농업경영체 등록확인서를 제출하지 않은 청구법인에게 법인세 감면 규정을 적용할 수 있는지 여부

농어업경영체 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와는 달리 감면요건을 충족하는 농업회사법인에 해당하는지 여부를 확인하기 위한 것으로서 동 확인서의 제출이 없는 경우까지 법인세를 감면할 수 있다고 해석하는 것은 무리가 있어 보이는 점, 청구법인은 사업연도 종료일을 지나 20XX.X.X.에서야 농업경영체로 등록된 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 양돈업을 영위할 목적으로 2016.4.1. 설립된 법인으로서 2016사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제68조 제1항에 따라 OOO의 세액 감면을 적용하여 법인세(납부세액 : 0원)를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인의 2016사업연도 법인세 신고내역에 대해 사후 검증을 실시하여 청구법인이 농업경영체 등록 없이조특법 제68조에 따른 법인세 감면 규정을 부당하게 적용한 것으로 보아 2017.8.7. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.10.27. 이의신청을 거쳐 2018.3.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인에 대한 세액 감면을 배제하여 2016사업연도 법인세를 경정한 처분은 아래와 같은 이유로 부당하다.

(1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바, 조특법 규정을 적용함에 있어서 법률에 근거한 면제요건이 모두 충족되는 경우에는 면제신청이 면제의 요건이라고 볼 수 없다.

(2)조특법 제68조제1항에서 “「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인”을 법인세 감면 대상으로 하고 있고, 같은 법 시행령 제65조 제5항에서 농업경영체 등록 확인서의 제출을 규정하고 있는바, 농업경영체 등록 확인이 법인세 면제의 필요적 요건에 해당된다면 농업경영체 등록을 면제 요건에 명확히 법률에 규정하거나 그 대상을 “「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 농업경영체 등록을 한 농업회사법인”으로 구체적으로 정하여야 한다.

(3) 농업경영체 등록확인서의 제출은 농업회사법인이 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 적법하게 설립된 법인인지 확인하기 위하여 외부기관의 확인을 받은 서류를 제출하도록 한 취지로 보이고, 농업경영체 등록확인서는 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙」제3조에 따라 국립농산물품질관리원은 해당법인이 농업법인 요건에 부합하고, 농업법인이 영위할 수 있는 사업 이외의 다른 사업을 영위하는지에 대해서 심사하고 추후 등록을 갱신할 때마다 주기적으로 다시 확인을 하고 있어 농업법인의 설립과 사업에 대해 과세관청이 별도로 확인하지 않아도 될 수 있도록 하여 과세행정 편의를 위하여 신설된 것으로서 청구법인은 조특법에서 규정하고 있는 법인세 면제요건인 ‘농업회사법인’이라는 주체요건과 ‘식량작물재배업소득 외의 소득’이라는 대상요건을 모두 충족하였으므로 단지 이에 대한 제출 서류등 신청절차를 규정한조특법 시행령 제65조제5항의 “농업경영체 등록확인서”를 제출하지 않았다고 하여 면제대상이 아니라는 처분청 의견은 실질과세의 원칙에 비추어 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 ‘농업경영체 등록’을 하지 않아조특법 시행령 제63조제7항에 따른 ‘농업경영체 등록확인서’를 제출하지 아니하여 감면 요건을 충족하지 못하였다.

(1) 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4조에 따라 ‘농어업 경영체 등록’은 하였으나조특법 시행령 제63조제7항에 따른 농어업경영체 등록확인서를 법인세과세표준 신고기한 이내에 제출하지 못한 경우에는 단순 협력의무 위반으로서 차후 등록확인서를 발급받아 제출하는 경우 감면을 적용할 수 있으나, 청구법인은 2016.12.31. 현재 경영체로 등록한 사실이 없어 등록확인서를 발급제출할 수 없는 경우에는 과세표준과 세액을 결정하기 위해 필요한 관련 자료를 제출하도록 하는 단순 협력의무의 위반이라기보다는 감면요건 자체를 충족하지 못한 것이므로 감면을 배제함이 타당하다.

(2) 농어업경영정보에 등록하기 전에 기자재를 구입하면서 부담한 부가가치세는조특법 제105조의2에 따른 부가가치세 환급 특례를 적용할 수 없는 것으로 해석하고 있어(법규부가2014-17, 2014.1.24 등 다수) ‘농업경영체 등록’이 단순한 협력절차가 아니라 농업인농업법인에 대한 지원을 위한 필수적인 요건에 해당하고, 같은 법 시행령 제63조 제7항에서 농업경영체 등록 후 그 등록확인서를 제출하도록 명시하고 있는 이상 당초부터 농업경영체 등록을 하지 않아 등록확인서를 제출할 수 없는 청구법인의 경우에는 법인세 감면을 적용하기 어렵다.

(3) 감면신청서를 제출하지 않았으나 신청기간이 지난 후 제출하는 경우에는 감면을 적용할 수 있으나(서면법령소득-OOO 2015.10.4) 당초부터 감면요건을 충족하지 못하는 경우에는 감면신청서 제출여부와 상관없이 감면이 배제되는 것이므로 당초부터 경영체등록을 하지 않아 경영체등록확인서를 제출하지 못하는 경우에는 당초부터 감면요건을 충족하지 않아 감면이 배제되는 것이 당연함에도 ‘감면신청’과 ‘경영체등록’을 동일한 성격으로 보아 감면을 적용하여 달라는 주장은 과도한 확장해석으로서 엄격해석의 원칙에 위배된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

농업경영체 등록확인서를 제출하지 않은 청구법인에게 법인세 감면규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법제68조[농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등]

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 “농업회사법인”이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항을 준용하여 감면한다.

⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령제65조[농업회사법인에 대한 세액 감면 등]

⑤ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조[농어업경영정보의 등록]

① 농어업·농어촌에 관련된 융자·보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

1. 농업경영체: 「농업·농촌 및 식품산업기본법」 제40조에 따른 농지·축사·원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자·보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농업경영정보”라 한다)

② 제1항에 따른 농어업경영정보의 등록 및 변경 절차와 농어업경영정보 등록부의 작성·관리 등에 필요한 사항은 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정한다.

(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙제3조[농업경영정보의 등록]

① 농업경영체는 법 제4조 제1항 각 호 외의 부분 전단에 따라 농업경영 관련 정보(이하 “농업경영정보”라 한다)를 등록하려면 별지 제1호서식 또는 별지 제2호서식의 등록신청서를 다음 각 호의 구분에 따른 자에게 제출하여야 한다.

1. 영 별표 1 제5호 각 목에 따른 보조금 등의 신청(이하 “보조금등의 신청”이라 한다)을 하지 아니하는 경우: 국립농산물품질관리원장

2. 보조금등의 신청을 하는 경우: 농지 소재지 관할 읍장·면장 또는 동장(이하 “읍장·면장·동장”이라 한다)이나 국립농산물품질관리원장

② 읍장·면장·동장은 제1항 제2호에 따라 등록신청서를 제출받으면 농림축산식품부장관이 정하는 기간 내에 등록신청서를 제5조에 따른 농어업경영정보시스템 등을 통하여 국립농산물품질관리원장에게 이송하여야 한다.

③ 국립농산물품질관리원장은 제1항 제2호에 따라 등록신청서를 제출받은 경우에는 등록신청서의 내용 중 보조금등의 신청에 관한 사항을 농림축산식품부장관이 정하는 기간 내에 제5조에 따른 농어업경영정보시스템 등을 통하여 읍장·면장·동장에게 알려야 한다.

④ 국립농산물품질관리원장은 제1항 또는 제2항에 따라 등록신청서를 받으면 농업경영정보 등록부를 작성하고, 별지 제2호의2서식의 농업경영체 등록 확인서를 신청인에게 발급해주어야 한다.

⑤ 국립농산물품질관리원장은 농업경영정보를 등록한 농업경영체가 신청하면 별지 제2호의3서식의 농업경영체 증명서를 발급해주어야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 이 건 법인세 신고시 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않은 점에 대해서는 다툼이 없고, 심리자료로 제출된 농업경영체 등록확인서에는 2017.1.5.에 최초로 청구법인이 농업경영체로 등록된 것으로 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,조특법 제68조제1항에서는 2018.12.31. 이전에 끝나는 과세연도까지 농업회사법인의 식량작물재배업소득 등에 대한 법인세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제65조 제5항에서는 농업회사법인은 과세표준신고와 함께 세액감면신청서 및 면제세액계산서와 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 규정하고 있는바, 농업경영체 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와는 달리 감면요건을 충족하는 농업회사법인에 해당하는지 여부를 확인하기 위한 것으로서 동 확인서의 제출이 없는 경우까지 법인세를 감면할 수 있다고 해석하는 것은 무리가 있어 보이고, 이 건의 구체적인 사정을 보아도 청구법인은 2016사업연도 종료일인 2016.12.31.이 지난 2017.1.5.에서야 농업경영체로 등록된 것으로 확인되므로 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니한 청구법인은 2016사업연도 법인세 감면대상에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.