특허권자로 등록된 청구법인의 대표이사로부터 쟁점특허권을 실제로 취득한 것인지 여부 등

청구법인내 기업부설연구소를 설립.운영하면서 청구법인 명의로 계속하여 특허 출원 및 등록을 하던 중 쟁점특허권 외 1건 만을 대표이사 명의로 등록한 점,쟁점특허권 개발에 다양한 실험이 필요하고 상당한 설비 및 비용 등이 소요됨에도 대표이사가 동 특허권 개발과 관련한 지출증빙 등을 제시하지 못하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허권 및 동 특허권의 감가상각비를 가공으로 계상하여 각 사업연도 소득금액을 과소신고하고 법인의 자금을 부당하게 사외로 유출한 것으로 보아 청구법인에게 법인세 등을 과세(소득금액변동통지)한 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 2006.7.5. 설립되어 OOO에서 OOO. OOO 등 건설자재 제조 및 판매업을 영위하는 법인으로, 2015.12.30. 대표이사 OOO로부터 그의 명의로 등록된 특허권(세부내역은 아래 ＜표1＞ 참조, 이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 취득한 후, 대표이사 OOO의 기타소득에 대한 원천세 OOO원을 징수.납부하였고, 2015사업연도 법인세 신고 시 결산서 상 쟁점특허권을 무형고정자산으로 계상하고, 동 특허권에 대한 감가상각비 OOO원을 손금산입하였다.

＜표1＞

쟁점특허권의 출원 및 등록 내역나. OOO(이하 “감사청”이라 한다)은 2017.10.26.～2017. 11.14. 기간 동안 처분청에 대한 종합업무감사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점특허권 및 동 특허권의 감가상각비를 가공으로 계상하여 각 사업연도 소득금액을 과소신고하고 법인의 자금을 부당하게 사외로 유출한 것으로 보아 처분청에 감사결과 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 2018.5.3. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하고, 쟁점금액을 대표이사에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

일반적으로 과세요건 사실에 관한 입증책임이 과세관청에 있음에도, 처분청은 객관적인 증거 없이 청구법인이 동 법인의 대표이사가 아닌 동 법인이 100% 단독 소유한 쟁점특허권을 취득한 것으로 보아 가공 계상하였다고 판단한바, 이는 과도하게 불합리한 추정이면서 근거과세원칙을 위반한 것이고, 오히려 청구법인과 대표이사가 쟁점특허권을 공동 소유한 것으로 추정하는 것이 경험칙 적용의 대상 적격에 부합하므로 쟁점법인과 대표이사 OOO이 쟁점특허권을 공동 소유OOO한 것으로 보아 대표이사 OOO의 소유비율OOO 상당액을 무형고정자산 및 감가상각비로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2009사업연도부터 2015사업연도까지 총 OOO원의 OOO연구개발비를 지출하였고, 특히 법인내 기업부설연구소를 설립한 2011사업연도부터 2015사업연도까지 OOO원을 지출하면서 4건은 청구법인 명의로 등록하고 쟁점특허권 외 1건은 청구법인이 아닌 대표이사 OOO이 사적으로 개발.소유한 것이라고 주장하나, 대표이사 OOO이 쟁점특허권을 개발하기 위해서는 관련 기술의 실현가능성, 효율성 등의 검증 및 시제품 제작 등 다양한 실험이 필요하고 거기에 상당한 설비 및 비용 등이 소요됨에도 이를 객관적으로 입증하는 자료 등을 제시하지 아니하고, 통상적으로 법인의 대표이사는 법인 연구에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 대표이사 본연의 업무를 수행한 것으로 보아야 하며, 달리 대표이사 OOO이 쟁점특허권의 1/2 이상 권리를 소유하였음을 인정할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 아니한바, 쟁점특허권 및 그 감가상각비를 부인하여 법인세 등을 과세(소득금액변동통지)한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 특허권자로 등록된 청구법인의 대표이사로부터 쟁점특허권을 실제로 취득한 것인지 여부

② (예비적 청구) 청구법인과 동 법인의 대표이사가 쟁점특허권을 공동소유OOO한 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법제16조(근거과세)

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

(2) 법인세법제52조(부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제67조(소득 처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령제88조(부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우제106조(소득처분)

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인의 법인세 신고서 및 일반연구 및 인력개발비 명세서를 보면, 2011년부터 2015년까지 OOO원의 OOO연구개발비를 손금처리하고 OOO원의 연구인력개발비세액공제를 하였다(아래 ＜표2＞ 참조).

＜표2＞

사업연도별 OOO연구개발비 및 연구인력개발비세액공제 내역(나) OOO 사이트를 보면, 청구법인은 2011.7.5. 법인내 기업부설연구소를 설립한 것으로 나타난다.(다) 감사청이 처분청에 처분지시한 감사결과 내용을 보면, 대표이사 OOO이 청구법인의 최대주주로 동 법인을 사실상 지배하는 지위에 있고 법인내 기업부설연구소를 설립.운영하고 있으며, 특허권 성격상 개인이 독자적으로 개발하기가 어렵고 고액의 개발비용이 소요됨에도 특허권 발명, 개발, 연구활동 등으로 지출한 비용 관련 증빙 등을 제시하지 아니한 점 등을 볼 때, 청구법인의 연구개발 성과인 쟁점특허권을 형식상 대표이사 OOO의 명의로 출원.등록(특허법인 OOO이 수행)을 한 후, 법인이 이를 취득한 것처럼 하여 법인의 자금을 부당하게 유출하였다고 기재되어 있다.

(2) 청구법인은 쟁점특허권의 취득(2015.12.30.) 배경에 대하여 2014. 7.9. 사업다각화를 위하여 목적사업에 추가한 산업용보일러 제조.판매업, 목재펠릿 수입판매업 등을 영위할 목적이었고, 관련 사업에 대한 시장분석 및 특허권의 기술가치 등을 평가하여 대표이사 OOO과 쟁점금액에 취득하는 계약을 체결하였다고 주장하면서 법인등기사항전부증명서, 법인의 정관, 기술이전계약서(아래 ＜표3＞ 참조) 및 기술평가보고서 등을 제시하였다.

＜표3＞

기술이전계약서의 주요내용

(3) 청구법인이 제시한 특허증서 등 사본(총 20건이고, 세부내역은 아래 ＜표4＞ 참조)을 보면, 대표이사 OOO 개인 명의의 특허권은 총 7건으로, 이 중 3건은 OOO 관련 특허로 동 법인의 설립 이전에 등록되었고, 나머지 4건(쟁점특허권 포함)은 청구법인 설립 이후(법인내 기업부설연구소 설립 이후)에 등록된 것으로 나타난다.

＜표4＞

특허권 등의 출원 및 등록 현황

(4) 청구법인은 대표이사 OOO이 쟁점특허권의 개발업무에 직접 참여하였고 동 법인과 대표이사 OOO이 동 특허권을 공동 소유OOO하였다고 주장할 뿐, 이를 객관적이고 구체적으로 입증하는 자료는 제시하지 아니하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 일반적으로 과세요건 사실에 관한 입증책임이 처분청에 있는 것으로서 처분청이 청구법인이 쟁점특허권을 100% 단독 소유한 것으로 본 것은 객관적인 증빙없이 단순 추정에 의한 것이어서 근거과세의 원칙에 위배된다고 주장하나,청구법인내 기업부설연구소를 설립.운영하면서 청구법인 명의로 계속하여 특허 출원 및 등록을 하던 중 쟁점특허권 외 1건 만을 대표이사 OOO 명의로 등록한 점, 쟁점특허권 개발에 다양한 실험이 필요하고 상당한 설비 및 비용 등이 소요됨에도 대표이사 OOO이 동 특허권 개발과 관련한 지출증빙 등을 제시하지 못하는 점, 대표이사 OOO이 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있는 상황에서 OOO이 쟁점특허권 개발에 참여하였다 하더라도 동 직위는 회사 경영에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허권 및 동 특허권의 감가상각비를 가공으로 계상하여 각 사업연도 소득금액을 과소신고하고 법인의 자금을 부당하게 사외로 유출한 것으로 보아 청구법인에게 법인세 등을 과세(소득금액변동통지)한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.(나) 쟁점①에서 위와 같이 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 한 쟁점②의 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.