신고기한 경과 후 한 법인세 환급세액 신고를 기한 후 신고로 볼 수 있는지 여부(취소)

기한 후 신고 규정이 ‘법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자’로 되어있어 환급세액이 발생한 신고도 기한 후 신고에 해당되므로 환급청구를 거부한 처분은 잘못된 것임

1. 처분개요

청구법인은 2007. 6.15. 2006년 원천징수대상 이자소득247,346천윈에 대하여 발생된 기납부 원천징수세액 34,622천원(이하 쟁점이자소득세 라 한다)의 환급을 청구하는 기한 후 신고를 하였다.처분청은 청구법인이 세법에 의하여 납부할 세액이 없고, 이자소득에 의한 납부세액은 원천징수방법으로 이미 분리과세되어 납세의무가 종결되었다 할 것이므로, 기한 후 신고로 볼 수 없다고 하여 2007. 7. 5. 환급거부처분을 하였다.청구법인은 이에 불복하여 2007. 8.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2006사업연도 법인세 신고시 세무대리인을 통하여 법인세 환급신청액을 34,622천원으로 하여 법인세 신고서를 작성하여, 2007. 3.30. 성북세무서 민원실에 비치된 신고함에 넣고, 이에 대한 접수증을 수령하지는 않았다.청구법인은 환급통지가 없어 처분청에 법인세 신고서 접수 여부를 확인한 바, 접수되지 않았음을 인지하였다.청구법인은 1997년 ～2005년 귀속분까지 이자소득에 대한 법인세 신고를 하여 환급을 받아왔으며, 원천납부로 완결하는 방법을 선택하지 않고 세무대리인에게 신고위임을 한 것으로 보더라도 법인세 신고를 하여 환급받는 방법을 선택할 의도였다.법인세법 제62조의 규정은 납세자의 선택사항으로 이는 납세자의 편의를 위한 입법취지이지 규제를 위한 법조문은 아니며, 같은 법 제62조 제2항에서의 시행령 위임규정인법인세법 제99조제2항 규정도 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다는것일 뿐, 청구법인의 이 건 법인세 신고(2007. 6.15)는국세기본법 제45조의 3(기한후 신고)에 해당한다 할 것이므로 처분청의 환급불가 결정은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 관할세무서가 아닌 곳에 신고기한내 접수하였다고 하나, 접수사실이 확인되지 않았으며 납세자 또한 접수증 등에의하여 입증하지 못하므로 적법한 신고기한내 신고하였다고 볼 수 없다.법인세법 제62조제1항에서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득에 대하여는 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있으며,법인세법 시행령 제99조제2항에서는 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 명문으로 규정하고 있으며, 법인세 기한 후 신고에 대한 검토결과 통지서의 내용과 같이 청구법인은 납부할 세액이 없고,이자소득에 대한 납부세액은 원천징수방법으로 이미 분리과세되어 그 납세의무가 종결되었다고 할 것이므로, 청구법인의 2007. 6.15. 법인세 신고는 관련법령에 따른 ‘기한후 신고’에 해당한다고 볼 수 없으므로 환급불가 결정은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이자소득만 발생되는 비영리법인이 법인세 신고기한 경과 후, 원천납부세액의 공제로 발생되는 법인세 환급세액을 신고하였을 경우,국세기본법 제45조의 3에서 규정하는 기한 후 신고로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1)법인세법 제3조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각호의소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것2.소득세법 제16조제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익3.소득세법 제17조제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것(2)법인세법 제62조【비영리 내국법인의 과세표준신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(「소득세법」 제16조제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3)법인세법시행령 제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

(3)국세기본법 제45조의 2【경정등의 청구】 ①과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때(4)국세기본법 제45조의 3【기한 후 신고】

① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 의한 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한 후 과세표준신고서를 제출할 수 있다.

② 제1항의 규정에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는기한 후 과세표준신고서의 제출과 동시에 해당 세액을 납부하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 경우(납부할세액이 있는 경우에는 해당 세액을 납부한 경우에 한한다) 관할세무서장은 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다.

④ 기한후 과세표준신고서의 기재사항 및 신고절차 등에 관하여 필요한사항은 대통령령으로 정한다.

(5)국세기본법 제3조【세법등과의 관계】

① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법이 이 법 제2장 제1절, 제3장 제2절ㆍ제3절 및 제5절, 제4장 제2절(조세특례제한법 제104조의 7제4항에 의한 제2차납세의무에 한한다), 제5장 제1절ㆍ제2절 제45조의 2，제6장 제51조와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)법인세법 제62조제1항에서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득에 대하여는 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있으며,같은법시행령 제99조제2항에서는 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여 수정신고 또는 경정등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 명문으로 규정하고 있으므로 청구법인의 신고가국세기본법 제45조의 3에서 규정하는 기한 후 신고에 해당하는지에 대하여 살펴본다.(가) 청구법인은 법인세법상 수익사업으로 원천징수된 이자소득만 발생된 비영리법인으로 법인세 신고기한내 법인세를 신고한 사실을 증거자료에 의하여 입증하지 못하고, 법인세 신고기간을 경과하여 동 이자소득에 대한 법인세를 신고하면서 원천징수된 세액34,622천원을 환급세액으로 계산한 법인세과세표준 및 세액신고서를 2007. 6.15. 처분청에 제출한 사실이 확인된다.(나) 청구법인은 2006사업연도 중에 247,346천원의 이자소득이 발생하여 34,622천원의 쟁점이자소득세가 원천징수되었음이 원천징수영수증에 의하여 확인된다.(다)국세기본법 제45조의3기한 후 신고 규정을법정신고기한내 과세표준신고서를 제출하지 않은 자로서납부할 세액이 있는 자 로 한정하였다가2007. 1. 1. 이후 최초로 법정신고기한이 도래하는 분부터 환급받을 세액이 있는 자도 법정신고기간내 미신고에 따른 신고불성실가산세는 납부하면서 기한 후 신고 제도를 이용하여 과다납부된 세액을 환급받을 수 있도록 하기 위하여법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자 로 규정하여 환급받을 세액이 있는 자를 포함하여2006.12.30. 개정한 사실이 확인된다.

(2) 위의 사실과 관계법령을 종합해 볼 때, 청구법인의 2006사업연도 법인세를 기한 후 신고한 사실에 대하여 다툼이 없는 이 건의 경우국세기본법 제45조의3기한 후 신고 규정을법정신고기한내 과세표준신고서를 제출하지 않은 자로서납부할 세액이 있는 자 로 한정하였다가환급받을 세액이 있는 자도 법정신고기간내 미신고에 따른 신고불성실가산세는 납부하면서 기한 후 신고 제도를 이용하여 과다납부된 세액을 환급받을 수 있도록 하기 위하여법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자 로 규정하여 환급받을 세액이 있는 자를 포함하여 관련법령을개정한 사실이 확인되므로 청구법인의 2007. 6.15자 법인세 신고는 관련법령에 따른 기한 후 신고에 해당된다고 볼 수 있다.따라서처분청이 2007. 7.10 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세34,622,000원의 환급청구를 거부한 처분에 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장은 이유가 있으므로국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.