비영리법인 출연에도 양도세 부당행위계산 규정이 적용되는가?

학교법인이 부동산을 출연받은 경우가 함께 검토되었다. 출연받은 부동산을 직접공익목적사업에 사용하거나 수익용으로 운용하는 상황에 관한 질의이다.

양도소득세를 부당하게 감소시키기 위해 특수관계자에게 자산을 증여한 후 증여받은 자가 3년 이내에 타인에게 양도한 경우, 부당행위계산부인 규정을 적용하며, 비영리법인에 출연하는 것은 이에 포함되지 아니하는 것임.

소득세법 제101조 제2항 및 같은법 시행령 제167조의 “부당행위 계산”에 관한 규정은 양도소득에 대한 소득세를 부당하게 감소시키기 위하여 특수관계자에게 자산을 증여한 후 그 자산을 증여받은 자가 3년이내에 다시 이를 타인에게 양도한 경우에 적용하는 것이며, 비영리법인에 출연하는 것은 이에 포함되지 아니하는 것입니다.

상속세및증여세법 제48조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 교육법의 규정에 의한 교육기관을 운영하는 학교법인이 출연받은 부동산을 출연받은 날로부터 3년이내에 직접공익목적사업에 사용하지 않는 경우에는 증여세가 과세되는 것입니다. 이 때 출연받은 부동산을 수익용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업에 사용하는 때에는 증여세가 부과되지 아니하는 것이나, 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용하거나 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 같은법시행령 제38조 제4항 및 제5항의 규정에 의한 금액에 미달하는 때에는 증여세가 과세되는 것입니다.

질의

1. 비영리법인에 자산을 출연하는 경우 양도소득세 부당행위계산 규정이 적용되는지 여부.

2. 학교법인이 출연받은 부동산을 직접공익목적사업에 사용하지 않는 경우의 증여세 과세 여부.

회답

1. 양도소득세를 부당하게 감소시키기 위해 특수관계자에게 자산을 증여하고, 증여받은 자가 3년 이내 타인에게 양도한 경우 부당행위계산 규정이 적용됩니다. 비영리법인에 출연하는 것은 이에 포함되지 않습니다.

2. 학교법인이 출연받은 부동산을 출연일부터 3년 이내 직접공익목적사업에 사용하지 않으면 증여세가 과세됩니다. 수익용으로 운용하면서 그 운용소득을 직접공익목적사업에 사용하면 증여세가 부과되지 않으나, 다른 용도로 사용하거나 사용실적이 법정 금액에 미달하면 증여세가 과세됩니다.

국세청 법령해석 재일46014-935 (1998.05.26 회신), "비영리법인 출연에도 양도세 부당행위계산 규정이 적용되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000071068/