신주인수권 양도에 대한 과세 여부(기각)

신주인수권 및 신주인수권증권은 양도소득세 과세대상에 해당하고 양도일 현재 대주주이므로 양도소득세 과세 처분은 정당함

1. 처분개요

청구인은 상장법인인 OOOOO 주식회사(이하 “청구외법인” 이라 한다)의 대주주로, 청구외법인의 유상증자(1999년 6월)시 배정 받은 신주 158,895주중 40,000주(이하 “쟁점신주인수권”이라 한다)를 1999.6.18 OOOOO 주식회사에 377,200,000원(쟁점신주인수권 평가액 9,430원)에 양도하였고, 청구외법인이 1997.3.26 발행한 제98회 무보증신주인수권부사채(액면가액 100억원)를 인수한 OOOOOO 주식회사로부터 신주인수권증권(액면가액 44억원, 이하 “쟁점신주인수권증권”이라 한다)을 분리하여 1997.3.26 취득하였다가 1999.6.21 주식회사 OOOOOOOO OOO에 904,324,000원(액면가 10억원), 주식회사 OOOOO에 904,324,000원(액면가 10억원), 주식회사 OOOOO에 2,170,389,000원(액면가 24억원)에 각각 양도하였으나, 이에 대하여 양도소득세 예정신고를 하지 아니하였다.처분청은 청구인이 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권을 양도할 당시 청구외법인의 대주주에 해당하고, 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권이 양도소득세 과세대상에 해당하는 것으로 보아, 1998.12.31 신설된소득세법 제94조제3호,동법시행령 제157조제4항 규정을 적용하여 청구인에게 1999년 귀속분 양도소득세 1,052,656,491원을 경정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 2004.6.30 이 건 심판청구를 제기 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 1999년에 양도된 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권을 양도소득세 과세대상으로 보았으나, 1998.12.28 신설되어 1999.1.1부터 시행된소득세법 제94조제3호의 규정에 의하면, 양도소득세 과세대상은 한국증권거래소에 상장된 주식으로서 대통령령이 정하는 경우 로 한정하고 있으며,소득세법시행령 제157조제4항에서도 주권상장법인의 주식을 양도하는 경우 로 규정하고 있을 뿐 신주인수권 및 신주인수권증권에 대하여는 과세근거에 관한 규정이 없으며, 1999.12.31 개정되어 2000.1.1부터 시행된 소득세법시행령 제157조 제4항에 종전의 상장법인의 주식 또는 출자지분에 신주 인수권이 포함된다고 규정함으로써 신주인수권 및 신주인수권증권의 경우 2000.1.1이후 양도분부터 과세되는 것으로 보아야 할 것임에도, 1999년에 양도된 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권에 대하여 과세한 것은 소득세법의 기본원칙인 열거주의 및 소급과세 금지 원칙에 위배된 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

청구인이 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권의 양도일 현재 청구외법인의 대주주에 해당하고, 신주인수권 및 신주인수권증권은 그 경제적 실질이 주식과 동일하다고 볼 수 있으며, 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권이 양도될 당시 시행되던소득세법시행령 제157조제4항 규정의 주식 의 범위에는 신주인수권증권 도 포함되는 것으로 해석되므로, 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권의 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점신주인수권 및 신주인수권증권을 양도소득세 과세대상으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

소득세법 제94조【양도소득의 범위】양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령 령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득(1998.12.28 신설)소득세법시행령 제157조【토지 등의 범위】

④ 법 제94조 제3호에서 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것 이라 함은증권거래법 제2조제12항의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 유가증권시장 이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 주권상장법인 이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 장 에서 주식등 이라 한다)의 합계액 중 100분의 5 이상에 해당 하는 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 주주 1인 이라 한다) 및 그와국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 기타주주 라 한다)가 당해 법인의 주식등의 합계액의 100분의 1 이상(유가증권시장을 통하지 아니하고 양도하는 주식 등을 포함한다)을 양도하는 경우의 당해 주식 등을 말한다. 이 경우 제158조 제1항 제1호 제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다(1998.12.31 신설)소득세법시행령 제157조【토지 등의 범위】

④ 법 제94조 제3호에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 증권거래법 제2조제12항의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 유가증권시장 이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 주권상장법인 이라 한다)의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 주식 등 이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 대주주 등 이라 한다)가 양도하는 주식 등을 말한다. 다만, 제158조 제1항 제1호 제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다(1999.12.31 개정)

1. 주권상장법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 주주 1인 이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 기타주주 라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득 함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타 주주를 포함한다(1999.12.31 개정)

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주(1999.12.31 개정)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 청구외법인의 유상증자(1999년 6월)시 부여받은 신주 158,895를 배정받을 수 있는 권리 40,000주에 해당하는 신주인수권(이하 “쟁점신주인수권”이라 한다)를 1999.6.18 OOOOO 주식회사에 377,200,000원(쟁점신주인수권 평가액 9,430원)에 양도하였고, 청구외법인이 1997.3.26 발행한 제98회 무보증신주인수권부사채(액면가액 100억원)에서 분리된 신주인수권 증권(액면가 44억원, 이하 “쟁점신주인수권증권”이라 한다)을 1997.3.26 무보증신주인수권부사채의 인수자인 OOOOOO주식회사로부터 취득하여 1999.6.21 주식회사 OOOOOOOO OOO 등 3개 법인에 양도한 사실, 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권의 양도에 대하여 양도소득세 예정신고를 하지 아니한 사실, 쟁점신주 인수권 및 신주인수권증권의 양도일 현재 상장법인인 청구외법인의 대주주에 해당하는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권을 양도할 당시 청구외법인의 대주주에 해당하고, 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권이 양도소득세 과세대상에 해당하는 것으로 보아, 1998.12.31 신설된소득세법 제94조제3호,동법시행령 제157조제4항 규정을 적용하여 이 건 과세한 사실이 처분청의 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 1998.12.28 신설되어 1999.1.1부터 시행된소득세법 제94조제3호의 규정에 의하면, 양도소득세 과세대상은 한국증권 거래소에 상장된 주식으로서 대통령령이 정하는 경우 로 한정하고 있고,소득세법시행령 제157조제4항에서도 주권상장법인의 주식을 양도하는 경우 로 규정하고 있을 뿐 신주인수권증권 의 양도에 대한 과세근거규정이 없으며, 1999.12.31 개정되어 2000.1.1부터 시행된소득세법시행령 제157조제4항에 종전의 상장법인의 주식 또는 출자지분에 신주인수권이 포함된다고 규정함으로써 신주인수권 및 신주인수권증권의 경우 2000.1.1이후 양도분부터 과세되는 것으로 보아야 할 것임에도, 1999년에 양도된 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권에 대하여 과세한 것은 소득세법의 기본원칙인 열거주의 및 소급과세금지원칙에 위배되는 부당한 처분이라는 주장이다.

(4) 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권이 양도소득세 과세대상인지 여부에 대하여 살펴본다.(가) 쟁점신주인수권 및 신주인수권증권이 1999년 6월 양도될 당시 시행되던소득세법시행령 제157조제4항(1998.12.31. 신설)의 규정에는 상장된 주권을 발행한 법인의 주식 또는 출자지분의 양도에 대하여 과세하는 것으로 되어 있고, 동 규정이 1999.12.31. 개정되어 2000.1.1. 이후 양도분부터 적용하도록 한 규정내용에는 주식 또는 출자지분에 신주인수권을 포함하는 것으로 되어 있다.(나) 신주인수권은 발행, 유통, 가격형성 등이 주식시세에 따라 변동하는 특성이 있어 그 경제적 실질은 주식과 동일한 것으로 볼 수 있으므로 1999.12.31. 개정전의소득세법시행령 제157조제4항에서 비록 신주인수권에 관하여 명시적으로 규정한 것이 없다 하더라도 주식 또는 출자지분의 양도에는 신주인수권 및 신주인수권증권을 포함하는 것으로 해석하여야 할 것이며, 이러한 의미에서 주식 또는 출자지분에 신주인수권을 포함한다는 1999.12.31의 개정규정은 창설적 규정이라기 보다는 선언적 확인규정이라고 봄이 타당하다 하겠다(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO O OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO O OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO O).(다) 따라서, 청구인이 양도한 쟁점신주인수권 및 신주인수권 증권은 주권상장법인의 대주주가 양도한 주식 등에 해당하므로 처분청이 이에 대하여 양도소득세를 과세한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.