일반과세자에서 과세특례자로 과세유형이 전환된 것으로 보아 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 과세한 처분의 당부(기각)

청구인의 91년도 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하고, 과세특례포기를 한 사실이 없으므로 92.1.1부터 과세특례로 유형전환시켜 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 처분에 잘못이 없음

1. 원처분 개요청구인은 90.7.20 부동산 임대업을 영위하기 위해 일반사업자로 등록을 하고 서울특별시 서초구 OO동 OOOOOO 소재 상가(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축한 후 부가가치세 신고시 쟁점건물의 신축에 따른 매입세액을 공제하여 환급받은 사실이 있다.처분청은 청구인의 91년도 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달된다하여부가가치세법시행령 제74조의2제3항의 규정에 의하여 92.1.1부터 과세특례자로 유형전환된 것으로 보아 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 95.12.16 청구인에게 92년 제1기분 부가가치세 17,462,160원을 결정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 96.2.10 심사청구를 거쳐 96.5.14 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견가. 청구인 주장청구인은 처음부터 일반과세자로 사업자등록을 하여 세법상 일반과세자의 제반의무를 이행하여 왔고, 청구인이 영위하는 부동산임대업이 국세청장이 정한 과세특례배제기준에 해당됨에도 불구하고 청구인을 과세특례자로 유형전환시켜 재고납부세액을 계산하여 부가가치세를 추징한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견청구인의 91년도 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하고, 과세특례포기를 한 사실이 없으므로 92.1.1부터 과세특례로 유형전환시켜 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 처분에 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

일반과세자에서 과세특례자로 과세유형이 전환된 것으로 보아 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 과세한 처분의 당부에 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제25조및동법 시행령 제74조제1항 제1호에서 대리, 중개, 주선, 위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 36,000,000원에 미달하는 개인사업자는 과세특례자로 보도록 규정하고 있고,동법 시행령 제74조의2제1항에서 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하는 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다고 규정하고 있으며,부가가치세법 제26조의2(재고매입세액가산)에서는 일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

1) 청구인은 90.7.20 부동산 임대업을 영위하기 위해 일반사업자로 등록을 하고 쟁점건물을 신축한 후 이에 따른 매입세액을 공제하여 환급받은 사실이 있고, 청구인의 91년도 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달함에도 청구인은 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였으며, 청구인은 부동산 임대업 개시이후 96년 1기분까지 계속 일반과세자로 부가가치세를 신고하였음이 부가가치세 과세표준 및 세액신고서등 관련서류에 의하여 확인되고 이는 다툼이 없는 사실이다.

2) 위 사실내용과 관련법령을 종합하여 보면, 청구인의 91년도 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하여 과세특례자로 유형전환되는 경우 과세특례포기신고가 없는 한 과세특례전환통지와 관계없이 과세특례의 규정을 적용하는 것이고, 과세특례자가 과세특례의 포기신고를 함이 없이 일반과세자로 신고를 한 것만으로는 과세특례자 규정의 적용을 배제할 수 없다 할 것이므로(같은 뜻 : 국심 91서2375, 92.1.6 외 다수 ; 대법원 90누4068, 90.9.11외 다수) 청구인이 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 적법·타당하다고 판단된다.한편, 청구인은 부동산임대사업의 경우 일정규모이상은 과세특례대상에서 제외하도록 되어 있으므로 과세특례대상에서 제외하여야 한다는 주장도 하고 있으나, 제외대상 근거법령인부가가치세법시행령 제74조제2항 제5호는 1994.7.1부터 시행되었고, 같은법 시행규칙에서 그 세부내역을 다시 국세청장이 정하도록 위임하여 국세청에 조회한 결과, 과세특례를 근원적으로 배제한 기준은 없으며, 다만 신규로 사업자등록을 할 때에 일정규모이상의 경우 과세특례를 배제토록 하는 기준을 마련하여 운용하고 있음이 확인되는 바(국세청 공문 부가 46015-1241, 1996.6.25), 청구인의 경우와 같이 사업개시 후 1역년의 공급대가가 일반과세대상에 미달하여 과세특례자로 유형전환되는 경우에는 해당되지 아니하므로 이 부분 청구주장도 이유없다고 판단된다.

3) 청구인은 일반과세자로 계속 부가가치세를 신고납부한 바 있으므로 과세유형 전환일(92.1.1) 이후분은 과세특례자로 보아 경정결정을 하여야 한다는 주장에 대하여는 처분청에서 96.10.18 직권경정하였음이 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인되므로 이부분 심리는 실익이 없어 생략한다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.