비영리법인(학교법인)의 기본재산인 임야의 처분으로 인한 수입이 구법인세법 제1조 제1항 제6호에서 규정한 수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입에 해당되는지 여부(취소)

법인세법상 수익사업에 직접 공한 고정자산이 아니므로 쟁점임야의 양도로 인하여 양도차익이 발생하였다고 하더라도 이는 구법인세법 제1조 제1항 제6호에 해당되지 않아 이에 법인세를 부과할 수 없다고 판단됨

1. 원처분 개요 청구법인( 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 66.2.21 에 설립된 학교법인 OO학원)은 경기도 미금시 OO동 O OOOO 외 1필지, 임야 163,339㎡(이하 “쟁점임야”라 한다)를 70.10.7 취득하여 청구법인의 기본재산으로 소유하여 오다가 90.8.20 자 469,760,000원에 양도하고 양도차익 439,575,421원을 청구법인 회계처리상 청구법인 부설 “OO국민학교”에 대한 기부금으로 처리하여 손금산입한 후 90사업년도(90.2.28～91.2.28)법인세 과세표준신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 위 양도차익 439,575,421원을 청구법인 부설 “OO국민학교”에 기부한 사실이 없다고 보아 손금불산입하여 92.1.7 자로 청구법인에게 90사업년도분 법인세 187,757,300원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.3.3 심사청구를 거쳐 92.6.15 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 쟁점임야가 교육청회계처리규정상 수익용자산으로 분류되어 있을 뿐 구법인세법 제1조 제1항 제6호(90.12.31 개정 이전의 것) 및 같은법시행령 제2조 에서 규정하고 있는 수익사업에 사용되지 아니한 고정자산임에도 처분청은 이를 수익사업에 사용된 자산으로 인정하여 쟁점임야의 처분으로 인한 소득을 비영리법인의 수익사업에서 생긴 소득으로 보아 과세함은 부당하다는 주장이다. 국세청장은 쟁점임야 양도당시 시행된 구법인세법 제1조 제1항 제6호에서 수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입은 법인세과세대상이라고 명문화 되어 있는 바, 쟁점임야가 청구법인의 관할관청인 서부교육청에 수익용고정자산으로 등재되어 있으므로 처분청이 쟁점임야의 양도를 수익사업용 고정자산의 처분으로 보아 이건 과세한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비영리법인(학교법인)의 기본재산인 임야의 처분으로 인한 수입이 구법인세법 제1조 제1항 제6호에서 규정한 “수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입”에 해당되는지 여부 나. 관계법령

① 법인세법 제1조 제1항에서 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만 내국법인으로서 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 법인에 대하여는 그 법인의 정관규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하면서 그 제6호에서 수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입(90.12.31 개정이전의 것)을 규정하고 있고,

② 수익사업의 범위에 대하여는 같은항 제1호(90.12.31 개정이전의것)에서 축산업, 임업 및 수산업, 광업 및 채석업, 제조업, 전기·가스 및 수도사업, 건설업, 도매업·소매업 및 음식·숙박업, 운수·보관 및 통신업, 금융·보관업, 부동산업 및 용역업과 서어비스업으로 대통령령이 정하는 것을 수익사업으로 규정하고 있고 그 제2호에서는 의료업 그 제7호에서는 제1호 내지 제6호외에 대가를 얻는 계속적행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것을 수익사업으로 규정하고 있으며, 또한 같은법시행령 제2조 (수익사업의 범위) 제1항에서 법 제1조 제1항 제1호에 규정하는 사업의 범위는 소득세법시행령 제29조 내지 제37조의 규정에 의한 사업과 부동산임대업으로 한다고 규정하고 있고, 그 제3항에서는 법 제1조 제1항 제7호에서 대가를 얻는 계속적행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것을 열거규정하고 있다.

③ 한편 사립학교법 제5조 제2항에서 제1항에 규정한 사립학교에 필요한 시설·설비와 재산에 관한 기준은 대통령령으로 정한다라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제4조 제2항에서는 제1항 제3호의 재산목록은 기본재산과 보통재산으로 구분하여 작성하되 기본재산은 교육용기본재산과 수익용기본재산으로 구분하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제5조 제1항에서는 학교법인의 재산중 부동산은 기본재산으로 한다고 규정하고 있다.

다. 비영리법인(학교법인)의 기본재산인 쟁점임야의 처분으로 인한 수입이 구법인세법 제1조 제1항 제6호에서 규정하고 있는 수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입에 해당되는지 여부 구법인세법 제1조 제1항 제6호(90.12.31 개정이전의 것)에서 규정하고 있는 「수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입」이란 앞에서 본 법인세법 제1조 제1항 및 같은법시행령 제2조 에서 규정하고 있는 수익사업에 공한 고정자산을 양도할 때 생긴 수입만을 한정적으로 규정하고 있는 바, 청구법인이 양도한 쟁점임야는 앞에서 본 사립학교법시행령 제4조 제2항의 규정에 따라 교육용기본재산으로 사용되지 아니하여 수익용기본재산으로 분류되어 있을 뿐 법인세법상 수익사업에 직접 공한 고정자산이 아니므로 쟁점임야의 양도로 인하여 양도차익이 발생하였다고 하더라도 이는 구법인세법 제1조 제1항 제6호에 해당되지 않아 이에 법인세를 부과할 수 없다고 판단된다. (재무부예규 법인22631-74, 92.4.2 동지) 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.