결손금 소급공제에 의한 환급세액 추징시 이자율 적용방법

12.2.2. 법인세법시행령(§110 ⑤) 개정 전 결손금 소급공제에 의한 법인세 환급 후 결손금 발생 사업연도의 결손금이 경정으로 감소되어 그 감소된 결손금에 상당하는 환급세액에 대하여 이자상당액을 가산하는 경우, 환급세액의 통지일 다음날부터 고지일까지의 기간에 대하여 1일 3/10,000의 이자상당액을 가산하여 징수하도록 규정하고 있는 반면, 추징에 납세자의 귀책사유가 없다고 하여 이자상당액을 가산하지 아니하거나 이자율을 달리 적용하도록 규정하고 있지 아니하므로, 당초 과세처분은 타당함. 결손금 소급공제에 의한 환급 후 납세자의 귀책사유가 없는 때에 국세환급가산금 이율을 적용하도록 한 법인세법 시행령 개정규정은 12.2.2. 이후 이자상당액을 징수하는 분부터 적용되는 것임

1. 처분개요

가. 청구법인은 반도체장비 등 제조업을 영위하고 있는 바, 2 008.3.28. 자기주식 처분이익이 익금산입 대상에서 제외된다는 사유를 들어 2004사업연도 및 2005사업연도 각 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고 한편, 2008.3.31. 2007사업연도 법인세를 신고하면서 「법인세법」제72조 의 결손금 소급공제 규정에 따라 2006사업연도 법인세로 납부한 OOO원을 환급받았다.

나. 처분청은 2009.2.20. 청구법인의 위 경정청구에 대하여 일부 법인세(2004사업연도분 OOO원, 2005사업연도분 OOO원)만을 경정·환급하고 나머지 법인세(2004사업연도분 OOO원, 2005사업연도분 OOO원)는 경정 거부하였는데, 그 후 청구법인의 경정청구를 전부 인용하라는 취지의 대법원 확정판결에 의하여 나머지 법인세가 경정·환급됨에 따라 2006사업연도에 이월된 결손금은 OOO원으로 증가하였다.

다. 이에 따라 처분청은 청구법인의 당초 소급공제액 계산에 기초가 된 직전 사업연도분(2006사업연도분) 법인세 과세표준이 감소되었다 하여 소급공제액 중 OOO원을 추징하면서 「법인세법 시행령」제110조 제5항에 의한 이자상당액 OOO원(이하 “쟁점이자상당액”이라 한다)을 가산하여 2011.12.12. 청구법인에게 2007사업연도 법인세OOO원을 경정 고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.7. 이의신청을 거쳐 2012.5.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

결손금 소급공제 환급세액 계산의 기초가 된 2006사업연도 법인세액이 감소한 것은 2004, 2005 각 사업연도 법인세 경정청구로 인하여 공제받을 이월결손금이 증가하여 2006사업연도 법인세가 감소한 것이지 청구법인의 귀책으로 법인세액이 감소한 것이 아닌 점, 쟁점이자상당액 중 경정청구 법정처리기한 이후 부분은 처분청의 결정지연으로 인하여 발생한 것으로 청구법인에게 귀책이 있다고 보기 어려운 점, 2012년 2월에 개정된 「법인세법 시행령」제110조 에 의하면 결손금 소급공제에 의한 환급세액을 계산함에 있어 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은데 정당한 사유가 있는 때에는 「국세기본법 시행령」제43조의3 제2항에 따른 이자율(국세환급가산금 이자율과 동일)을 적용하는 것으로 규정하고 있는 점 등을 볼 때, 쟁점이자상당액(연 10.95%) 중 국세환급가산금 이율(연 3.7%)을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 처분청의 일부 경정거부에 대하여 청구법인이 불복을 제기하여 최종적으로 대법원에서 인용된 사안을 가지고 처음부터 처분청의 결정 오류로 인하여 결정지연이 되었다고 주장하나 이를 처분청의 오류로 볼 만한 어떠한 법률적 근거가 없다 할 것이고, 「법인세법」제72조 제5항 및 같은 법 시행령 제110조에 의하면 어떠한 예외 규정 없이 당초 환급세액 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준 금액이 달라진 경우에는 과다하게 환급된 세액 상당액 및 그 이자상당액을 징수하도록 규정하고 있으므로 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 결손금 소급공제에 의한 환급세액을 추징하면서 「법인세법 시행령」제110조 제5항 제2호 본문의 율(연 10.95%)을 적용하여 이자상당액을 가산한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제72조 [결손금 소급공제에 의한 환급]

① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용한다.

⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.

⑥ 결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제110조 (2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) [결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산]

⑤ 법 제72조제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액

2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

(3) 법인세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정된 것) 제110조 [결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산]

⑤ 법 제72조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액

2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율. 다만, 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은데 정당한 사유가 있는 때에는 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제2항에 따른 이자율을 적용한다. 부칙 제1조 [시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 부칙 제23조 [결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산에 관한 적용례] 제110조 제5항 제2호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 이자상당액을 징수하는 분부터 적용한다.

(4) 국세기본법 제45조의2 [경정 등의 청구]

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

(5) 국세기본법 시행령 제43조의3 [국세환급가산금]

② 법 제52조에서 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 시중은행의 1년 만기 정기예금 평균 수신금리를 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 법인세 경정결의서 등 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다. (가) 청구법인은 2003.12.5. OOO 주식회사(피합병법인)를 흡수합병한 후, 2004.4.23. 및 2005.12.2. 피합병법인이 보유하고 잇던 주식을 각 처분하고 그 처분이익을 자기주식 처분이익으로 익금 산입하여 법인세 2004사업연도분 OOO원, 2005사업연도분 OOO원을 신고·납부하였다가, 합병법인이 승계 취득한 자기주식을 양도한 경우 그 처분이익은 합병차익에 포함되어 익금산입 대상에서 제외된다는 사유를 들어 2008.3.28. 위 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. (나) 청구법인은 2008.3.31. 2007사업연도 법인세를 신고하면서 「법인세법」제72조 의 결손금 소급공제에 의한 환급규정에 따라 직전 사업연도인 2006사업연도 법인세 납부세액 OOO원을 환급하여 줄 것을 신청하여 2008.4.28. 동 금액을 환급받았다. (다) 처분청은 2009.2.20. 청구법인의 위 경정청구에 대하여 합병법인이 승계 취득한 자기주식을 양도하는 경우 해당 주식의 양도금액에서 합병등기일 현재「법인세법」상 시가를 차감한 가액을 익금에 산입하여야 한다는 기획재정부 예규(법인세제과-26, 2009.1.16.)를 들어 법인세 2004사업연도분 OOO원 및 2005사업연도분 OOO원을 각 환급결정하고 나머지 법인세액에 대해서는 경정 거부하였다. (라) 청구법인은 위 경정청구 일부거부처분에 대하여 조세쟁송을 제기하여 2011.9.29. 대법원으로부터 원고승소(국패) 판결(2011두12191, 2011.9.29.)을 받았다.

(마) 청구법인은 2011.11.28. 위 대법원 판결을 근거로 2006사업연도 법인세에 대하여도 후발적 사유에 의한 경정청구를 제기하였고, 이에 처분청은 아래 <표1> 내역과 같이 2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액에 대한 감액경정을 하였는바, 그 경정내역을 살펴보면 2004사업연도 및 2005사업연도 각 법인소득금액이 감액 경정됨에 따라 2006사업연도로 이월된 결손금 OOO원이 증가하게 되었고, 2006사업년도 법인세 OOO원, 환급가산금OOO원, 총 OOO원이 환급되었다. OOOOOOOOOO OOOOOOOO OOO OOOO (OO : OOO) (바) 위와 같이 당초 청구법인의 2007사업연도 소급공제액 계산 기초가 된 직전사업연도(2006) 법인세 과세표준이 감소됨에 따라 처분청은 아래 <표2> 내역과 같이 청구법인이 환급받은 소급공제액OOO원을 추징하면서 「법인세법 시행령」제110조 제5항에 의한 이자상당액(연 10.95%) OOO원(쟁점이자상당액)을 가산하여 이 건 법인세를 과세 처분하였다. OOOOOOOOOO OOOOOOOO OOO OOOO (OO : OO O)

(2) 살피건대, 「법인세법」 제72조 제5항 및 같은 법 시행령 제110조 제5항(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것)은 법인세 과세표준 신고기한내에 내국법인의 환급신청으로 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 4의 율을 곱하여 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다고 규정하고 있는 반면, 법인세 환급세액을 추징하는데 있어 납세자의 귀책사유가 없다고 하여 이자상당액을 가산하지 아니하거나 이자율을 달리 적용하도록 규정하고 있지는 아니하므로 위 규정의 이자상당액을 적용하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다(조심 2007서703, 2009.5.7. 같은 뜻임). 한편, 청구법인이 제시하고 있는 「 법인세법 시행령」제110조 제 5항 제2호 단서 규정( 2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정된 것)은 부칙 제1조 및 제23조에 의하면 2012.2.2. 이후 이자상당액을 징수하는 분부터 적용되는 것으로 규정하고 있으므로 2011.12.12. 환급세액 추징이 이루어진 이 건의 경우 그 적용대상이 아닌 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.