처분청이 연구용역계약서 및 버섯유전자원권양수도계약서와 관련 청구인에게 이 건 종합소득세를 부과한 처분의 당부

처분청도 쟁점법인이 2011∼2014사업연도에 회계상 이익을 과다계상하기 위하여 인건비 등 일부를 비용(손비)계상하지 않고 청구인에 대한 가지급금으로 계상한 것으로 볼 수 있는 측면이 있다고 한 점, 쟁점법인은 조특법 제68조 적용대상이므로 금융기관 차입금을 상환하지 않기 위하여 회계상 이익 과다계상목적으로 인건비 등 일부를 비용(손비)계상하지 않을 수 있다고 보이는 점 등에 비추어 비용(손비)계상하는 대신 청구인에 대한 가지급금으로 계상하였는지 여부를 금융자료 등 객관적이고 구체적인 증빙자료를 통하여 재조사하고 그 결과에 따라 이 건 종합소득세의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 소재 농업회사법인주식회사OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 대표이사이고, 2010.9.1. 쟁점법인과 청구인이 2010.9.1.부터 2015.8.31.까지 쟁점법인에게 OOO을 OOO원에 공급하기로 하는 ‘연구용약계약서’(이하 “연구용역계약서”라 한다)를 작성하였으며, 2011.8.10. 쟁점법인과 청구인이 보유한 OOO을 쟁점법인에게 OOO원에 양도하기로 하는 OOO를 작성하였다.

나. 청구인은 연구용역계약서 및 OOO계약서와 관련 2011∼2014년 귀속(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 종합소득세 확정신고를 하지 아니하였고, 처분청은 쟁점법인에 대하여 법인세간편조사를 실시한 결과에 따라, 연구용역계약서와 관련 청구인의 쟁점과세기간 사업소득총수입금액과 사업소득금액(기준경비율 적용 추계결정) 합계를 OOO원으로 하고, OOO계약서와 관련 OOO원을 청구인의 2011년 귀속 기타소득으로 보아 OOO원을 기타소득금액으로 하여, OOO을 각 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.6.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점법인은 2011∼2014사업연도에 회계상 이익이 적게 발생하면 금융기관 차입금을 상환하였어야 하므로 회계상 이익을 과다계상하기 위하여 인건비, 원재료비, 시설보수비 등 합계 OOO원을 비용(손비)계상하는 대신 청구인에 대한 가지급금으로 계상한 후 이를 청구인과 OOO의 금융계좌로 송금하였고, 청구인과 OOO의 금융계좌로 송금된 금액에서 쟁점법인의 인건비 등을 지급하였으며, 청구인에 대한 가지급금을 형식적으로 연구용역계약서 및 OOO계약서와 관련한 무형자산과 계정대체 하였는바, 처분청은 상기 청구인 주장이 타당한지 여부를 금융자료 등을 통하여 확인하는 재조사를 실시하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 이 건 심판청구시 제출한 “2011∼2014사업연도 쟁점법인의 가지급금 중 쟁점법인 관련 지출내용”내역서를 보면, 쟁점법인이 2011∼2014사업연도에 회계상 이익을 과다계상하기 위하여 인건비 등 일부를 비용(손비)계상하지 않고 청구인에 대한 가지급금으로 계상한 것으로 볼 수 있는 측면이 있으므로, 처분청이 객관적이고 구체적인 금융증빙자료를 통하여 상기 청구인 주장이 타당한지 여부를 확인하는 것이 필요하다고 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

처분청이 연구용역계약서 및 OOO계약서와 관련 청구인에게 이 건 종합소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제19조(사업소득)

① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

13. 전문, 과학 및 기술서비스업(대통령령으로 정하는 연구개발업은 제외한다. 이하 같다)에서 발생하는 소득

20. 제1호부터 제19호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적·반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득 제21조(기타소득)

① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권·어업권·산업재산권·산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품

(2) 소득세법 시행령 제48조(사업소득의 수입시기) 사업소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

5. 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 호에서 "건설등"이라 한다)의 제공 용역의 제공을 완료한 날(목적물을 인도하는 경우에는 목적물을 인도한 날). 다만, 계약기간이 1년이상인 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 작업진행률(이하 "작업진행률"이라 한다)을 기준으로 하여야 하며, 계약기간이 1년미만인 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 작업진행률을 기준으로 할 수 있다.

8. 인적용역의 제공 용역대가를 지급받기로 한 날 또는 용역의 제공을 완료한 날 중 빠른 날.(단서 생략) 제50조(기타소득 등의 수입시기)

① 기타소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

1. 법 제21조 제1항 제7호에 따른 기타소득(자산 또는 권리를 대여한 경우의 기타소득은 제외한다) 그 대금을 청산한 날, 자산을 인도한 날 또는 사용·수익일 중 빠른 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 자산을 인도 또는 사용·수익하였으나 대금이 확정되지 아니한 경우에는 그 대금 지급일로 한다.

(3) 국세기본법 제14조(실질과세)

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 OOO 등을 영위하는 쟁점법인의 대표자이다.

(2) 청구인은 2010.9.1. 쟁점법인과 청구인이 2010.9.1.부터 2015.8.31.까지 쟁점법인에게 OOO에 공급하기로 하는 연구용역계약서를 작성하였다.

(3) 청구인은 2011.8.10. 쟁점법인과 청구인이 보유한 OOO을 쟁점법인에게 OOO원에 양도하기로 하는 OOO계약서를 작성하였다.

(4) 청구인이 2010.9.1. 쟁점법인과 작성한 연구용역계약서의 일부내용은 아래와 같다.

(5) 청구인이 2011.8.10. 쟁점법인과 작성한 OOO계약서의 일부내용은 다음과 같다.

(6) 청구인은 연구용역계약서 및 OOO계약서와 관련 쟁점과세기간 종합소득세 확정신고를 하지 아니하였다.

(7) 처분청은 쟁점법인에 대해 법인세간편조사를 실시하였고 그 결과, 연구용역계약서 및 OOO계약서와 관련 청구인의 쟁점과세기간 소득금액을 아래 ＜표1＞과 같이 결정(사업소득금액은 기준경비율 적용 추계결정)하여 청구인에게 이 건 종합소득세를 부과하였다. ＜표1＞ 처분청이 청구인의 쟁점과세기간 소득금액을 결정한 내역

(8) 청구인 주장은 쟁점법인이 2011∼2014사업연도에 회계상 이익이 적게 발생하면 금융기관 차입금을 상환하여야 하므로, 회계상 이익을 과다계상하기 위하여 인건비 등을 비용(손비)계상하지 않고 청구인에 대한 가지급금으로 계상하였다가, 청구인에 대한 가지급금을 연구용역계약서 및 OOO계약서와 관련한 무형자산과 계정대체 하였다는 것이다.

(9) 청구인은 쟁점법인이 2011∼2014사업연도 중 청구인에 대한 가지급금으로 계상한 금액 중 OOO원은 그 실질이 인건비 등 손비라고 주장하고 있으며, 청구인이 제시한 OOO원의 손비 내역은 다음 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구인이 제시한 OOO원에 대한 쟁점법인 손비 내역

(10) 청구인은 위 ＜표2＞와 관련 OOO으로 작성한 “2011∼2014사업연도 쟁점법인의 가지급금 중 쟁점법인 관련 지출내용”내역서 1부를 제출하였고, 청구인이 제출한 위 내역서의 일부내용은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 청구인이 제출한 내역서의 일부내용

(11) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인이 이 건 심판청구시 제출한 “2011∼2014사업연도 쟁점법인의 가지급금 중 쟁점법인 관련 지출내용”내역서가 처분청의 쟁점법인에 대한 법인세간편조사시에는 제출되지 않았으나, 처분청도 이를 보면 쟁점법인이 2011∼2014사업연도에 회계상 이익을 과다계상하기 위하여 인건비 등 일부를 비용(손비)계상하지 않고 청구인에 대한 가지급금으로 계상한 것으로 볼 수 있는 측면이 있다고 한 점, 쟁점법인은 「조세특례제한법」제68조 (농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) 적용대상이므로 금융기관 차입금을 상환하지 않기 위하여 회계상 이익 과다계상목적으로 인건비 등 일부를 비용(손비)계상하지 않을 수 있다고 보이는 점 등에 비추어 처분청은 쟁점법인이 2011∼2014사업연도에 위 “2011∼2014사업연도 쟁점법인의 가지급금 중 쟁점법인 관련 지출내용”내역서와 같이 인건비, 원재료비, 시설보수비 등 합계 OOO원을 비용(손비)계상하는 대신 청구인에 대한 가지급금으로 계상하였는지 여부를 금융자료 등 객관적이고 구체적인 증빙자료를 통하여 재조사하고 그 결과에 따라 이 건 종합소득세의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.