종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 과세한 처분의 당부

"주택분 또는 종합ㆍ별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합ㆍ별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이란 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 봄이 타당하므로, 처분청에서 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 OOO원을 신고납부한 후, OOO 종합부동산세액에서 공제하는 재산세액을 계산할 때 공정시장가액비율을 이중적용함으로써 공제세액이 적어져 이중과세되었으므로 기납부한 종합부동산세 등 OOO원이 환급되어야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 OOO 이를 거부하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여OOO심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 세액은 원칙적으로 과세표준에 세율을 곱하여 계산하는 것이므로 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2 및 제5조의3에서 말하는 “대상 부동산분 과세표준에 대하여 대상 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이란 당연히 “대상 부동산분 과세표준(과세기준 초과분 공시지가 × 공정시장가액비율) × 재산세 표준세율”로 해석되어야 하는 것이 자연스러운 문언의 해석이라 할 것인데, 이미 한 번 공정시장가액비율을 적용하여 산정된 과세표준에 다시 공정시장가액비율을 적용한 것은 관련 법령의 문언에서 그 근거를 찾기 어려운 해석으로서 부당하다 .

(2) 이렇게 공정시장가액비율을 거듭 적용함으로써 결과적으로 종합부동산세에서 공제되는 재산세액이 공정시장가액비율 상당액에 한정되는 결과가 되어, 실제 납부한 재산세액과의 차액만큼 이중과세를 초래 하므로 허용될 수 없다.

(3) 정부는 2003.9.3. 설명자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 세액은 “전액” 공제된다는 공적인 견해를 표명하였고, 헌법재판소는 2008.11.13. 선고한 OOO결정에서 「종합부동산세법」상 종합부동산세의 세액과세대상 부동산에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하기 때문에 결국 동일한 과세대상 부동산이라 할지라도 지방자치단체에서 재산세로 과세되는 부분과 국가에서 종합부동산세로 과세되는 부분이 서로 나뉘어져 재산세를 납부한 부분에 대하여 다시 종합부동산세를 납부하는 것이 아니므로, 종합부동산세와 재산세 사이에 이중과세의 문제는 발생하지 아니한다는 결정을 내렸는바, 이는 동일한 과세대상 부동산에 대하여 종합부동산세의 세액을 산정함에 있어 재산세로 부과된 세액 전액을 공제하지 않는 것은 이중과세의 문제를 야기하는 것으로 허용될 수 없다는 취지로 보아야 할 것이므로, 처분청의 경정청구 거부처분은 정부의 공적인 견해표명 및 헌법재판소의 결정과도 상충되는 것이다.

나. 처분청 의견

「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로 , 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정 하고 있으므로, 기납부 재산세액 공제액 산정시 공정시장가액비율을 각각 적용하는 것이 타당하므로 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부

나. 관련 법령

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 신고납부한 이 건 종합부동산세의 산출내역은 아래 <표1>과 같고, 청구법인이 주장하는 정당세액 산출내역은 아래 <표2>와 같다. <표1> 청구법인의 신고납부 내역(농어촌특별세 별도) <표2> 청구법인이 주장하는 정당세액 산출내역(농어촌특별세 별도)

(2) 청구법인은 재정경제부가 종합부동산세를 과세할 때 지자체에서 과세한 세액은 전액공제하므로 이중으로 과세하는 것이 아니라는 취지로 답변한 것으로 기재된 OOO 기사OOO등을 제출하였다.

(3) 「종합부동산세법」 제13조 제1항 및 제2항에 의하면, 과세기준금액을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」 제110조 제1항에 의하면, 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 「종합부동산세법 시행령」 제5조의3 제2항에 의하면 “별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액” 중 “별도합산과세대상 토지를 합산하여 별도합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”에서 “별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이 차지하는 비율에 상당하는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 하도록 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 이미 한 번 공정시장가액비율을 적용하여 산정된 과세표준에 다시 공정시장가액비율을 적용한 것은 관련 법령의 문언에서 그 근거를 찾기 어려운 해석으로서 부당하고, 결과적으로 종합부동산세에서 공제되는 재산세액이 공정시장가액비율 상당액에 한정되는 결과가 되어 이중과세를 초래하며, 이는 정부가 표명한 지방자치단체에서 과세한 세액은 “전액” 공제된다는 공적인 견해 등과 상충된다고 주장하나, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 「종합부동산세법 시행령」 제5조의3 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액으로 보는 것이 타당하다 할 것이고, 「종합부동산세법」상 종합부동산세의 세액은 종합부동산세 과세대상 부동산에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하도록 하고 있기 때문에, 종합부동산세와 재산세 사이에 이중과세의 문제는 발생하지 않으며, 재정경제부가 2003.9.3. “부동산 보유세제 어떻게 달라지나”라는 제목의 설명자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니 므로 위헌의 소지가 없다는 공적견해를 밝힌 사실은 있어 보이나, 「종합부동산세법」의 시행 후에도 종합부동산세가

부과되는 부분에 대한 재 산세액은 모두 공제되고 있는 등, 위 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 것이 타당하다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 종합부동산세법 제12조(납세의무자)

① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 당해 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원(이하 "토지분 별도합산 과세기준금액"이라 한다)을 초과하는 자 제14조(세율 및 세액)

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액 ( 「지방세법」 제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

(2) 종합부동산세법 시행령 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제)

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토 지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」 제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세

대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(3) 지방세법 제110조(과세표준)

① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지