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재단법인의 부동산 양도는 어떻게 과세되나?

국세청 공식 회신문서번호 서면인터넷방문상담2팀-1555회신일 세목 법인세회신 후 개정 보관 문서

검색 색인 제외 보관본. 질문·답·공식 본문·회신일·해소된 근거 조문 중 일부가 검색 품질 기준을 충족하지 않는다. 아래에 남은 공식 원문과 출처 링크를 확인한다.

1. 질문재단법인의 부동산 양도는 어떻게 과세되나?2. 공식 회신국세청 · 2006.08.223. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문4개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신

토지사용료는 수익사업의 부동산 임대소득이고 수익사업용 부동산 양도에는 과세특례가 적용되지 않는다.

재단법인의 토지사용료와 수익사업용 부동산 양도에 관한 세무처리를 물었다. 토지사용료는 수익사업의 부동산 임대소득이고 수익사업용 부동산 양도에는 과세특례가 적용되지 않는다. 장기할부조건 여부는 관련 시행령·시행규칙에 따라 판단하고 양도 시기에 따른 세목을 적용한다.

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법 시행령(2026.02.27 시행), 법인세법(2026.07.01 시행), 소득세법 시행규칙(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 4곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 4 · 문구 동일 0
  1. 문구 변경회신 당시 시행본 2006.06.04 → 현재 시행본 2026.02.27

    법인세법 시행령 제68조 제3항: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ③제2항에서 "장기할부조건"이라 함은 자산의 판매 또는 양도(국외거래에 있어서는 소유권이전 조건부 약정에 의한 자산의 임대를 포함한다)로서 판매금액 또는 수입금액을 월부ㆍ연부 기타의 지불방법에 따라 2회이상으로 분할하여 수입하는 것중 당해 목적물의 인도일의 다음날부터 최종의 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년이상인 것을 말한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ③ 제2항을 적용할 때 인도일 이전에 회수하였거나 회수할 금액은 인도일에 회수한 것으로 보며, 법인이 장기할부기간 중에 폐업한 경우에는 그 폐업일 현재 익금에 산입하지 아니한 금액과 이에 대응하는 비용을 폐업일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

  2. 문구 변경회신 당시 시행본 2006.07.05 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 시행규칙 제78조 제3항: 회신 당시 3개 문장·단위에서 현재 3개로 바뀌었다(수정 2개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ③영 제162조제1항제3호에서 "재정경제부령이 정하는 장기할부 조건"이라 함은 법 제94조제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 당해 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ③영 제162조제1항제3호에서 "재정경제부령이 정하는 장기할부 조건"이라 함은 법 제94조제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 해당 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

  3. 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 2006.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제3조 제2항 제1호: 회신 당시 인용 단위가 현재 조문에는 없다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    해당 문구 없음

  4. 문구 변경회신 당시 시행본 2006.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제62의2조: 회신 당시 12개 문장·단위에서 현재 13개로 바뀌었다(수정 11개 · 신설 1개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    제62조의2 (비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례)

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례)

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

재단법인이 토지사용료를 받고 수익사업에 사용하는 부동산을 양도하였다. 해당 거래가 장기할부조건에 해당하는지와 2001년 12월 31일 이전 양도분의 처리도 문제되었다.

질의요지

재단법인이 받는 토지사용료는 부동산 임대소득으로 수익사업에서 발생한 소득에 해당되어 법인세로 납부하는 것임

수익사업을 영위하는 재단법인이 수익사업에 사용하는 부동산을 양도하는 경우 비영리법인 자산양도소득에 대한 과세특례가 적용되지 않음

본문(원문)

귀 질의의 부동산거래가 장기할부조건에 해당하는지 여부는 법인세법시행령 제68조 제3항 및 소득세법시행규칙 제78조 제3항에 따라 판단하는 것이며,

재단법인이 받는 토지사용료는 법인세법 제3조 제2항 제1호에 규정한 부동산 임대소득으로 수익사업에서 발생한 소득에 해당되어 법인세로 납부하는 것이며,

수익사업을 영위하는 재단법인이 수익사업에 사용하는 부동산을 양도하는 경우 법인세법 제62조의 2에 규정한 비영리법인 자산양도소득에 대한 과세특례가 적용되지 않으며, 따라서 2001.12.31. 이전 양도분에 대하여는 법인세법을 적용하여 각사업연도 소득에 대한 법인세와 2001.12.31. 삭제된 특별부가세가 적용되는 경우 특별부가세로 납부하는 것입니다.

정제 정리

질의

재단법인이 받는 토지사용료와 수익사업에 사용하는 부동산의 양도에 관한 세무처리.

회답

1. 부동산거래가 장기할부조건에 해당하는지는 법인세법시행령 제68조 제3항 및 소득세법시행규칙 제78조 제3항에 따라 판단합니다.

2. 재단법인이 받는 토지사용료는 법인세법 제3조 제2항 제1호의 부동산 임대소득으로서 수익사업에서 발생한 소득에 해당하므로 법인세를 납부합니다.

3. 수익사업을 영위하는 재단법인이 수익사업에 사용하는 부동산을 양도하면 법인세법 제62조의 2의 비영리법인 자산양도소득 과세특례가 적용되지 않습니다. 2001.12.31. 이전 양도분에는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와, 적용되는 경우 특별부가세를 납부합니다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면인터넷방문상담2팀-1555 (<time datetime="2006-08-22">2006.08.22</time> 회신), "재단법인의 부동산 양도는 어떻게 과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000025421/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000025421)
원 제목
비영리법인 부동산 양도에 따른 세무처리
공개 등급
보관(중복·본문 짧음) · 검색 색인 제외
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질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap