시설물 공사와 관련된 부가가치세의 납세지 관할세무서가 청구법인의 본점소재지 관할세무서인지 아니면 별도의 사업자등록을 한 사업장 관할세무서인지 여부(기각)

건설업 법인의 경우 사업장은 법인등기부상 소재지가 되므로 그 사업장 관할세무서장이 경정결정함은 정당함

1. 원처분 개요청구법인은 서울특별시 중구 OOO동 OOOO에 본점을 두고 87.11.13 지하상가 건설 및 운영업을 영위할 목적으로 설립등기를 하였으며, 88.7.13 본점소재지 관할 서대문세무서에 부동산 임대사업자로 등록하고 93.2.20부터 96.4.30 사이에 경기도 OOO시 OOO동 OOOOOO외 10필지에 총 공사비 48,987,977,995원을 투입하여 OOO역 지하차도 및 상가 건설공사(지하1층: 지하차도 및 공공보도와 주차장, 지하2층: 상가, 지하3층: 부대시설등 연면적 24,565.3㎡의 시설물로서 이하 “쟁점시설물”이라 한다)를 시공하여 96.9.3 OOO시에 쟁점시설물을 기부채납하고 20년간 무상으로 지하2층 점포의 임대·분양권(이하 “쟁점상가 이용권”이라 한다)을 취득한 부분에 대하여 96.6.29 세금계산서를 발행하고 매출금액 25,341,481,000원을 과세표준으로 하여 96년도 제1기분 부가가치세(이하 “쟁점부가가치세”라 한다) 확정신고를 하였다.처분청은 청구법인이 쟁점부가가치세 확정신고시 쟁점시설물의 지하차도 및 공공보도와 출입시설에 대한 공사비 18,806,484,753원 상당액을 부가가치세가 면세되는 토지에 관련된 공급으로 보아 신고누락한 사실을 확인하고 쟁점시설물의 총공사비 48,987,977,995원을 과세표준으로 하여 96.12.16 청구인에게 96년도 제1기분 부가가치세를 3,074,044,600원으로 경정고지하였다.청구인은 이에 불복하여, 97.1.31 심사청구를 하여 97.3.31 그 결정서를 받고 97.5.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견가. 청구법인 주장청구법인은 96.4.10 쟁점상가이용권을 관리하기 위하여 쟁점시설물 소재지인 OOO세무서에 별도의 사업자등록을 하였으므로, 그 이후 쟁점시설물의 공사와 관련된 부가가치세 신고는 OOO세무서에 하여야 하나, 96.7.25 부가가치세 확정신고를 하면서 착오로 처분청에 하였으므로, 납세지관할관청이 아닌 처분청에서 쟁점부가가치세를 경정한 처분은 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견청구법인이 96.4.10 쟁점상가이용권을 관리하기 위하여 쟁점시설물 소재지의 OOO세무서에 별도의 사업자등록을 하였으므로, 그 이후 쟁점시설물과 관련된 부가가치세 신고는 OOO세무서에 하여야 하는데, 96.7.25 부가가치세 확정신고를 하면서 착오로 처분청에 하였으므로 관할관청이 아닌 처분청에서 한 쟁점부가가치세 경정처분은 취소되어야 한다는 주장이나,청구법인은 쟁점시설물 공사와 관련하여부가가치세법 시행령 제4조제1항 제3호에서 규정하는 건설업 또는 부동산 매매업을 영위하는 법인으로서 적법한 절차에 의하여 사업자등록을 하고 쟁점시설물의 공사와 관련된 계약 및 매입행위등 일련의 모든업무를 본점소재지 사업장 명의로 수행하였고, 또한 쟁점상가이용권을 관리하기 위하여 별도의 사업자등록을 하고 이와 관련된 부가가치세는 쟁점시설물 소재지인 OOO세무서에 신고한 사실이 관련자료에 의하여 확인되므로 처분청이 청구법인의 96년도 제1기분 부가가치세 확정신고를 적법한 신고로 보고 신고누락분을 과세표준에 합산하여 부가가치세를 경정결정한 처분은 정당하다

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점시설물 공사와 관련된 부가가치세의 납세지 관할세무서가 청구법인의 본점소재지 관할세무서인지 아니면 별도의 사업자등록을 한 사업장 관할세무서인지를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제4조제1항에서 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다고 규정하고 있고,같은법 시행령 제4조제1항 본문에서는 부가가치세의 납세지 관할세무서의 결정기준이 되는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 규정하고 있으며, 같은항 단서 제3호에서는 건설업, 운수업, 부동산매매업의 경우는 사업자가 법인인 경우에는 그 법인의 등기부상 소재지(등기부상의 지점소재지도 포함)를 사업장으로 보도록 규정하고 있다.같은법 시행령 제4조제1항 단서의 각호에서는 구체적으로 사업의 종류에 따라 개별적으로 사업장의 범위를 규정하고 있으며, 또한 같은조 제3항에서는 위의 사업장이외의 장소도 사업자의 신청에 의하여 사업장으로 등록을 할 수 있다고 규정하고 있다.또한부가가치세법 제21조제1항에서 사업장 관할세무서장등은 사업자가 확정신고를 하지 아니하거나 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우등에는 경정처분을 할 수 있도록 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 지하상가 건설 및 운영업과 건축 및 토목업등을 영위할 목적으로 87.11.13 설립등기를 하고 88.7.18 본점 소재지 관할 세무서인 서대문세무서에 사업자등록을 한 사실이 관련자료에 의하여 확인된다. 청구법인은 92.11월 OOO시와 쟁점시설물 공사와 관련된 협약을 체결하였으며, 동 협약서에 의하면 청구법인은 쟁점시설물 공사에 소요되는 모든 경비를 부담하고 준공후에는 쟁점시설물을 OOO시에 기부채납하고 그 대신 청구법인은 20년동안 무상으로 쟁점상가 이용권을 취득하는 것으로 되어 있다. 청구법인이 쟁점시설물 공사를 93.2.20부터 96.4.30 기간동안 시행하고, 96.5.6 사용검사, 96.5.7 OOO시로부터 쟁점상가이용권 취득, 96.7.25 쟁점시설물 공사와 관련된 부가가치세 신고, 96.9.3 쟁점시설물의 기부채납등 쟁점시설물 공사와 관련된 일련의 모든업무가 본점소재지 사업장 명의로 이루어진 사실이 관련자료에 의하여 확인된다. 청구법인은 96.7.25 쟁점시설물 공사와 관련된 매출세금계산서와 매입세금계산서를 본점소재지 사업장의 사업자등록번호로 발행 및 수취하고 쟁점부가가치세 확정신고를 하였으며, 처분청은 96.12.16 쟁점부가가치세를 경정고지한 사실이 경정결의서등에 의하여 확인된다. 청구법인은 94.4.10 쟁점시설물의 기부채납으로 취득할 쟁점상가이용권을 관리하기 위하여 쟁점시설물 소재지인 OOO세무서에 별도의 사업자등록을 하고 쟁점상가이용권 관리와 관련된 부가가치세는 OOO세무서에 신고한 사실이 관련자료에 의하여 확인된다.

이상의 사실을 종합하여 보면, 청구법인은 87.11.13 지하상가 건설 및 운영업등을 목적으로 설립 등기를 하고 본점소재지에 사업자등록을 하여 쟁점시설물 공사와 관련된 건설용역의 계약 및 준공검사, 기부채납, 지하상가의 사용권 승인신청, 매입 및 매출세금계산서 수취 및 발급등 일련의 모든 업무를 본점소재지 사업장 명의로 총괄하고 96.7.25 쟁점부가가치세 확정신고를 한 사실이 관련자료에 의하여 확인되며, 또한 쟁점상가이용권을 OOO시로부터 취득하고 쟁점시설물 소재지의 OOO세무서에 별도의 사업자등록을 하고 쟁점상가이용권 관리와 관련된 부가가치세를 납부하는 등 청구법인이 스스로 쟁점시설물과 쟁점상가이용권 관리를 위한 사업장을 각각 별개로 보아 사업자등록과 부가가치세 신고등을 각각 별도로 하면서 쟁점부가가치세를 처분청에 신고한 것은 적법하며, 따라서 신고누락한 공사비(18,806,484,753원)를 과세표준에 합산하여 쟁점부가가치세를 경정결정한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.