쟁점부동산이 비영리법인의 3년 이상 고유목적사업에 사용된 고정자산에 해당하는지 여부

처분청이 제시한 자료에 의하면 청구법인의 소재지(경기도 안성시) 인근에 별도의 쟁점외 선산을 보유하고 있으면서 종중 묘소 및 제실 등을 설치한 것으로 나타나고 있는 반면, 쟁점부동산의 경우 전산으로 확인가능한 1950년부터 현재까지 청구법인의 종중원이 매장된 사례가 없는 점, 쟁점부동산에는 선조의 분묘 3기 외에도 무연고분묘 16기가 존재하는 것으로 나타나고, 해당 부동산의 전체 면적 등에 비추어 볼 때 이장하지 아니한 선조의 분묘 3기가 소재하고 있다는 등의 사유만으로 고유목적사업에 사용된 것으로 인정하기 어려워 보이는 점 등에 비추어, 처분청에서 쟁점부동산을 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 인정하기 어렵다고 판단하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.1.31. ＜별지＞ 목록 기재 각 부동산(OOO 임야 82,382㎡ 외 토지 17필지 및 그 지상 2층 미등기건물, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 합계 OOO원에 양도하고 2017.3.31. 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 청구법인은 2017.10.23. 법인으로 보는 단체로 승인받은 후 2018.3.26. 2017사업연도 법인세를 신고하면서 비영리법인(청구법인)이 쟁점부동산을 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였으므로 쟁점부동산 처분으로 인한 수입을「법인세법」제3조제3항 제5호에 따라 법인세 과세대상에서 제외하고, 당초 신고납부한 양도소득세를 법인세 기납부세액으로 하여 법인세 OOO원을 환급신고하고,2018.3.27. 청구법인은 법인으로 보는 단체로서 쟁점부동산 처분손익에 대하여 「법인세법」이 적용되나 양도소득세로 잘못 신고ㆍ납부하였으므로 기납부한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점부동산의 경우 ‘방치해 왔던 임야’에 해당하는 것으로 보아 경정청구를 거부하는 취지로 청구법인에게 결과통지를 하지 아니하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.18. 심판청구를 제기하였으나, 우리 원에서는 쟁점부동산을 청구법인의 고유목적사업에 사용된 것으로 인정하기 어렵다고 판단하여 기각결정(2018중3312, 2018.12.7.)하였다.

라. 이후 청구법인은 2019.3.8. OOO지방법원에 양도소득세 경정청구 거부처분 취소소송(2019구단6776)을 제기하였고 2020.9.10. OOO지방법원에 부당이득반환소송(2020가합580649)을 제기하였으며, 처분청은 청구법인이 당초 신고납부한 양도소득세를 환급하라는 취지의 소송결과에 따라 2021.8.3. 청구법인에게 2017년 귀속 양도소득세를 환급결정하면서 2017사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 전주이씨 10세손인 OOO의 후세손이 모인 종중으로 청구법인의 종중 규약에 의하면 그 존립 목적은 선조의 제사 봉행, 선조 묘소의 수호, 종재 보존 및 관리 등이고, 청구법인은 종중이 형성되기 시작할 무렵인 수백 년 전부터 쟁점부동산을 소유하고 있었다.쟁점부동산에는 청구법인의 선조인 OOO의 분묘가 모셔져 있었고, 그 외에 성명 불상인 선조 묘지 2기 및 방계일 것으로 추정되는 무연고 묘지 16기가 설치되어 있었으며, 청구법인은 분묘 및 종재 관리를 위한 관리인을 두고 쟁점부동산 중 건물부분을 제실 및 회의공간으로 사용하면서 선조 분묘 3기 등을 수호ㆍ관리하였다.

(2) 이와 같이 청구법인은 수백 년 동안 선조의 분묘를 수호하기 위해 쟁점부동산을 소유ㆍ관리하였고 쟁점부동산에서 청구법인 종중의 시제를 지내왔으며, 분묘관리 등을 위해 별도의 관리인까지 둔 사실이 있는바, 쟁점부동산은 청구법인 종중의 선조의 분묘가 안치되고 봉제사를 지낸 선산에 해당한다 할 것이고,선산으로 사용된 쟁점부동산은 비영리법인인 청구법인의 고유목적사업에 사용된 부동산에 해당한다 할 것이므로 쟁점부동산은「법인세법」제3조제3항 제5호, 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 청구법인의 과세대상 소득에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 OOO에 소재한 쟁점부동산 외에 OOO에 별도의 선산(임야 17,600㎡, 이하 “쟁점외 선산”이라 한다)을 소유하고 있고, 처분청이 OOO시청에 확인한 내용에 의하면 쟁점부동산에는 1950년 이후 청구법인의 종중원이 매장된 사실이 없는 것으로 나타나며, 쟁점부동산에서 선조의 분묘를 쟁점외 선산으로 이전하지 못하는 법적 장애요인이 없음에도 불구하고 객관적인 증빙 없이 선친 분묘 3기가 존재한다는 사실만으로 쟁점부동산을 청구법인의 고유목적사업에 사용한 것으로 인정하기는 어렵다.

(2) 쟁점부동산에 무연고 분묘 16기가 존재하므로 쟁점부동산은 선조의 제사 봉행, 선조 묘소의 수호 등 고유목적사업에 사용한 것이 아니라 방치된 임야로 보는 것이 타당하고, 제실 등으로 사용하였다고 주장하는 건물부분 또한 객관적인 증빙이 없어 고유목적사업에 사용되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산이 비영리법인의 3년 이상 고유목적사업에 사용된 고정자산에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법제3조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

(2) 법인세법 시행령제2조【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인은 아래 ＜표＞ 내역과 같이 OOO시에 소재한 쟁점부동산과 OOO시에 소재한 별도의 종중 선산인 쟁점외 선산을 함께 보유하고 있던 중 2017.1.31. 쟁점부동산을 양도하였고, 2017.10.23. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체의 국세에 관한 의무이행자 지정통지를 받은 사실이 확인된다.

(2) 청구법인이 제출한 종중 규약(제4조)에 의하면 청구법인의 고유목적사업 범위는 아래와 같다.

(3) 청구법인은 쟁점부동산이 동 법인의 고유목적사업(종중 선산 등)에 직접 사용되었다고 주장하면서 쟁점부동산의 항공사진, 현장사진, 시제사진, 부동산매매계약서 및 청구법인의 회의록 등을 제출하였다.

(4) 처분청은 쟁점부동산이 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 임야로 보기 어렵다고 주장하며 쟁점외 선산의 현장사진, OOO시장 및 마장면장의 공문 회신 내용 등을 제출하였다.(가) 처분청의 쟁점부동산 분묘 매장 및 개장내역 확인의뢰 요청에 대한 OOO시장의 공문 회신(사회복지과-23357, 2018.6.12.) 내용에 의하면, 1950년 이후(전산확인 가능기간) 쟁점부동산에 청구법인의 종중원이 매장된 내역은 없는 것으로 확인된다.(나) OOO면장의 분묘개장허가서류 통보(OOO-7883, 2018.6.21.) 내용에 의하면, 2017.1.18. 쟁점부동산에 소재하고 있는 무연고 분묘 16기에 대하여 개장을 허가한 사실이 있음이 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청이 제시한 자료에 의하면 청구법인의 소재지(OOO시) 인근에 별도의 쟁점외 선산을 보유하고 있으면서 종중 묘소 및 제실 등을 설치한 것으로 나타나고 있는 반면, 쟁점부동산의 경우 전산으로 확인가능한 1950년부터 현재까지 청구법인의 종중원이 매장된 사례가 없는 점, 쟁점부동산에는 선조의 분묘 3기 외에도 무연고 분묘 16기가 존재하는 것으로 나타나고, 해당 부동산의 전체 면적 등에 비추어 볼 때 이장하지 아니한 선조의 분묘 3기가 소재하고 있다는 등의 사유만으로 고유목적사업에 사용된 것으로 인정하기 어려워 보이는 점 등에 비추어, 처분청에서 쟁점부동산을 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 인정하기 어렵다고 판단하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.