1984.12.31이전에 취득하여 1997.1.1 이후 양도하고 양도시 실거래가액이 확인되는 경우의 취득가액의 산정방법의 적법성 여부(경정)

특별부가세 산출시 부동산의 취득가액을 재계산하여 달라고 경정청구한데 대하여 이를 이유없다고 거부한 처분청의 통지 처분은 관련 법령의 법리를 잘못 적용한 것이라고 판단됨

1. 원처분 개요청구법인은 1984.12.31 이전에 취득한 수원시 OO동 OOOOOOO외 8개 필지 대지 17,298㎡, 건물 1,692㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 1997.3.4～1997.12.29에 양도하고, 양도가액은 실지거래가액인 37,542,061,000원, 취득가액은 1985.1.1 현재 기준시가인 4,023,386,994원으로 하여 특별부가세를 신고한 후, 쟁점부동산의 1985.1.1 현재의 시가를 알 수 없기 때문에 취득가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액으로 환산한 가액 6,676,570,192원을 취득가액으로 계산하여야 한다고 하면서 1998.6.1 특별부가세 경정청구를 하였으나 처분청은 1998.6.16 경정할 이유가 없다고 거부 통지를 하였다.청구법인은 이에 불복하여 1998.7.24 심사청구를 거쳐 1998.11.6 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장1984.12.31 이전 취득한 쟁점부동산의 특별부가세 계산시 1985.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 이 건의 경우 취득가액이 불분명한 경우에 해당되므로 취득가액은 [양도가액 × 취득당시기준시가 / 양도당시기준시가]로 환산한 가액(6,676,570,192원)으로 하여야 한다.

나. 국세청장 의견1984.12.31 이전에 취득한 부동산의 취득가액은 1985.1.1 현재의 시가로 하고 시가를 알 수 없는 때에는 1985.1.1 현재의 기준시가로 하되 실지 취득가액에 1984.12.31까지의 생산자물가상승율을 곱하여 계산한 가액이 많은 경우에는 이를 취득가액으로 하는 것이며, 다만, 양도가액은 확인되나 실지취득가액이 분명하지 않은 경우에는법인세법 시행령 제124조의5제2항 제1호의 산식에 의하여 계산하는 것이므로, 양도가액과 실지취득가액이 확인되고 1985.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 이 건의 경우 취득가액은 실지취득가액에 1984.12.31까지의 도매물가상승율을 곱하여 산정한 가액보다 많은 1985.1.1 현재의 기준시가로 특별부가세를 과세한 당초처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 1984.12.31이전에 취득하여 1997.1.1 이후 양도하고 양도시 실거래가액이 확인되는 경우의 취득가액의 산정방법을 가리는데 있다.

나. 관련법령

법인세법 제59조의 2【과세표준】제1항에는 「특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다」라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에는 「제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다.

1. 취득가액. 다만, (생략)

2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용」으로 규정하고 있으며, 같은조 제4항에는 「제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 대통령령이 정하는 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다」라고 규정하고 있다.한편,법인세법시행령 제124조의 2【특별부가세의 과세표준계산】제14항에서는 「1984년 12월 31일 이전에 취득한 자산의 취득가액은 1985년 1월 1일 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 1985년 1월 1일 현재의 기준시가로 하되, 제124조의 5 제2항 제1호에 해당하는 경우 당해 취득가액은 동호의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다. 이하 같다)에 의하여 평가한 가액으로 한다. 다만, 1984년 12월 31일 이전의 취득가액에 1984년 12월 31일 이전의 취득일로부터 1984년 12월 31일까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1985년 1월 1일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다」고 규정하고 있고,같은법시행령 제124조의 5【기준시가의 산정】제2항에서는 「법 제59조의 2 제4항에서 “대통령령이 정하는 산식”이라 함은 다음 각호의 산식을 말한다

1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우양도가액 × 취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가(소득세법시행령 제164조제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가를 말한다)

2. 양도가액이 분명하지 아니한 경우취득가액 × 양도당시의 기준시가(소득세법시행령 제164조제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가를 말한다) / 취득당시의 기준시가」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료 등에 의하면, 처분청은 청구법인의 특별부가세 경정 청구 건에 대하여, 쟁점부동산 중 토지는 1976.3.12～1978.12.17 매매에 의하여 91,159,679원에 취득하고, 건물은 1980.1.15 신축한 것으로서 건축비 90,211,860원에 취득되었음이 청구법인의 장부에 의하여 확인되므로 쟁점부동산의 취득가액이 불분명한 경우에 해당되지 아니하는 바, 전시한법인세법시행령 제124조의 5제2항 제1호의 규정을 적용할 여지가 없다고 보고, 양도가액과 실지취득가액이 확인되고 1985.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 이 건의 경우, 쟁점부동산의 취득가액은 1985.1.1 현재의 기준시가와 실지취득가액에 1984.12.31까지의 도매물가상승율을 곱하여 산정한 가액 중 많은 금액인 1985.1.1 현재의 기준시가로 하여 특별부가세를 과세함은 잘못이 없다하여 1998.6.16 청구법인의 경정청구를 거부 통지하였음을 알 수 있다.

(2) 위 전시한 관계법령을 검토하건대, 특별부가세 과세표준인 양도차익을 산정에 있어 양도가액과 취득가액은 모두 실지거래가액에 의하여 계산함이 원칙이고, 어느 한쪽이 불분명한 경우에는 확인된 어느 한쪽의 가액과 그 가액을 기준으로 한 환산가액에 의하여 계산하되, 양쪽이 다 불분명한 경우에는 양쪽 다 기준시가에 의하여 계산하여야 하는 것으로 해석된다(국심98서2230, 1999.3.13 같은뜻임)

(3) 살펴보건대,처분청의 법 적용 논리는, 1984.12.31 이전에 취득한 쟁점부동산의 취득가액 불분명 여부는 의제 취득시기인 1985.1.1을 기준으로 판단하여야 함에도 이를 간과하고 실제취득일을 기준으로 판단한데 기인하는 것으로서, 쟁점부동산의 취득당시의 거래가액은 확인되나 의제취득일인 1985.1.1 현재의 시가는 확인되지 않는 이 건의 경우, 쟁점부동산의 양도가액은 확인되나 취득가액은 불분명한 경우로서 전시한법인세법 제59조의 2제3항에서 규정하고 있는 취득가액이 불분명한 경우에 해당한다 할 것(국심98서2230, 1999.3.13, 대법원89누6426, 1990.12.23 같은뜻임)인 바, 쟁점부동산의 취득가액은법인세법시행령 제124조의 5제2항 제1호의 산식에 의하여 환산한 가액으로 하여야 할 것이다.

다만, 쟁점부동산의 경우 1985.1.1 이전의 취득가액이 청구법인의 장부 등에 의하여 181,371,539원임이 확인되고 이에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없으므로법인세법시행령 제124조의 2제14항의 단서규정이 적용된다 할 것인 바, 쟁점부동산의 경우는 실지취득가액에 1985.1.1 이전의 취득일로부터 1984.12.31일까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이법인세법시행령 제124조의 5제2항 제1호의 산식에 의하여 환산한 가액보다 적은 경우에 해당되는 것이 확인되므로, 쟁점부동산의 취득가액은 동 산식에 의하여 환산한 가액으로 보아야 할 것이다(국심98서2230, 1999.3.13 같은뜻임)그러므로, 청구법인이 처분청에 쟁점부동산에 대한 특별부가세 산출시 쟁점부동산의 취득가액을법인세법시행령 제124조의 5제2항 제1호의 산식에 의하여 재계산하여 달라고 경정청구한데 대하여 이를 이유없다고 거부한 처분청의 통지 처분은 관련 법령의 법리를 잘못 적용한 것이라고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구의 청구주장은 이유 있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.