쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

청구인이 AA바이오와 공급계약을 체결하였고, 매입한 쟁점시약을 AA바이오의 냉장시설에 위탁보관한 사실이 거래명세서, 보관증 등에 의하여 나타나는 점, 향후 매출 등을 예상하고 쟁점시약을 매입하였다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 청구인이 2016년 제2기에 교부받은 쟁점세금계산서는 당해 과세기간에 AA바이오로부터 물품을 실제로 매입하고 교부받은 정상적인 세금계산서로 보임

1. 처분개요

가. 청구인은 2013.2.25.부터OOO, 이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 의료기기 도소매업,오퍼시약 도소매업을 영위하는 사업자로, 2016년 제2기 부가가치세과세기간 중 주식회사 OOO라 한다)로부터 공급가액OOO의 유전성 난청 진단시약 400박스(제품명OOO 이하 “쟁점시약”이라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 매입하고 세금계산서 2매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세 환급을 신청하였다.

나. 처분청은 2017.3.2.～2017.3.10. 기간 동안 쟁점사업장에 대한 부가가치세 환급 현장확인을 실시하여 물품의 이동 및 대금결제가 확인되지 않고, 쟁점시약은 아직까지 허가를 얻지 못해 유통할 수 없는 등정상적인 매입거래가 아닌 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2017.4.26. 청구인에게 2016년 제2기 부가가치세OOO을 경정 ·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.7.12. 이의신청을 거쳐 2017.12.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 유전성 난청 돌연변이 검사 등에 필요한 쟁점시약이기존 진단시약에 비해 품질 및 가격 등에서 경쟁력이 있고,향후 OOO에서 보험급여가 확정될 경우 매출이 많이 발생할 것으로 예상하고 쟁점시약을 매입하였다.

(2) 청구인은 2016.11.1. OOO와 대리점 계약을 체결하고, 2016.11.30. 및 2016.12.27. 쟁점시약 각 200박스를 총 OOO원에 매입하였으나, OOO의 의료급여수가 결정이 지연됨에 따라 매출이 발생하지 않아 물품대금을 지급하지 못하였으며, 그 후2017.3.10.～2017.11.30. 기간 동안 4회에 걸쳐OOO에 납품한 다른 상품대금(OOO만원)과 상계처리하였으며, 잔액 OOO만원은 외상매입금으로 남아 있다.

(3) 청구인은 쟁점거래 당시에는 냉장시설이 없어OOO에 위탁보관할 수 밖에 없었는바, 일시적으로 그 보관 장소가 OOO는 청구인의 소유물인 쟁점시약을 보관해 줄 의무만 있으며, 그 물품의 지배 및 처분권은 청구인에게 있는 것이므로 실질적인 인도에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점시약은 유전성 난청 진단 Kit로 2016.1.6. 유전질환 검사시약이라는 명칭으로 OOO로부터 제조 허가를 받았으나, OOO의 요양급여 대상 및 보험수가 결정 여부 등이 확정되지 않아 아직까지 병원이나 시중에 판매하지 못하고 있다.

(2) 처분청은 2017.3.10. 현장확인시 쟁점거래와 관련하여 쟁점시약실물과 매입대금 관련 증빙을 요청하였고, 이에 대해 청구인은 쟁점시약을 OOO가 쟁점시약 400박스를 보관하고 있다는 보관증과 거래명세서 각 2매를 제출하면서 OOO에 물품대금과 관련하여 지급한 금원은 없다고 진술한바, OOO가 보관하고 있는 쟁점시약은 아직까지 OOO의 요양급여 대상 및 보험수가 결정 여부 등이 확정되지 않아 유통할 수 있는 상태가 아니고, 청구인에게 재화의 이동이 없었던 점, OOO가 제조한 완제품이 청구인을 위해 제조한 것이라는 구체적인 식별 번호가 없는 점, 또한 쟁점시약을 다른 매출처와 명확하게 구분하여 보관하고 있는 것도 아닌 점 등에서 정상적인 재화의 이동에 따른 매입세금계산서의 수수로 보기 어렵다.

(3) 청구인은 현장확인일인 2017.3.10.OOO2원을 물품대금 명목으로 송금하였다고 주장한 바, 위 송금액이 쟁점거래와 관련하여 대금을 지급하였다거나 일반적인 상거래 관행상 정당한 거래와 관련된 대금지급으로 보기 어렵다.

(4)「부가가치세법」제6조제1항은 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다고 규정하고 있는바, 청구인은 처분청의 현장확인일까지도 재화의 인도나 거래 관련 대금지급 등이 없이 오직 거래명세서, 쟁점세금계산서 만으로 정상적인 매입을 주장하는 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의당부

나. 관련 법령

(1)부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것)제9조[재화의 공급]

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.제15조[재화의 공급시기]

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우 : 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 : 재화가 이용가능하게 되는 때②제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다.제38조[공제하는 매입세액]

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

(2) 부가가치세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27838호로 개정되기 전의 것)제18조[재화 공급의 범위]

① 법 제9조 제1항에따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 현금판매, 외상판매, 할부판매, 장기할부판매, 조건부 및 기한부 판매, 위탁판매와 그 밖의 매매계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것제28조[구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기]

① 법 제15조제1항 후단에 따른 구체적인 거래 형태별 재화의 공급시기는 다음 표에 따른다.

구분

공급시기

1. 현금판매, 외상판매 또는 할부판매의 경우

재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때

2. 상품권 등을 현금 또는 외상으로 판매하고 그 후 그 상품권 등이 현물과 교환되는 경우

재화가 실제로 인도되는 때

3. 재화의 공급으로 보는 가공의 경우

가공된 재화를 인도하는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2017년 3월 청구인에 대한 현장확인 결과, 쟁점세금계산서와 관련하여 재화의 이동 및 대금결제가 이루어지지 않았고,쟁점시약은 허가를 얻지 못해 유통할 수 없는 등 정상적인 매입거래가아닌 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세하였다.

(2) 청구인은2016년 제2기에 쟁점시약을 매입하였으나, 냉장시설을갖추지 못한 사정으로 제조회사에 위탁보관하였을 뿐쟁점거래가 정상거래임을 주장하며, 대리점 계약서, 쟁점시약 인수 및 대금지급 내역 등을 제출하였다. (가)2016.1.6. OOO의 쟁점시약에 대한 의료기기제조 허가증에 의하면, 모델명은OOO이고, 제조업자는OOO로 기재되어 있다. (나) 대리점 계약서 및 거래명세서에 의하면, 청구인은 2014.12.18. OOO와 독점판매 대리점계약을 체결한 후, 2016.11.1. 위 계약을 OOO 판매 대리점 계약으로 변경하면서OOO(매입일로부터 30일내 대금 지급 조건)에 공급받기로 계약하였고,보관증 등에 의하면, OOO에서 생산된 쟁점시약이 2016.11.30.및2016.12.27.OOO의 창고에 각 입고된 것으로 나타난다. (다) OOO 2018.3.12. 외)에의하면, 2016.12.20. OOO의 요양급여대상·비급여대상 여부 확인이의신청에 대하여, OOO에 2017.2.9. 유전성난청 돌연변이 검사는 요양급여 대상으로 5종 유전자를 동시에 실시하는 다중검사의 보험수가 검토가 필요하여 추후 회신 예정임을통보하였고, 2017.9.22. 보험수가 검토를 위한 보완자료를 요구하였으며,2018.3.12. 위 보험수가 신설 결정이 지연되고 있으나,비급여로쟁점시약의판매가 가능한 것으로통보하였다. (라)쟁점시약은 기존 5가지(OOO의 유전질환 검사 진단시약을 한가지로 할 수 있게 만든신약으로,청구인이 발송한 문서(2017년 5월, 2017년 6월)에 의하면,OOO 병원 등 117곳의 병의원에쟁점시약 판매 시행 통보 및OOO병원 등에 쟁점시약에 대한 평가를 의뢰한 것으로 나타난다.

(마) 청구인은OOO)을 지급한 바, 국세통합전산망 자료에 의하면, 청구인은 2017.5.31.부터2017.12.27.까지OOO원)하면서 전자세금계산서를 발행하였고, 계좌거래내역서에 의하면, 청구인이 2017.3.10.～2017.11.30. 기간 동안 총 4회에 걸쳐 OOO에 계좌 송금한 것으로 나타난다. (바) 청구인은 2017.3.14. 1,056리터 규격의 업소용 냉장고를 매입하고,OOO에 위탁보관한 쟁점시약을 2017.5.16. 인수한 것으로 나타난다.

(3) 국세통합전산망 자료에 의하면, 청구인의 부가가치세 신고내역은아래 <표2>와 같고, 거래상대방인 OOO는 2016년 제2기 부가가치세 신고시에 쟁점세금계산서 관련 매출 등을 신고·납부한 것으로나타난다.

(4) 청구인은 조세심판관회의(2018.5.10.)에 출석하여 “청구인은 영업및 종합병원에평가 의뢰 등 시장조사를 위해서 쟁점시약을 매입(매입일로부터 30일내 대금 지급 조건)하였으나, 보험급여수가 결정이 지연됨에 따라 매출이 발생하지 않아물품대금을 지급하지 못했고,그 후 2017.3.10.～2017.11.30. 기간 동안결제대금으로OOO만원을 지급하였고, 일부는OOO로부터받을 물품대금과 상계처리하였으며,쟁점시약 매입 당시 냉장시설을 구비하고있지 않아제조사인 OOO에 위탁 보관할 수 밖에없었고, 2017년 3월 냉장고를 구입하고, 사무실을 이전하면서쟁점시약을 인수하여 현재는 쟁점사업장에 보관하고 있다”고 진술하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 물품의 이동 및 대금결제 내역이 확인되지 않는다 하여 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하였으나, 청구인이 2016.11.1. OOO 공급계약을 체결하였고, 2016.11.30., 2016.12.27. 매입한 쟁점시약을 OOO의 냉장시설에 위탁보관한 사실이 거래명세서, 보관증 등에 의하여 나타나는 점, 2016년 제2기에 시장조사 및 향후 매출 등을 예상하고 쟁점시약을 매입하였다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 청구인은 물품대금으로 2017.3.10.～2017.11.30. 기간 동안 4회에 걸쳐OOO만원)을 상계처리한 사실이 계좌거래내역서 등에 나타나는 점 등에 비추어 청구인이 2016년 제2기에 교부받은 쟁점세금계산서는 당해 과세기간에 OOO로부터 물품을 실제로 매입하고 교부받은 정상적인 세금계산서로 보인다 하겠다.

따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.