부당행위계산부인 대상 여부(기각)
심판청구를 기각합니다
유사임대실례가액이 없으므로 적정임대료를 법인세법 시행령 제89조 제1항 및 제4항의 규정에 따라 산정하여 부당행위계산 부인한 것은 정당함
결정문이 인용한 법령이 의결 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 의결 이후 개정 시행: 법인세법 시행령(2026.02.27 시행), 법인세법(2026.07.01 시행) 이 표시는 결정문에 인용된 법령의 법령 단위 변경 신호이며 결정의 효력이나 현재 사건의 결론을 판정하지 않는다.
탐색 분야
사건명·공식 주문·재결요지·관련 법령에 실제로 나온 문자열로 붙인 탐색용 분류다.
재결요지
유사임대실례가액이 없으므로 적정임대료를 법인세법 시행령 제89조 제1항 및 제4항의 규정에 따라 산정하여 부당행위계산 부인한 것은 정당함
이유
1. 처분개요
가. 청구외 박OO은 2001.6.14. 경기도 OOO OOO OOO OOOOOO OO필지(총 11,156㎡), 건물 3동 5,945㎡, 기계장치 64식 등(이하 쟁점공장 이라 한다)을 2,101,099천원에 낙찰 받아 부동산임대사업자로 등록을 한 후, 2002.1.4. 자신이 대표이사로 있는 청구법인과 월세 15,000천원, 보증금 100,000천원(이하 “쟁점임대료”라 한다)에 2년간 임대차계약을 체결(2년후 자동갱신)하였다.
나. 처분청은 청구법인의 대표와 청구법인은 특수관계자이고, 쟁점임대료가 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 볼 수 없다 하여 부당행위계산 부인대상에 해당된다고 보아, 쟁점공장의 시가를 경락대금으로 삼아 정기예금이자율에 의한 적정임대료를 산출하여 2002사업연도~2004사업연도 기간 중의 시가초과임대료 416,350천원을 손금불산입한 후 2005.6.9. 청구법인에게 2002사업연도 법인세 38,804,823원,2003사업연도 법인세 41,791,000원,2004사업연도 법인세 41,134,691원을 결정고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.8.25. 이의신청을 거쳐 2005.11.25. 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
부동산 등의 임대료 책정은 시장원리에 의하여 결정되며 부동산의 특성상 위치의 고정성과 지역적 특성에 의거 동일한 물건이 존재할 수 없는 바, 통상 부동산임대에 있어서 시가의 1%정도가 월세로 책정되는 것을 감안하면 2,101,099천원에 경락받은 물건을 보증금 100,000천원, 월세 15,000천원에 임차하는 것은 사회통념 및 상관행상 특수관계자 아닌 자간의 정상적인 거래에 해당하며 또한, 청구법인은 유사한 공장의 임대사례를 참고하여 임대료를 책정하였음에도, 처분청이 고가의 임차료를 지불하였다 하여 이 건 법인세를 부과함은 부당하다.
나. 처분청 의견
청구법인은 처분청이 산정한 적정임대료가 부당하다고 주장하나 임대차계약서를 살펴보면, 임대자산에 토지·건물·기계장치·무허가건물·정화조 등이 포함되어 인근 유사임대사례를 찾아 볼 수 없었으며, 이 건 심판청구시 제출한 임대사례가액은 쟁점공장과는 토지와 건물의 면적이 약 10배이상 차이가 발생하여 객관적이라 볼 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점 쟁점임대료가 시가보다 과다한 것으로 보아 부당행위계산 부인하여 법인세법상의 산식에 의하여 산정한 임대료와의 차액을 손금불산입한 처분의 당부
나. 관련법령
법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율 이자율 임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다. 법인세법 시행령 제89조 (2000.12.29. 대통령령 제17033호로 개정된 것)【시가의 범위 등】
① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조 · 동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액
④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액
다. 사실관계 및 판단
청구법인이 지급한 쟁점임대료는 사회통념 및 상관행상 특수관계자자 아닌 자간의 정상적인 거래에 적용되는 가격이며, 청구법인은 유사한 공장의 임대사례를 참고하여 임대료를 책정하였음에도 처분청이 고가의 임차료를 지불하였다 하여 이 건 법인세를 부과함은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.
(1) 처분청은 쟁점공장의 유사임대사례가 없음을 이유로 쟁점공장의 적정임대료를 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제4항에 의하여 쟁점공장의 시가를 청구법인의 대표가 낙찰받은 경락가액으로 삼아 동 시가의 50/100에 상당하는 금액에서 그 자산의 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 후 다음과 같이 임차료 과다지급액을 산출한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (OOO O, OO)
(2) 청구법인이 쟁점공장 임대료 책정시 참고하였다는 유사임대사례가액은 다음과 같다. OOOOOO OOO OOOOOOOOO (가) 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 특수관계자가 아닌 제3자간에 거래된 가액이 있는 경우 이를 시가로 볼 수 있는 바, 처분청이 쟁점공장의 시가를 2002.1.9. 청구법인의 대표가 경락받은 가액으로 산정함은 정당한 것으로 보인다. (나) 또한, 청구법인이 제시하고 있는 유사임대실례가액과 쟁점공장을 비교하여 보면 토지와 건물의 면적이 약 10배이상 차이가 발생하여 적정한 임대사례가액으로 보기 어렵다. (다) 기계장치의 경우 청구법인은 일반적인 리스료나 감가상각비용을 고려하여 내용연수 5년, 기준금리 8%, 취득가액을 644백만원으로 적용하여 12,403천원을 적정임대료로 산출하였다고 주장하나, 처분청은 리스회사(OOOOO 및 OOOOO)를 방문하여 쟁점공장 기계장치의 유사임대금액을 문의한 바, 리스회사는 쟁점공장 기계장치가 임대된 사실이 없어 유사임대금액을 제시하지 못하고 있고, 청구법인의 리스회사의 임대료산정방식에 대하여 검토한 바 이는 판매기준으로 산정된 것으로 적정한 기계장치 임차료로 보기 어려워 법인세법시행령 제89조 제4항의 규정을 적용하여 연도별 적정임대료를 산출한 사실이 심리자료에서 확인된다.
(4) 쟁점공장 임대료의 정상가액을 산정함에 있어서 처분청의 산정방법보다 합리적인 산정방법이 있는 경우에는 이에 의하여 산정하는 것이 합당할 것이나, 청구법인은 당해 과세기간의 적정임대료를 산정할 수 있는 유사임대실례가액을 제시하지 못하고 있으며, 기계장치의 경우에도 청구법인이 산정한 적정임대료에 대한 객관적인 입증자료가 없어 이를 당해 과세기간의 유사임대실례가액으로 인정하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.
(5) 사실이 이러하다면, 처분청이 쟁점공장의 적정임대료를 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제4항의 규정에 따라 산정하여 동 산정액과 청구법인이 지급한 임대료와의 차액을 부당행위계산 부인하여 손금불산입한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
근거 법령·조문
- 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 법인세법 시행령 제89조 (시가의 범위 등) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
같은 법령·조문을 다룬 기관 회신
- 주식으로 받은 어업권 피해보상금은 원천징수하나?공통 근거 법인세법 시행령 제89조 · 회신 2025.02.26 · 검색 품질 기준 통과
- 해외 자회사 채권 출자전환 손실은 어떻게 처리하나?공통 근거 법인세법 제52조 · 회신 2024.12.23 · 검색 품질 기준 통과
- 국외법인 매출채권 대손은 국내원천소득인가?공통 근거 법인세법 제52조 · 회신 2024.11.28 · 검색 품질 기준 통과
- 대여금채권 출자전환 차액은 채무 면제인가?공통 근거 법인세법 제52조 · 회신 2024.06.12 · 검색 품질 기준 통과
- 외국 모법인의 RSU는 어떻게 과세되나?공통 근거 법인세법 시행령 제89조 · 회신 2023.05.22 · 검색 품질 기준 통과
- 모회사가 자회사 주식을 처분하면 이연세액을 내는가?공통 근거 법인세법 제52조 · 회신 2022.03.07 · 검색 품질 기준 통과
- 주식을 저가 현물출자하면 증여의제가 적용되나?공통 근거 법인세법 시행령 제89조 · 회신 2021.10.25 · 검색 품질 기준 통과
- 분할합병 신주인수권 교부는 어떻게 과세하나?공통 근거 법인세법 시행령 제89조 · 회신 2021.06.15 · 검색 품질 기준 통과
공통 조문에 따른 탐색 연결이며 동일 질문·동일 사실관계를 뜻하지 않는다. 검색 품질 기준을 통과한 회신은 8건이다.
같은 조문, 다른 주문 결과
법인세법 제52조를 함께 인용했지만 주문 분류가 다른 결정이다. 사실관계가 같다는 뜻은 아니다.
- 대표이사의 배우자에 지급한 인건비 1.2억원의 가공인건비 여부조심 2026부1724 · · 주문 분류 경정 · 법인 · 탐색 분야 법인세 · 현행 확인
- 부과제척기간 만료일에 임박하여 한 이 건 과세처분은 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈한 것으로서 절차상 하자가 있으므로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부조심 2026부0004 · · 주문 분류 취소 · 양도 · 탐색 분야 양도소득세 · 결정 후 개정
- 그룹공동광고비 관련 매입세액 중 계열사들의 매출액 비중 상당액을 청구법인의 상표권임대업에 실지귀속된 것으로 보아 매입세액을 공제해야 한다는 청구주장의 당부조심 2022서8220 · · 주문 분류 기각+경정 · 부가 · 탐색 분야 부가가치세 · 결정 후 개정
- 현금흐름할인법(DCF)에 따라 산정한 주식평가액을 시가로 볼 수 있는지 여부조심 2025광2467 · · 주문 분류 경정+재조사 · 법인 · 탐색 분야 상속·증여세 · 결정 후 개정
- 위법한 세무조사 등 절차상 하자 있는 처분에 해당하는지 여부조심 2025구4186 · · 주문 분류 취소 · 법인 · 탐색 분야 법인세 · 결정 후 개정
- ① 쟁점감정가액을 부인하고 쟁점매매사례가액을 쟁점토지 지분(2분의1)의 시가로 보아, 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과한 처분의 당부② 공익법인인 청구법인이 출연받은 쟁점토지 지분을 특수관계인에게 저가양도하였으므로 시가와 매매가액의 차액을 공익목적사업 용도 외 사용한 것으로 보아 증여세를 부과한 처분의 당부조심 2024중4701 · · 주문 분류 취소+경정 · 증여 · 탐색 분야 상속·증여세 · 결정 후 개정
- 청구법인이 해외현지법인에 대한 대부채권을 출자전환하여 취득한 쟁점주식 시가와 채권 장부가액의 차액의 손금 귀속시기를 출자전환시로 보아야 한다는 청구주장의 당부조심 2025중3675 · · 주문 분류 취소+경정 · 법인 · 탐색 분야 법인세 · 결정 후 개정
- 상속개시일 전 피상속인 명의 계좌에서 인출되어 피상속인의 배우자에게 예치된 금전을 배우자가 아닌 청구인(피상속인의 자녀)에게 사전증여한 것으로 보아야한다는 청구주장의 당부 등조심 2026인0211 · · 주문 분류 기각+경정 · 상속 · 탐색 분야 상속·증여세 · 결정 후 개정
이 결정을 인용할 때
조세심판원 국심2005중4286 (<time datetime="2006-08-23">2006.08.23</time> 의결), "부당행위계산부인 대상 여부(기각)", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/decisions/tt/993758/
출처·분류
- 공식 원문
- 국가법령정보센터 조세심판원 결정 (식별자 993758)
- 게시 분류
- 국세 · 사건번호 규칙에 따른 결정적 분류
- 주문 분류
- 화면에 표시한 공식 주문에서 확인한 결과어: 기각
- 본문
- 공식 주문·재결요지·청구취지·이유를 새 문장 없이 표시