제출하지 않은 세금계산서도 매입세액 공제가 되나?

사업자가 교부받은 세금계산서를 정해진 절차에 따라 제출하지 않았다. 이후 과세표준수정신고와 함께 제출하거나 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우가 문제 됐다.

사업자가 교부받은 세금계산서를 제출하지 아니한 경우에는 그 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니함

사업자가 부가가치세법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 동법 제20조 제1항 및 제2항의규정에 의하여 제출하지 아니한 경우에는 동법 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이나, 다만 그 세금계산서를 국세기본법 시행령 제25조 제1항의 규정에 의하여 과세표준수정신고와 함께 제출한 경우와 부가가치세법제21조의 규정에 의한 경정(재경정을 제외함)에 있어서 사업자가 교부받은 세금계산서 또는 동법 제32조 제3항의 후단규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 동법 시행령 제70조에 규정하는 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우에는 매출세액에서 공제되는 것임.

질의

교부받은 세금계산서를 제출하지 않은 경우와 이후 수정신고 또는 경정 과정에서 제출한 경우의 매입세액 공제 여부.

회답

사업자가 부가가치세법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 동법 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우에는 동법 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니합니다.

다만, 다음 경우에는 매출세액에서 공제됩니다.

1. 그 세금계산서를 국세기본법 시행령 제25조 제1항의 규정에 의하여 과세표준수정신고와 함께 제출한 경우.

2. 부가가치세법 제21조의 규정에 의한 경정에서 사업자가 교부받은 세금계산서를 동법 시행령 제70조에 규정하는 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우. 재경정은 제외합니다.

3. 동법 제32조 제3항의 후단규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 같은 절차로 제출하는 경우.

국세청 법령해석 부가22601-2410 (1986.12.02 회신), "제출하지 않은 세금계산서도 매입세액 공제가 되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000097254/