동일연도에 2회 이상 토지를 양도하고 2회 이후의 양도토지에서 양도차손이 발생하였을 경우에도 제1회 양도한 토지의 예정신고납부세액공제액을 그대로 인정할 수 있는 것인지 여부(경정)

자산양도차익예정신고 납부자에게 예정신고 납부시마다 납부세액공제 혜택을 주도록 규정하고 있는데 근거하여 소정의 납부세액 공제를 받은 청구인에 대하여 처분청이 과세표준확정결정시 제1회분 예정신고납부세액 공제액을 재OO하여 환급세액을 결정한 것은 소득세법상 근거가 없는 부당한 처분으로 판단됨

1. 원처분 개요청구인은 1997년도중 인천직할시 계양구 OO동 OOOOO 답 665㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다)를 1997.6.6 양도하고 같은동 OOOOO 답 55㎡(이하 “쟁점2토지”라 한다)를 1997.7.8 양도하였으며 같은동 OOOO 답 550㎡(이하 “쟁점3토지”라 한다)를 1997.12.3 양도하였는데, 쟁점1토지 양도 후 자산양도차익예정신고를 하면서 예정신고납부세액공제 6,257,448원을 공제한 35,458,870원을 신고납부 후 1998년5월 양도차손이 발생한 쟁점2, 3토지를 합하여 1997년도 양도소득금액은 71,995,065원으로하고 29,823,015원을 환급세액으로하여 확정신고한데 대하여 처분청은 1998.8.29자로 쟁점1, 2, 3 토지에 대한 양도차익 결정시 예정신고납부세액공제액을 1,783,995원으로하여 25,349,562원을 환급결정하고 이를 청구인에게 통지하였다.〈양도차익예정신고 및 결정내용〉(단위 : 원)

구 분

양도소득

산출세액

토초세액공제

납부할세액

예정신고납부세액공제

차감세액

쟁점1토지

예정신고시

130,610,723

56,305,361

14,589,036

41,726,325

6,257,448

35,458,877

확정결정

쟁점1, 2, 3토지

71,995,065

25,747,532

13,854,229

11,893,303

1,783,995

△

25,349,562

청구인은 이에 불복하여 1998.10.1 심사청구를 거쳐 1998.12.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구인 주장한 과세기간 중 2회 이상 부동산을 양도하고 1회에 대하여 신고한 예정신고납부세액공제액은 다른(제2회 이후 양도분) 부동산의 양도차익이 결손으로 발생되어 확정신고시 전체 부동산의 과세표준금액이 제1회에 신고된 세액보다 적어지더라도 당초 신고한 예정신고납부세액공제액은 감액할 수 없다.처분청은 쟁점1토지의 양도소득세액이 쟁점2, 3토지의 양도로 인하여 확정신고시 감소하였다 하여 당초 청구인이 신고한 예정신고납부세액공제액을 인정하지 아니하고 쟁점토지 전체에 대하여 과세표준금액을 기준으로 산출한 세액의 100분의 15를 공제하였는 바, 이는소득세법 제107조제2항의 규정을 잘못 적용한 처분이므로 당초 신고한 예정신고납부세액공제액을 인정하여 양도소득세 환급세액을 결정하여야 한다.

나. 국세청장 의견동일한 연도에 2회 이상 양도물건이 있는 경우 2회의 양도자산에 대한 양도차익이 없는 경우 1회 양도자산에 대한 예정신고납부세액공제액을 그대로 인정한다면 납부하지 아니한 세액이 환급세액으로 될 수 있는 불합리가 초래할 수 있으므로 청구인이 1997년 양도한 전체 양도소득금액 71,995,065원에 대하여 양도소득기본공제(2,500,000원)하여 세율(50%)을 적용한 후 청구인이 기 납부한 토지초과이득세액(13,854,229원)을 공제하면 11,893,303원을 과세할 수 있는 바, 여기에 15%를 예정신고납부세액공제액(1,783,995원)으로 하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

동일연도에 2회 이상 토지를 양도하고 2회 이후의 양도토지에서 양도차손이 발생하였을 경우에도 제1회 양도한 토지의 예정신고납부세액공제액을 그대로 인정할 수 있는 것인지 여부

나. 관련법령

소득세법 제107조【자산양도차익예정신고 산출세액의 OO】 제1항에서 「자산양도차익예정신고납부에 있어서 납부할 세액은 그 양도차익에서 장기보유특별공제·양도소득기본공제를 한 금액에 제104조 제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 OO한 금액을 그 산출세액으로 한다.」라고 규정하고 있고,같은조 제2항에서 「당해연도에 누진세율의 적용대상자산에 대한 양도차익예정신고를 2회 이상 하는 경우에는 제2회 이후 신고하는 양도차익예정신고납부세액은 이미 신고한 양도차익과 제2회 이후 신고하는 양도차익과의 합계액에서 장기보유특별공제·양도소득기본공제를 한 금액에 제104조 제1항 제1호에 규정하는 세율을 적용하여 OO한 금액에서 이미 신고한 양도차익예정신고산출세액을 공제한 것을 그 산출세액으로 한다.」라고 규정하고 있으며소득세법 제108조【자산양도차익예정신고납부세액공제】제1항에서「자산양도차익예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다. 다만 제165조 제1항 본문의 규정에 의하여 부동산양도신고를 하여야 할 자의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.」라고 규정하고 있고,소득세법 제165조【부동산양도 신고등】제1항에서「거주자가 부동산을 매매하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 부동산의 거래내용을 납세지 관할 세무서장에게 신고(이하 이조에서 “부동산양도신고”라 한다)하여야 한다. 단서 생략」라고 규정하고 있고,같은조 제4항에서「거주자가 제3항에서 규정하는 안내서에 따라 세액을 자진납부하는 때에는 제106조의 규정에 의한 자산양도차익예정신고자진납부를 한 것으로 본다. 이 경우 자산양도차익예정신고납부세액공제는 제108조의 규정에 불구하고 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 15에 상당하는 금액으로 한다.」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

위 소득세법 107조 제2항에서 규정하고 있는바와 같이 당해연도에 누진세율의 적용대상자산에 대한 양도차익예정신고를 2회 이상 하는 경우에는 제2회 이후 신고하는 양도차익예정신고납부세액은 이미 신고한 양도차익과 제2회 이후 신고하는 양도차익과의 합계액에서 양도소득기본공제등을 한 금액에 세율을 적용하여 OO한 금액에서 이미 신고한 양도차익예정신고산출세액을 공제한 것을 그 산출세액으로 하도록 규정하고 있음을 알 수 있고청구인과 처분청간에 이 건 양도소득세 부과시 쟁점토지에 대한 총 양도차익 산출 및 동 양도소득에 대하여 세액 OO과 동 세액에 대하여 토지초과이득세를 공제하는 단계까지는 다툼이 없으나다만, 예정신고납부세액공제액 OO시 청구인은 당초 청구인이 신고한 예정신고납부세액공제액을 적용하였고, 처분청은 청구인이 신고한 동 예정신고납부세액공제액을 적용하지 아니하고 아래 표에서 보듯이 새로이 납부할 세액을 결정하고 동 납부할 세액에 대하여 15%의 예정신고납부세액공제액을 산출하였음을 있다.

<청구인의 신고 내용과 처분청의 양도소득세 부과내역>

(단위 : 원)

양도소득

산출세액

토초세액

공제

납부할

세액

기

납부세액

예정신고납부

세액공제

환급세액

청구인

71,995,064

25,747,532

13,854,229

11,893,303

35,458,870

6,257,448

△29,823,015

처분청

상동

상동

상동

상동

상동

1,783,995

△25,349,562

이 건의 경우 위소득세법 제107조제2항에 규정되어 있는 “이미 신고한 양도차익예정신고산출세액”을 어떻게 OO하여 양도소득세액에서 공제할 것인가에 다툼이 있다할 것인바,첫째,소득세법 제107조와 제108조를 종합하여 보면 자산양도차익예정신고를 하고 자진납부를 하는 때에는 소정의 예정신고납부세액을 공제하도록 규정하고 있을뿐 동일연도에 2회 이상 양도하였을 경우 동 양도소득을 합산하고 과세표준을 정산하여 예정신고납부세액 공제액을 조정하도록 규정하고 있지 아니하다는 점에서 자산양도차익예정신고납부세액 공제는 예정신고납부를 권장하기 위하여 예정신고시마다 인정되는 납세자의 권익을 규정한 규정이라 할 것이다.둘째, 국세청장은 동일한 연도에 2회 이상 부동산을 양도한 경우로서 양도차익이 없는 경우 제1회 양도분에 대한 예정신고납부세액공제액을 그대로 인정한다면 납세자가 납부하지도 아니한 세액이 환급세액으로 될 수 있는 불합리가 초래되는 것으로 보았으나, 양도소득세 과세체계상 환급세액은 양도자가 납부한 세액의 범위내에서 이루어지므로 위와 같은 불합리는 초래되지 아니한다 할 것이다.

따라서, 소득세법상 자산양도차익예정신고 납부자에게 예정신고 납부시마다 납부세액공제 혜택을 주도록 규정하고 있는데 근거하여 소정의 납부세액 공제를 받은 청구인에 대하여 처분청이 과세표준확정결정시 제1회분 예정신고납부세액 공제액을 재OO하여 환급세액을 결정한 것은 소득세법상 근거가 없는 부당한 처분으로 판단된다.

라. 결론따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.