과세대상 소득인지 여부(경정)

양도한 토지가 처분일 현재 3년 이상 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 사용되었는지 여부를 판정하는 사례임

1. 사실 처분청은 청구법인(청구법인은 종중으로 1996.4.1부터 법인으로 보는 단체로 등록한 비영리법인임)이 1999.10.22 광주광역시 서구 OO동 O OOOOOO등 임야 6필지 20,416㎡(이하 “쟁점임야”라 한다) 및 같은곳 OOOOOO등 전 16필지 12,860㎡(이하 “쟁점田”이라 한다) 합계 22필지 33,276㎡(쟁점임야와 쟁점田을 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 광주광역시에 협의양도하고 보상금 3,956,976,500원을 수령한 후 특별부가세만 납부한 사실에 대하여, 쟁점토지를 3년이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 2001.3.14 청구법인에게 1999사업연도분 법인세 1,145,014,510원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.6.1 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점토지는 수백년간 조상의 유택지 및 제답으로 사용하여 온 것으로 토지처분일 현재 3년 이상 종중의 고유목적사업(분묘 및 봉제사등 선조현창사업 등)에 사용한 것이므로 이를 수익사업용 자산으로 보아 법인세를 과세한 처분은 부당하며, 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 않은 것으로 보아 협의양도가액을 전액 익금산입하는 경우에도 쟁점토지를 전부 수익사업용으로 보아 그 취득가액을 과세시가표준액에 의한 가액만 인정한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점토지에 묘지 18기가 있었다는 사실만으로는 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없고, 토지매매계약서상에도 묘지등 지장물건 보상내역이 없으며, 임야·OO 등은 고유목적사업에 직접 사용하기 어려우므로 쟁점토지는 수익사업용 자산으로 볼 수 밖에 없으며, 1988.12.31이전에 취득한 것으로 취득가액이 불분명하므로 1989.1.1 현재 상속세및증여세법 제60조 및 제61조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 평가액(과세시가표준액에 의한 가액)을 취득가액으로 하여 손금산입한 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단 가. 쟁점 쟁점토지가 처분일 현재 3년이상 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 사용되었는지 여부 및 법인세법 부칙 제8조 제2항을 적용하여 취득가액을 산정함에 있어 쟁점토지를 수익사업용 자산으로 보아 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령 구 법인세법(1999.12.28 법률 제6047호로 개정되기 이전의 것) 제3조【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 같은법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료 수입등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 같은법 부칙 제8조【수익사업소득 계산에 관한 특례】

② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1998년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재 상속세및증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액중 큰 금액으로 할 수 있다. 다만, 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물로서 수익사업용이 아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세및증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액중 큰 금액으로 할 수 있다.

다. 사실 및 판단

(1) 청구법인은 1999.10.22 쟁점토지가 OO종합운동장 주경기장 건설용지로 광주광역시에 협의양도됨에 따라 보상금 3,956,976,500원을 수령하였으며, 2000.3월 법인세 신고시 법인의 소득금액으로 계상하지 아니하고, 2000.5월 특별부가세만 양도차손(△17,459백만원)으로 신고하였다.

(2) 처분청은 청구법인의 특별부가세 신고내용 중 광주광역시 서구 OO동 O OOOOOOOO 임야 16,742㎡는 1990.1.1현재 개별공시지가가 없는 토지이나 청구법인이 같은 곳 O OOOOOOOO(1995.10.30 O OOOOOOOO가 분할되기 전의 모지번)의 개별공시지가(340,000원/㎡)를 적용함은 잘못이라고 판단하여 개별공시지가를 다시 산정(9,800원/㎡)하는 등 양도차익을 1,345,159,672원으로 계산하고 이에 따른 특별부가세 196,932,000원 및 농어촌특별세 11,097,460원을 부과하고 (이 부분에 대하여는 불복 안함) 쟁점토지가 처분일 현재 3년이상 청구법인의 고유목적사업에 사용되지 않은 것으로 보아, 위 양도가액 3,956,976,500원을 익금산입하고, 위 법인세법 부칙 제8조 제2항의 규정에 의하여 평가한 취득가액(과세시가표준액×4.1배) 251,442,791원을 손금산입하여 소득금액 3,705,533,709원에 대하여 이 건 법인세를 부과하였다.

(3) 청구법인의 회칙에 열거된 고유목적사업을 보면,

① 문중선양과 선조현창사업,

② 종족 실태파악,

③ 장학 및 육영사업으로 되어 있고, 판례에 의하면, 종중이란 법인격없는 사단의 일종으로 공동선조들의 봉제사와 묘지관리 및 후손 상호간의 친목을 위하여 자연발생적으로 형성된 종족단체라고 하고 있다.(대법94다17772, 1994.11.11 같은 뜻)

(4) 먼저 과세번호 <1~6번>의 쟁점임야가 처분일 현재 3년이상 청구법인의 고유목적사업에 사용되었는지 여부를 살펴본다. (가) 처분청은 쟁점임야의 수용에 따른 양도양수계약서상 지장물 보상내역의 기재가 없으며, 청구법인이 제출한 체육관 묘지이장 및 보상실태조사철에도 묘지내역 및 사진만 나와 있을 뿐 지장물 보상내용란에 아무런 기재가 없으므로 광주광역시에 별도 조회하지 않고 지장물 보상내역이 없는 것으로 조사하고 일반적으로 임야에는 몇기의 분묘는 있는 것이므로 분묘 18기가 있는 것만으로는 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다고 판단하였다. (나) 청구법인은 쟁점임야와 쟁점田이 수백년전부터 조상의 유택지 및 봉제사용 제답으로 사용되어 온 것이라고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제시하고 있다. 청구법인이 제출한 선조사적순례행사교재 및 족보등에 의하면, 약 500년전 15대조(광상)가 광주광역시 서구 OO동 OOOOOO 등의 문토를 구입하여 세장지로 하는 한편 제실을 마련하고 현판을 추선제라 하였으며 위토답 관리와 봉제사를 위하여 도유사와 유사를 두었다고 하고 있고, 문토(쟁점임야 등)와 위토답(쟁점田 등)의 문중소유 등기는 1921년경 당시 종손인 25대조(봉주) 및 문중일가들의 명의로 등기하였다가 1973년경 개인 명의에서 OO정씨추선문회 명의로 등기하였고, 1980년대 광주 인근지역의 개발로 1981년 1차 토지 수용이 있은 이후 1999년까지 4~5차례에 걸쳐 주택건설, OO체육관, 월드컵경기장 등으로 문토와 위토답이 수용되었다고 기재되어 있다.

청구법인이 제출한 구 등기부등본, 종중회의록(1974.12.1) 등에 의하면, 쟁점임야는 모두 1필지(OO동 OOOOOOOO)에서 분할된 것으로 청구법인의 명의로 소유권 이전을 하기 전에는 청구외 정OO 등 다수의 종중원 명의로 소유권보존 또는 소유권이전등기가 되어 있다가 종중회의 결의에 따라 청구법인 명의로 소유권이전등기를 한 것으로 나타나고 있다. (다) 당 심판원에서 광주광역시에 조회한 바, 쟁점임야에 대한 지장물 보상내역은 <별지 2> 기재내용과 같다. (라) 청구법인이 제출한 족보(1978년 제작된 무오세보 및 1984년 제작된 갑자파보), 지적도, 이장전 및 이장후의 분묘 사진, 지장물 보상내역 등을 종합해 보면, 수용당시 OOOOOOOOO(족보상으로는 O OOOOO)에는 OO정씨 문중의 17대조 塤(훈) 및 배우자의 쌍분 등 묘지 14기(합분 포함시 모두 21位)가 있었으나, 이중 12기(16位)는 광주광역시 서구 OO동 OOOOOOO, 광주광역시 남구 OO동 OOOOOOO, 광주광역시 북구 OO동 OOOOOOOO 등으로 이장하고 나머지 2기(5位)는 화장한 것으로 조사되고 있는 바, 가장 선대인 17대조(훈)는 사망연도는 알 수 없으나 조선 현종 1년 1660년생이며, 가장 후손인 25대조(광래)는 1917년에 출생하여 1980년 사망한 것으로 족보상 분묘위치는 모두 위 ‘광주시 OO동 OOOOOO’이다.

또한, 수용당시 OOOOOOOOO(족보상으로는 O OOOOO)에는 OO정씨 문중의 16대조 隣周(인주) 및 배우자의 쌍분 등 묘지 4기가 있었으나, 이중 2기는 광주광역시 서구 OO동 OOOOOOO로 나머지 2기는 광주광역시 서구 OO동 OOOOOO로 이장한 것으로 것으로 조사되고 있는 바, 가장 선대인 16대조(인주)는 인조 13년 1635년에 출생하여 숙종 7년 1681년에 사망한 것으로 나타나고 있으며, 가장 후대인 24대조(순교)는 1901년생으로 1982년에 사망한 것으로 족보상 분묘위치는 모두 위 ‘광주시 OO동 OOOOOO’이다. (마) 청구법인이 제출한 구 등기부등본에 의하면, 쟁점임야는 1974.12.18 및 1982.3.27 청구법인의 명의로 소유권이전등기를 한 이후, 수용당시까지 제3자에게 토지이용권을 주거나 담보로 이용한 사실은 없으며, 지장물 보상내역으로 보더라도 쟁점임야를 제3자에게 임대하거나 토지이용권을 주었다고 보기는 어렵다.

(바) 위 사실을 종합해 보면, 쟁점임야 중 과세번호 <3, 6번> 임야(OOOOOOOOO와 OOOOOOOOO)는 청구법인이 당초 종산(조상의 유택지)으로 매입한 OOOOOOOO에서 분필된 것으로 수용당시 3년이상 청구법인의 고유목적사업(조상의 유택지)에 직접 사용한 사실이 확인되므로 법인세 과세대상에서 제외함이 타당하다 할 것이고, 과세번호 <1, 2, 4, 5번>의 나머지 임야 또한, 위 과세번호 <3, 6번> 임야와 마찬가지로 청구법인이 종산으로 매입한 OOOOOOOO에서 분필된 것으로 원래 위 쟁점임야는 전부 1필지의 토지이었으나 행정편의에 의하여 분필된 것이고, 청구법인이 제출한 구 등기부등본 기재내용 및 위 지장물 보상내역으로 보아 청구법인의 고유목적사업에 사용하기 위한 종산임을 알 수 있고 수용당시 수익사업용 자산으로 보기는 어렵다 할 것이므로 위 법인세법 부칙 제8조 제2항 단서의 규정에 의하여 1991.1.1현재 상속세및증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액인 1991.1.1현재 개별공시지가를 취득가액으로 손금산입하는 것이 타당하다 할 것이다.

(5) 과세번호 <7~22번>의 쟁점田이 처분일 현재 3년이상 청구법인의 고유목적사업에 사용되었는지 여부를 살펴본다. (가) 처분청은 쟁점전이 전답으로 토지는 법인의 고유목적사업에 직접 사용할 수 없는 것이라고 판단하였다. (나) 청구법인은 쟁점전이 수백년전부터 조상의 봉제사용 제답으로 사용되어 온 것이라고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제시하고 있다. 청구법인이 제출한 선조사적순례행사교재 및 족보등에 의하면, 약 500년전 15대조(광상)가 광주광역시 서구 OO동 OOOOOO 등의 문토를 구입하여 세장지로 하는 한편 제실을 마련하고 현판을 추선제라 하였으며 위토답 관리와 봉제사를 위하여 도유사와 유사를 두었다고 하고 있고 청구법인의 제27대 종손 정OO와 수호인 손OO의 위토답관리확인서를 제출하고 있는 바, 청구외 정OO의 확인서에 의하면, 종손으로 위토답을 경작 관리하여 매년 봉제사에 따른 제수를 마련하여 왔다고 기재되어 있고, 청구외 손OO의 확인서에 의하면, OO정씨추선문회의 추선제 수호인으로 1984~1998년까지 묘역을 관리하고 위토답을 경작 관리하여 제수용으로 사용하였으며, 이 과정에서 간간히 추선문중으로부터 비료, 농자재, 농기구 등도 지원받은 사실이 있으며, 쟁점전 수용당시 광주광역시로부터 경작보상금 9,800,000원을 수령한 사실이 있다고 기재되어 있다. 청구법인은 1995.4.10~1998.4.30끼간중 청구법인에서 구입한 종자, 농약 및 비료 구입관련 지출결의서 및 영수증(7매, 1,011,630원)을 제출하고 있으나, 위 종자, 농약 및 비료 구입액이 구체적으로 쟁점임야나 쟁점전중 어느 토지에 사용되었는지는 여부는 확인하기 어렵다. (다) 당 심판원에서 광주광역시에 조회한 바, 쟁점전에 대한 지장물 보상내역은 <별지 3> 기재내용과 같다.

(라) 청구법인이 제출한 구 등기부등본에 의하면, 쟁점전은 1974.12.18 및 1981.11.5 청구법인의 명의로 소유권이전등기를 한 이후, 수용당시까지 제3자에게 토지이용권을 주거나 담보로 제공된 사실이 기재된 바 없다. (마) 위 사실을 종합해 보면, 쟁점전 중 <별지 1> 기재의 과세번호 <8, 10~16, 22번> 토지(전)는 제3자에게 임대사실없이 청구법인의 고유목적사업에 3년 이상 사용하였는지 여부는 확인하기 어려우나 청구법인의 제27대 종손 정OO나 수호인 손OO이 동 토지상의 지장물에 대하여 보상을 받은 사실등으로 보아 청구법인의 고유목적사업인 봉제사에 사용하기 위한 위토답임을 알 수 있고, 수용당시 수익사업용으로 보기는 어려우므로 위 법인세법 부칙 제8조 제2항 단서의 규정에 의하여 1991.1.1현재 상속세및증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액인 1991.1.1현재 개별공시지가를 취득가액으로 손금산입하는 것이 타당하다 할 것이고 나머지 지장물 보상내역이 없거나 이웃주민인 청구외 김OO가 지장물 보상을 받은 과세번호 <7, 9, 17~21번> 토지(전)는 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하였는지, 수익사업용으로 제3자에게 임대하였는지 확인하기 어려우므로 이 부분에 대한 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(6) 그러므로 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지 1> 쟁점부동산 내역

과세번호

소 재 지

지목

면적(㎡)

취득일

양도가액(원)

과 세 방 법

A

B

C

1

OO동 OOOOOOO

임야

1,190

74.12.18

85,085,000

○

2

〃 OOOOOOO

임야

1,052

74.12.18

197,250,000

○

3

〃 OOOOOOO

임야

1,004

74.12.18

170,680,000

○

4

〃 OOOOOOO

임야

243

82.3.27

50,787,000

○

5

〃 OOOOOOO

임야

185

74.12.18

20,535,000

○

6

〃 OOOOOOO

임야

16,742

74.12.18

1,531,893,000

○

7

〃 OOOOOO

전

9

74.12.18

1,579,000

○

8

〃 OOOOO

전

995

81.11.5

176,608,000

○

9

〃 OOOOOO

전

145

81.11.5

30,087,000

○

10

〃 OOOOO

전

503

81.11.5

85,008,000

○

11

〃 OOOOOO

전

2,269

81.11.5

426,572,000

○

12

〃 OOOOO

전

2,331

74.12.18

313,520,000

○

13

〃 OOOOOO

전

952

74.12.18

125,188,000

○

14

〃 OOOOOO

전

331

74.12.18

45,016,000

○

15

〃 OOOOOO

전

727

74.12.18

95,600,500

○

16

〃 OOOOOO

전

615

74.12.18

80,873,000

○

17

〃 OOOOOO

전

340

74.12.18

44,710,000

○

18

〃 OOOOOO

전

274

74.12.18

36,031,000

○

19

〃 OOOOOO

전

555

74.12.18

72,982,000

○

20

〃 OOOOOO

전

1,002

74.12.18

131,763,000

○

21

〃 OOOOOO

전

731

74.12.18

95,761,000

○

22

〃 OOOOOO

전

1,081

74.12.18

139,449,000

○

계

3,956,976,500

2필지

13필지

7필지

※ 필지별 과세방법 A ( 2필지) : 과세제외 B (13필지) : 1991.1.1현재 개별공시지가를 취득가액으로 손금산입 C ( 7필지) : 1989.1.1현재 과세시가표준액에 의한 가액을 취득가액으로 손금산입 <별지 2> 쟁점임야에 대한 지장물 보상내역(광주광역시 건행46830-11097, 2001.9.3)

과세

번호

지번

지장물건의

종 류

보상액(원)

소유자

계약일

1

O OOOOOO

감나무등 입목

봄무우

405,000

2,583,490

OO정씨추선문회

정OO

1999.9.20

1999.10.11

2

O OOOOOO

봄무우

2,283,890

오OO

1999.10.11

3

O OOOOOO

분묘 14기

15,750,000

정OO 등

1999.10~2000.4

4

O OOOOOO

봄무우

527,550

오OO

1999.10.11

5

O OOOOOO

-

6

O OOOOOO

분묘 4기

전나무등 입목

상석, 망주석

봄무우

4,000,000

365,000

1,870,000

2,372,820

정OO 등

OO정씨추선문회

정OO

정OO

2000.4.24

1999.9.20

2000.2.10~5.26

1999.10.11

* 위 정OO는 OO정씨추선문회 제27대 종손이고, 오OO는 종원 정OO의 부인임 <별지 3> 쟁점田에 대한 지장물 보상내역(광주광역시 건행46830-11097, 2001.9.3)

과세

번호

지 번

지장물건의

종 류

보상액(원)

소유자

7

OOOOOO

-

8

OOOOO

봄무우

2,123,230

정OO

9

OOOOOO

봄무우

314,790

김OO

10

OOOOO

감나무, 철조망

단 감

4,640,000

2,189,550

OO정씨추선문회

정OO

11

OOOOOO

단 감

9,876,950

손OO(수호인)

12

OOOOO

오동나무

봄무우

70,000

5,060,000

OO정씨추선문회

김OO

13

OOOOOO

봄무우

2,066,790

정OO

14

OOOOOO

봄무우

718,600

정OO

15

OOOOOO

봄무우

1,578,310

정OO

16

OOOOOO

봄무우

1,335,160

정OO

17

OOOOOO

봄무우

738,140

김OO

18

OOOOOO

봄무우

1,204,900

김OO

19

OOOOOO

봄무우

1,204,900

김OO

20

OOOOOO

-

21

OOOOOO

-

22

OOOOOO

봄무우

2,346,850

정OO

* 위 손OO은 OO정씨추선문회 수호인이고, 김OO는 쟁점전 근처에 사는 주민임