사실과 다른 세금계산서인지 여부(취소)

잔금을 지급한 때에 매수인의 지위에서 당해 부동산을 사용.수익 할 수 있는 권리가 발생한다고 보아야 할 것이므로 잔금 청산전에 소유권이전등기일을 공급시기로 보아 과세한 처분은 부당함

1. 원처분 개요 청구법인은 1996.10.8 인천광역시 남동구 OO동 OOOOO 공장용지 3,035㎡ 및 지상건물 684.08㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)와 기계장치를 OO목재(주)[후에 OOOO산업(주)로 법인명을 개명, 이하 “매도법인”이라 한다)와 매수계약을 체결하고, 1996.12.26 소유권 이전등기를 한 후 1997.1.20 잔금을 청산하였으며, 위 지상건물에 대하여 1997.1.31 공급가액 313,635,577원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 매도법인으로부터 교부받아 부가가치세 신고시 동 매입세액을 공제받았다. 처분청은 쟁점부동산의 소유권이전등기일(1996.12.26)을 공급시기라고 보고 1997.1.31 교부한 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다르다 하여 당해 매입세액을 불공제한 후, 1998.1.15 청구법인에게 1997년 제1기분 부가가치세 34,499,910원을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.6.21 심사청구를 거쳐 1999.10.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 청구법인이 쟁점부동산을 취득하면서 잔금이 부족하여 금융기관의 대출을 받기 위하여 매도법인의 동의를 얻어 등기이전만 미리 한 것이고, 청구법인이 쟁점부동산에 1996.11.20 선입주한 것은 매수계약 체결후 잔금을 청산할 때까지 매도법인에 쟁점부동산에 대하여 임차료를 지불하면서 일시사용한 것이며, 잔금청산시까지는 매도법인의 대출금에 대한 근저당등기도 해지하지 않는 등 제반 부동산에 대한 사실상의 권리 및 실질 소유권은 계속 매도법인에 있었으므로 이 건 쟁점부동산의 공급시기는 잔금청산일로 보아야 한다.

나. 국세청장 의견 입주확인서에 의하면 청구법인이 쟁점부동산에 1996.10.22 입주한 사실이 확인되며, 기계장치에 대하여는 1996.11.20자로 세금계산서를 교부받았음이 확인되고, 쟁점부동산에 대한 매매계약서를 보면 청구법인이 소유권 이전등기일부터 잔금청산일까지 임대차한다는 약정이 없으며, 매도법인은 임대료에 대한 세금계산서를 제출한 사실이 없음이 처분청에 의하여 확인되고, 쟁점부동산은 매도법인의 명의로 채권최고액 1,786,000,000원의 근저당이 설정된 상태에서 청구법인에게 1996.12.26 소유권이전등기가 되었음이 처분청에 의하여 확인되므로, 쟁점부동산의 공급시기가 잔금청산일(1997.1.20)이라는 청구법인의 주장은 이유없고, 따라서 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로서 동 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 쟁점부동산을 양수하면서 잔금청산전에 소유권이전등기를 받고 잔금청산후 세금계산서를 교부받은 경우에, 동 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제9조 제2호에서 재화의 공급시기를 규정하면서 「재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때」라고 규정하고, 같은 법 제17조 제2항 제1의 2호에서 「교부 받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다」고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제60조 제2항 제2호에서 「법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액은 매출세액에서 공제한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1996.10.8 쟁점부동산 및 기계장치를 매도법인으로부터 매수하는 계약을 체결하고, 1996.12.26 쟁점부동산을 청구법인 앞으로 소유권이전등기한 후 1997.1.20 잔금을 청산하고 1997.1.31 쟁점세금계산서를 교부받았음이 등기부등본, 부동산매매계약서 및 세금계산서 등에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구법인이 1996.11.20 쟁점부동산에 입주하고, 동일자로 기계장치에 대한 세금계산서를 교부받았으며, 쟁점부동산이 1996.12.26 청구법인 앞으로 소유권이전등기된 사실 등을 들어, 1997.1.31 교부받은 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서라 하여 이 건 과세를 하였으므로 그 당부에 대하여 살펴본다.

(3) 청구법인은 쟁점부동산을 취득하면서 잔금대출을 받기 위하여 잔금청산전에 소유권이전등기를 하였다는 주장인 바, 쟁점부동산의 매매계약서(1차 매매계약서, 1996.10.8)에 의하면, “매도법인은 청구법인이 대금완납전이라도 잔액을 충당할 수 있는 예금, 적금 또는 금융기관의 지급보증서를 담보로 제공할 경우 소유권이전등기에 필요한 서류를 교부할 수 있다”고 잔금청산전 소유권이전등기가 가능하도록 약정하고 있고, 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 청구법인이 잔금청산 직전인 1997.1.17 쟁점부동산에 채권최고액 930,000,000원의 근저당을 설정하여 OO은행으로부터 대출받은 사실이 확인되는 점으로 보아, 잔금대출을 받기 위해 잔금청산전에 소유권이전등기를 하였다는 청구법인의 주장이 신빙성 있는 것으로 판단된다.

(4) 처분청은 청구법인이 1996.11.20 쟁점부동산에 입주하고, 동일자로 기계장치에 대한 세금계산서를 교부받은 사실 등을 들어 청구법인이 1996.11.20자로 쟁점부동산을 공급받아 사용한 것으로 보고 있으나, 청구법인은 1997.1.31 매도법인으로부터 쟁점부동산의 임대료(공급대가 12,000,000원)에 대한 세금계산서를 교부받았으며, 매도법인은 1997년 제1기 부가가치세 예정신고시(1997.4.25) 위 임대료 공급가액을 신고하였음이 세금계산서, 부가가치세 신고서에 의하여 확인되고, 공장매매정리에 대한 합의서(1997.2월)에 의하면, 청구법인의 선입주사용료(1996.11.20～1997.1.20)를 12,000,000원에 합의하여 정산(선입주사용료 외에 전기요금, TV수신료 등에 관하여도 정산하고 있음)하고 있는 사실 등으로 볼 때, 청구법인이 1996.11.20 쟁점부동산에 입주한 것은 임차에 의한 것으로 봄이 타당한 것으로 판단된다.

(5) 또한, 쟁점부동산의 매매계약서(2차 매매계약서, 1996.11.27)에 의하면, “잔액은 소유권이전 및 쟁점부동산에 설정된 모든 근저당권의 해지서류를 받음과 동시에 지급한다”고 약정하고 있고, 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 쟁점부동산상에 설정된 매도법인의 근저당이 잔금청산일인 1997.1.20 모두 해지된 사실 등을 종합해 볼 때, 이 건처럼 비록 매수인측 사정으로 등기이전이 잔금지급일보다 먼저 이루어졌고, 청구법인이 먼저 임차하여 쟁점부동산을 사용하고 있었다 하더라도 실제 잔금을 지급하는 때에 비로소 매수인의 지위에서 당해부동산을 사용수익할 수 있는 권리가 발생한다고 보아야 할 것이므로, 잔금 지급후에 작성교부된 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 볼 것은 아니라고 판단된다(대법원91누6610, 1991.10.8 같은 뜻). 따라서 처분청이 소유권이전등기일을 쟁점부동산의 공급시기로 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 동 매입세액을 불공제하고 과세한 이 건 처분은 사실관계를 오인한 잘못이 있는 것으로 판단된다.

라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.