종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 처분이 정당한지 여부(기각)

과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 재산세 상당액을 차감하는 것으로 보아 종합부동산세를 과세한 처분은 적법함

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009.11.19. 청구법인이 소유하고 있는 경기도 OOO OOO OOO OOOOOOOO 외 주택 및 토지(이하 “쟁점1토지 등”이라 한다)가 2009년 종합부동산세의 과세대상 주택 및 토지에 해당된다고 보아 2009.11.19. 2009년 종합부동산세 신고·납부하였으나, 처분청(OOOOOOO)은 청구법인이 쟁점1토지 등에 대하여 2009년 귀속 종합부동산세를 무신고한 것으로 보아 종합부동산세액을 7,018,893,253원으로 하고 해당 년도 공제할 재산세액 2,519,048,678원(주택분 12,369,590원, 종합합산토지분 108,808,737원, 별도합산토지분 2,397,870,349원)을 공제하여 2009.11.23. 청구법인에게 2009년 귀속 종합부동산세 4,499,844,570원과 농어촌특별세 211,590,660원을 결정·고지한 후 청구법인의 위 자진신고사실을 확인하고 2009.12.18. 위 결정처분을 취소하였다.

나. 처분청(OOOOOO)은 서울특별시 OOO OOO O OOOOOO 외 주택 및 토지(이하 “쟁점2토지”라 한다, “쟁점1토지 등”과 “쟁점2토지 등”을 합하여 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 2009년 귀속 종합부동산세의 과세대상 주택 및 토지에 해당된다고 보아 해당 년도 공제할 재산세액 616,435,042원(주택분 526,520원, 종합합산토지분 50,331,757원, 별도합산토지분 565,576,765원)을 공제하여 2009.11.23. (주)OOO에게 2009년 귀속 종합부동산세 1,020,365,020원 및 농어촌특별세 204,073,000원을 결정·고지하였으며, (주)OOO은 2009.12.31. 청구법인인 OOOOOO 주식회사에 흡수합병되었다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「종합부동산세법」제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항의 제정취지 및 개정연혁 등에서 보듯이 기납부 재산세액 합계액 중에서 과세기준을 초과하여 납부한 재산세 비율만큼은 공제하여야 하지만, 본 부과고지서는 공정시장가액 비율을 한번 더 곱함으로써 과세기준 초과금액 중에서 공정시장가액 비율만큼을 축소하여 ‘공제되는 재산세’를 계산함으로 최종적으로 종합부동산세액을 증가시키고 동일 부동산에 대한 이중과세에 해당하므로 초과납부된 2009년 귀속 종합부동산세 1,313,057,910원 및 농어촌특별세 262,611,610원 합계 1,575,669,520원은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「종합부동산세법」제9조 제4항 및 제14조 제7항은 종합부동산세 과세시 재산세액의 공제 등에 대하여 시행령에 위임하였고, 같은 법 시행령 제4조의2 및 제5조의3은 2009.2.4. 아래와 같이 개정되었다.OOOO「OOOOOOO OOO」 OOOOO O OOOOOO OOOOOOOO(O) OOOO OOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOO OO OOOO OOOOO OOOOO OOOO OO OOOOOO OOO OOO OOO OOOO OO OO OOOO OO O OO OO OOOO OO OOOO OOOOOO OOO OOOOOOOOO OOO OOO OOOO OOOOO OO O OOO O OOOOOO OOOOO OOOO OOOOO OOOOOO OO O OOOOOO OOOOO OOOO OOOOO OOOO(O) OOOO OOO OOOOOOOOOOOOOOOO OOOOO OOO O O OO OOOO OOOOOOO OOO OOOOOOOOOOO OO O OO OOO OOOOOO OO O OOO O OOOOOO OOOOO OOOO OO O OOOOOO OOOOO OOOO OOOO O OO(O) OOOOO OO OOOOOO OO OOOOOOOOOOO OOOOO OOOOO OOOOO(O) OOOOO OOOOOOOOOOO OOOOO OO OOOOO OOOOOOO OOOO OO O OOO OOOOO OO OOOOOOOOOOO OOOOO OOOOOO OOOOOOOO, OOO(OOOOOOO)O OOOOO OOOOO OO OOO OOOOO OOOOOOO OOOO OOO OO OOOOOOOOOOO OOOOOO OOOOO OOOOOO O,OOO,OOO,OOOOO OOOOOO OOO,OOO,OOOOO OOOOOO O OOOOO O OOOOOOO OOOO OOOOOOOOOOO O OOOOO OOOOOO, OOOOO

OOOOOO OOOOOOOOOO O O OOOOO OOOOOO(O)「OOOOO」OOOO OOOOOO OOO OO OOO OO OOO OO O OOO OOOOO OOOO OO, OO O OOO OOOOOOOO O OOOO OOOOO OOOO OO OOO OO OOO OO O OOO OOOO OO OO OOO OOO OOOOO O OOOOOO OOOOOOO OOOO OOO OOOOOOO OOOOO OOO OOOO OO OOO OO, OOOOOO 「OOOOOOO」OOOO OOOO OO OOOOOOO OOOOO OOO OOO OOOO OOOO O OOOO OO OOOO OOO(O) O OOOOO OOO, OOOOOOO OOOOOO OOO OOO OOOOO OOO OOOO OOO OOOOOOO OOOO OOO OOO OOOOOOO OOOOO OOO OOOO OO OOOOO OOO OOOO OOO OOOOO OOOO OOO, OOOOO OOOOOOOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOOOOOO O OOOOOOO OOOOO OOO OOOOO OOO OOO OOOOO O OOO, OOOOO「OOOOO」OOOOOO OOO OOOO OOO OOO OOOO OOOOOO OOOO O OOO OO OO OO OOOO OOOOO OOOO OO, OO OOO OOOO OOOOO OO OO OOO OOOOO OOOOOO OO, OOOOO OOOOOOO OO OOO O OOOO OO OOOOO OOOOO OOO OOO OOO OO OOOO OOOO OOO OO OO OOOO OOOO OOO OO O O OOO(O) OOOO OOOOO「OOOOO」OOOOO OO OOO OO OOOOO OOOO OO OOOO OOOO OOOOO OOO OOO OOO OOO OOOOO OOOO OOO OOOOOOO(OO

OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO)

(2) OO세무서장의 (주)OOO에 대한 과세자료 등에 의하면, 처분청이 종합부동산세를 계산함에 있어 종합부동산세 및 재산세 공정시장가액비율을 적용하여 과세표준 및 세액을 산정하여 이 건 과세한 데 대하여, 청구법인은 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액 비율을 모두 적용하는것은 부당하다고주장하므로 이에 대하여 본다.(가) 「종합부동산세법」 제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항에 의하면, 과세기준금액을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」제187조 제1항에 의하면, 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고,「종합부동산세법 시행령」 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에 의하면, 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세로부과된 세액의 합계액 중 주택 또는 종합·별도합산과세대상 토지를 합산하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액에서 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액이 차지하는 비율에 상당하는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 하도록 규정하고 있으며,「종합부동산세법 시행규칙」별지 제3호 서식 부표

(2) 작성요령7번에 의하면,“과세표준 표준세율 재산세액”을“(감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%(또는 0.5%)”의 금액으로 하도록 규정하고 있다. (나) 살피건대, 「종합부동산세법」상 재산세액의 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 또는 종합·별도합산과세대상인 토지에 부과된 재산세액을 납부할 종합부동산세액에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인 바,「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로「종합부동산세법 시행령」제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 금액을 말한다고 할 것이다.

(다) 따라서, 처분청이「종합부동산세법 시행령」제5조의3에 규정된 재산세 공제액의산출방식에 대하여 “과세대상인 토지분 과세기준을 초과하는 분”에서 “과세대상의 토지분 과세표준”으로 개정된 것을 반영하여과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한재산세 상당액을 차감하는 것으로 보아 종합부동산세를 과세한 처분은 달리잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.