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합병·통합 때 조세특례는 계속 적용되나?

국세청 공식 회신문서번호 법인세과-1025회신일 세목 조세특례회신 후 개정
1. 질문합병·통합 때 조세특례는 계속 적용되나?2. 공식 회신국세청 · 2011.12.233. 다툰 결과1건 직접 · 71건 조문 연결4. 현행 조문4개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신

이월과세 법인이 흡수합병하면 계속 적용되지만 피합병되면 적용받을 수 없다.

법인전환 법인의 합병, 창업중소기업 통합, 포괄적 양도 시 조세특례의 계속 적용을 물었다. 이월과세 법인이 흡수합병하면 계속 적용되지만 피합병되면 적용받을 수 없다. 통합법인의 감면은 잔존기간 적용되고 개인사업자의 전 사업기간은 계속사업 기간에 포함되지 않는다.

근거 조문 조세특례제한법 제6조제1항 조세특례제한법 제31조제1항 조세특례제한법 제28조제4항 조세특례제한법 제37조

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 조세특례제한법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 1곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 1 · 문구 동일 0 · 비교 불가 4
  1. 같은 번호의 규정 교체회신 당시 시행본 2011.12.08 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제37조: 회신 당시 제목은 ‘자산의 포괄적 양도에 대한 과세특례’이지만 현재 같은 번호의 제목은 ‘’이다. 같은 번호라도 다른 규정이므로 옛 회신 근거로 연결하지 않는다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    제37조(자산의 포괄적 양도에 대한 과세특례) ① 내국법인(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산의 대부분을 다른 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)에 양도(이하 이 조에서 "자산의 포괄적 양도"라 한다)하고 그 대가로 인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 받고 청산하는 경우 양도하는 자산의 가액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 장부가액으로 할 수 있다. 이 경우 「법인세법」 제79조에 따른 해산에 의한 청산소득금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 1. 자산의 포괄적 양도일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 양도ㆍ양수일 것 2. 피인수법인이 인수법인으로부터 그 자산의 포괄적 양도로…

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    제37조 삭제 <2017.12.19>

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
  2. 비교 불가회신 당시 시행본 2011.12.08 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제6조 제1항: 회신일 당시 인용 단위를 정확히 찾지 못했다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
  3. 비교 불가회신 당시 시행본 2011.12.08 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제31조 제1항: 회신일 당시 인용 단위를 정확히 찾지 못했다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
  4. 비교 불가회신 당시 시행본 2011.12.08 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제31조 제4항: 회신일 당시 인용 단위를 정확히 찾지 못했다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
  5. 비교 불가회신 당시 시행본 2011.12.08 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제28조 제4항: 회신일 당시 인용 단위를 정확히 찾지 못했다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

법인전환한 내국법인의 사업용고정자산에 이월과세를 적용받는 법인의 합병이 질의되었다. 창업중소기업의 감면기간 중 통합과 법인전환한 개인사업자의 전 사업기간 포함 여부도 함께 질의되었다.

질의요지

법인전환한 내국법인의 사업용고정자산에 대하여 이월과세를 적용받는 법인이 피합병된 경우에는 이월과세 받은 양도소득세 산출세액 상당액을 법인세로 납부해야 함

본문(원문)

1. (질의1) ｢조세특례제한법｣ 제32조의 규정에 따라 법인전환한 내국법인의 사업용고정자산에 대하여 이월과세를 적용받는 법인이 다른 법인을 흡수합병한 경우에는 계속하여 이월과세를 적용받을 수 있는 것이나, 법인전환한 당해 법인이 피합병된 경우에는 이월과세를 적용받을 수 없는 것임(법인세과-1221, 2009.11.05)

2. (질의2)「조세특례제한법」제6조 제1항에 따른 창업중소기업이 같은 규정에 따른 감면기간이 지나기 전에 같은 법 제31조 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 같은 법 제31조 제4항 및 같은 법 시행령 제28조 제4항의 규정에 따라 창업중소기업으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 대하여 통합 당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 사업연도까지 감면을 받을 수 있는 것임

3. (질의3)「조세특례제한법」제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 대한 과세특례를 적용함에 있어 같은 법 제1항 제1호의 “1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인”에 대한 계속사업 기간에는 사업의 포괄양수도에 의해 법인전환 한 개인사업자의 법인전환 전 사업기간은 포함하지 아니하는 것임

정제 정리

질의

1. 법인전환한 내국법인의 사업용고정자산에 이월과세를 적용받는 법인이 합병하는 경우 계속 적용 여부.

2. 창업중소기업이 감면기간 중 통합하는 경우 통합법인의 감면 여부.

3. 자산의 포괄적 양도 시 법인전환 전 개인사업자의 사업기간 포함 여부.

회답

1. ｢조세특례제한법｣ 제32조에 따라 이월과세를 적용받는 법인이 다른 법인을 흡수합병하면 계속하여 이월과세를 적용받을 수 있으나, 법인전환한 당해 법인이 피합병되면 이월과세를 적용받을 수 없습니다(법인세과-1221, 2009.11.05).

2. 「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 창업중소기업이 감면기간이 지나기 전에 같은 법 제31조 제1항에 따른 통합을 하면, 통합법인은 같은 법 제31조 제4항 및 같은 법 시행령 제28조 제4항에 따라 승계받은 사업의 소득에 대해 통합 당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 사업연도까지 감면받을 수 있습니다.

3. 「조세특례제한법」 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 대한 과세특례에서 같은 법 제1항 제1호의 “1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인”의 계속사업 기간에는 포괄양수도로 법인전환한 개인사업자의 법인전환 전 사업기간을 포함하지 않습니다.

이 회신 문서번호가 등장한 심판결정

  • 조심 2018중5057 심판결정
    · 주문 분류 기각 · 결정문에 문서번호 법인세과-1025가 문자 그대로 있음 · 결정 후 개정

결정문에 이 회신의 공식 문서번호가 문자 그대로 등장한 강한 연결이다.

같은 법령·조문을 다룬 심판결정

공통 조문을 다뤘다는 구조 연결이다. 동일 질문·동일 사실관계·동일 결론을 뜻하지 않는다. 전체 71건 중 최신 12건을 표시한다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 법인세과-1025 (<time datetime="2011-12-23">2011.12.23</time> 회신), "합병·통합 때 조세특례는 계속 적용되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000147419/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000147419)
원 제목
양도소득세 이월과세 적용법인이 피합병 되는 경우 이월과세 계속적용 안됨
공개 등급
공개 후보 · 검색 색인 대상
편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap
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