국가유공자 휴·요양시설 운영은 면세되나?

한국보훈복지의료공단이 국가보훈처로부터 국가유공자 휴․요양시설의 관리와 운영을 위탁받았다. 공단은 자기 명의와 계산으로 시설을 직접 운영하며 국가유공자 또는 일반인에게 이용하게 한다. 시설 조성공사 후 일부 시설은 국가보훈처 소유로, 일부는 공단 소유로 보존등기된다.

국가보훈처로부터 국가유공자 휴・요양시설의 관리 및 운영을 위탁받아 국가유공자에게 이용하게 하고 그 대가를 무상 또는 실비로 받는 경우 부가가치세가 면제됨

한국보훈복지의료공단(이하 “공단”이라 함)이 국가보훈처로부터 국가유공자 휴․요양시설의 관리 및 운영을 위탁받아 동 시설을 공단의 명의와 계산으로 직접 운영하면서 국가유공자에게 이용하게 하고 그 대가를 무상 또는 실비로 받는 경우 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법시행령 제37조 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이나, 국가유공자 및 그 가족에게 실비를 초과하여 대가를 받는 경우와 일반인에게 동 시설을 이용하게 하고 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이며 그 대가가 실비에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항입니다.

공단이 국가보훈처의 위탁에 의하여 휴․요양시설의 조성사업을 시행하고 조성공사와 관련하여 공단이 수취한 매입세금계산서 중 국가보훈처 소유로 보존등기 되는 시설과 관련된 매입세액은 동법 제17조 제2항 제2호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제할 수 없는 것이며, 동 공단의 소유로 보존등기 되는 시설에 대한 매입세액 중 골프장의 토지조성 등을 위한 토지의 자본적 지출에 관련된 매입세액은 동법 제17조 제2항 제4호 및 동법시행령 제60조 제6항의 규정에 의한 토지관련 매입세액으로 매출세액에서 공제 할 수 없으며 그 외에 구축물 등에 관련된 매입세액은 동법시행령 제61조의 규정에 의하여 안분계산 하는 것입니다.

질의

국가유공자 휴․요양시설의 위탁 운영에 대한 부가가치세 면제 여부와 시설 조성 관련 매입세액의 공제 여부

회답

공단이 국가보훈처로부터 시설의 관리 및 운영을 위탁받아 자기 명의와 계산으로 직접 운영하면서 국가유공자에게 무상 또는 실비로 이용하게 하면 부가가치세가 면제된다. 국가유공자와 그 가족에게 실비를 초과한 대가를 받거나 일반인에게 대가를 받고 이용하게 하면 과세되며, 실비 여부는 사실판단할 사항이다.

국가보훈처 소유로 보존등기되는 시설과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다. 공단 소유 시설 중 골프장의 토지조성 등 토지의 자본적 지출 관련 매입세액도 공제할 수 없고, 그 밖의 구축물 관련 매입세액은 안분계산한다.

국세청 법령해석 서삼46015-11551 (2003.10.04 회신), "국가유공자 휴·요양시설 운영은 면세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000038581/