38의2조: 회신 당시 18개 문장·단위에서 현재 18개로 바뀌었다(수정 9개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ① 내국법인의 내국인 주주가 2012년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ① 내국법인의 내국인 주주가 2026년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분(상속하거나 증여하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 취득한 주식을 보유할 수 없거나 사업을 계속할 수 없는 경우에는 제1호 또는 제2호의…

  2. 문구 변경회신 당시 시행본 2012.04.27 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제38조: 회신 당시 10개 문장·단위에서 현재 10개로 바뀌었다(수정 9개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 취득한 주식을 보유할 수 없거나 사업을 계속할 수 없는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 취득한 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수…

  3. 문구 변경회신 당시 시행본 2012.07.01 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 제108조: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    제108조 삭제 <2009.12.31>

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    제108조(재외국민과 외국인의 부동산등양도신고확인서의 제출) 「재외동포의 출입국과 법적지위에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 재외국민과 「출입국관리법」 제2조제2호에 따른 외국인이 제94조제1항제1호의 자산을 양도하고 그 소유권을 이전하기 위하여 등기관서의 장에게 등기를 신청할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부동산등양도신고확인서를 제출하여야 한다.

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

거주자는 주식의 포괄적 교환으로 발생한 주식양도차익에 대해 양도소득세를 과세이연 받았다. 이후 그 교환으로 취득한 지주회사 주식을 다시 포괄적 교환한다.

질의요지

「조세특례제한법」제38조의2에 따라 양도소득세를 과세이연 받은 거주자가 당초 포괄적 교환으로 취득한 지주회사 주식을 다시 「조세특례제한법」제38조에 따라 포괄적 교환을 하는 해당 지주회사 주식을 포괄적 교환하는 때에 당초 과세이연 받은 양도소득세를 과세하는 것임

본문(원문)

1.「조세특례제한법」(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제38조의2의 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례에 따라 주식의 포괄적 교환에 의하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대하여 양도소득세를 과세이연 받은 거주자가 당초 포괄적 교환으로 취득한 지주회사 주식을 다시 「조세특례제한법」(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)제38조에 따라 포괄적 교환을 하는 해당 지주회사 주식을 포괄적 교환하는 때에 당초 과세이연 받은 양도소득세를 과세하는 것입니다.

2. 이 경우 적용할 세율은 해당 지주회사 주식을 포괄적 교환으로 양도할 당시 세법에 따른 세율을 적용하는 것이며, 본건 질의의 경우 「소득세법」(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제108조에 따른 예정신고납부세액공제는 적용되지 아니하는 것입니다.

정제 정리

질의

과세이연으로 취득한 지주회사 주식을 다시 포괄적 교환할 때 당초 과세이연 세액의 과세 여부, 적용 세율 및 예정신고납부세액공제 여부.

회답

1. 「조세특례제한법」(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제38조의2에 따라 양도소득세를 과세이연 받은 거주자가 취득한 지주회사 주식을 다시 「조세특례제한법」(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제38조에 따라 포괄적 교환하는 때에는 당초 과세이연 받은 양도소득세를 과세합니다.

2. 해당 지주회사 주식을 포괄적 교환으로 양도할 당시 세법에 따른 세율을 적용하며, 본건에는 「소득세법」(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제108조에 따른 예정신고납부세액공제가 적용되지 않습니다.

같은 법령·조문을 다룬 심판결정

공통 조문을 다뤘다는 구조 연결이다. 동일 질문·동일 사실관계·동일 결론을 뜻하지 않는다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 부동산거래관리과-366 (<time datetime="2012-07-13">2012.07.13</time> 회신), "과세이연 주식을 다시 교환하면 세금이 과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000148997/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000148997)
원 제목
당초 과세이연받은 주식을 재차 과세이연 받을 수 있는 지 여부 등
공개 등급
공개 후보 · 검색 색인 대상
편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap