처분청이 쟁점매입세액을 부가가치세 면제대상인 쟁점토지의 공급과 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 것이 타당한지 여부

쟁점토지매매계약서에 청구법인과 매수인은 쟁점건물등은 제외하고 쟁점토지만을 매매한다는 내용 및 청구법인은 쟁점건물 등을 제거(철거)한 후 매수인에게 쟁점토지를 인도한다는 내용 등이 기재되어 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 부가가치세 면제대상인 쟁점토지의 공급과 관련된 매입세액으로 보아 이를 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 제조업을 영위하는 법인으로 OOO 등 8필지 토지 67,847㎡(이하 “쟁점토지”라 한다), 그 지상건물 및 설비(그 지상건물을 포함하여 이하 “쟁점건물등”이라 한다)를 보유하다가, 2015.12.18. 쟁점건물등을 철거(제거)한 후 쟁점토지만을 인도하는 조건으로 아파트시행사인 주식회사 OOO(이하 “매수인”이라 한다)와 쟁점토지를 OOO원에 매매하는 계약을 체결하였고, 2016.12.20. 매수인 앞으로 쟁점토지 소유권이전등기를 마쳐주었다.

나. 청구법인은 2017.9.28. 주식회사 OOO(이하 “철거업체”라 한다)과 쟁점건물등의 해체.철거.처분과 관련한 업무협약을 체결하였고, 철거업체로부터 쟁점건물등 철거의 용역을 공급받은 것과 관련하여 공급가액 합계 OOO원인 세금계산서 2매(2017.9.29. 공급가액 OOO원, 2018.1.2. 공급가액 OOO원으로, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급받았으며, 2017년 제2기(신고기간 2017년 9월) 및 2018년 제1기(신고기간 2018년 1월) 부가가치세 조기환급 신고시 쟁점세금계산서 관련 매입세액 OOO원(2017년 제2기분 OOO원, 2018년 제1기분 OOO원으로, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하였다.

다. 처분청은 2018.11.30. 청구법인이 환급받을 세액으로 신고한 부가가치세 OOO 중 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하고 초과환급신고가산세(쟁점매입세액의 OOO% 상당인 OOO원임)를 부과하여 그 차감잔액인 OOO만을 청구법인에게 국세환급금으로 통지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2016.12.20. 매수인 앞으로 쟁점토지 소유권이전등기를 마쳐준 이후에도 매수인과 쟁점토지 임대차계약을 체결하여 약 10개월 간 쟁점건물등을 부가가치세 과세사업에 공하면서 부가가치를 창출하였으므로 쟁점건물등의 철거와 관련한 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니할 근거가 없는 점, 청구법인은 2016.12.20. 매수인 앞으로 쟁점토지 소유권이전등기를 마쳐준 이후에 쟁점건물등의 철거를 하였는바 토지의 보유를 전제하지 않는 쟁점건물등의 철거는 토지취득과는 전혀 관련이 없으므로 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 쟁점건물등을 철거한 것은 새로운 공장건물 신축목적이 아닌 단지 매수인에게 매매계약조건에 따라 쟁점토지만을 양도하기 위한 것으로, 결과적으로 쟁점토지의 가치를 증가시켜 토지만을 사용할 목적으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 부가가치세 면제대상인 토지의 공급과 관련된 것으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 타당하다(조심 2015전2183, 2015.7.20., 같은 뜻임).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

처분청이 쟁점매입세액을 부가가치세 면제대상인 쟁점토지의 공급과 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 것이 타당한지 여부나. 관련 법률부가가치세법제4조[과세대상] 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급제9조[재화의 공급]

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.제26조[재화 또는 용역의 공급에 대한 면세]

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

14. 토지제39조[공제하지 아니하는 매입세액]

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점토지와 쟁점건물등을 보유하다가, 2015.12.18. 매수인과 쟁점토지를 OOO원에 매매하는 계약을 체결하였고, 그 토지매매계약서(이하 “쟁점토지매매계약서”라 한다)에 나타나는 일부내용은 아래와 같다.

제1조. 매매

1.1 본 계약조건에 따라, 청구법인은 쟁점토지를 매수인에게 매도하고, 매수인은 이를 청구법인으로부터 매수한다.

1.2 명확히 하기 위하여 부연하자면, 청구법인과 매수인은 쟁점건물등은 본 계약에 예정된 매매로부터 제외된다는 점을 인정하고 이에 동의한다. 쟁점건물등에 대해서는 제4.2조의 규정이 적용된다.

제4조. 쟁점토지의 인도 및 임대차

4.1 청구법인이 거래종결일 이후에도 쟁점토지상에서 현재의 사업을 계속 영위하도록 하기 위하여, 청구법인 및 매수인은 제4조 뿐만 아니라 별지2로 첨부된 주요조건들의 내용을 반드시 포함하는 내용의 임대차계약(“임대차계약”)을 체결하여야 한다. 임대차계약은 거래종결일에 개시되어 2018.3.30.에 종료(“임대차기간”)하고, 청구법인은 임대차기간 동안 매수인에게 금 303,333,333원 상당의 월 임대료를 지급한다.

4.2 청구법인은 임대차기간 종료일(“인도일”)까지 쟁점건물등을 제거한 후(다만, 제3.1조에서 정한 환경조사 전에 제거가 불가능한 설비 또는 폐기물은 위 환경조사 종결시까지 제거함) 매수인에게 쟁점토지를 인도한다.

(2) 청구법인은 2016.12.20. 매수인 앞으로 쟁점토지 소유권이전등기를 마쳐주었고, 그 이후에도 매수인과 쟁점토지 임대차계약을 체결하여 약 10개월 간 쟁점건물등을 사용하였다.

(3) 청구법인은 2017.9.28. 철거업체와 쟁점건물등의 해체.철거.처분과 관련한 업무협약을 체결하였고, 그 업무협약서에는 철거업체가 2017.9.30. 이후 쟁점건물등을 해체.철거.처분하여 2018.1.31. 또는 그 이전까지 이를 완료한다는 내용 등이 기재되어 있다.

(4) 청구법인은 철거업체로부터 쟁점건물등 철거의 용역을 공급받은 것과 관련하여 쟁점세금계산서를 발급받았고, 2017년 제2기(신고기간 2017년 9월) 및 2018년 제1기(신고기간 2018년 1월) 부가가치세 조기환급 신고시 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

(5) 청구법인이 이 건 부가가치세 조기환급 신고시 처분청에 환급받을 세액으로 신고한 부가가치세는 OOO이다.

(6) 처분청은 2018.11.30. 청구법인이 환급받을 세액으로 신고한 부가가치세 OOO원 중 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하고 초과환급신고가산세(쟁점매입세액의 OOO% 상당인 OOO원임)를 부과하여 그 차감잔액인 OOO을 청구법인에게 국세환급금으로 통지하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대,「부가가치세법」제26조제1항 제14호에서 토지를 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있고 같은 법 제39조 제1항 제7호에서 부가가치세 면세사업등에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 점, 쟁점토지매매계약서에 청구법인과 매수인은 쟁점건물등은 제외하고 쟁점토지만을 매매한다는 내용 및 청구법인은 쟁점건물등을 제거(철거)한 후 매수인에게 쟁점토지를 인도한다는 내용 등이 기재되어 있는 점, 청구법인은 쟁점토지매매계약서에 나타나는 위 계약조건에 따라 매수인에게 부가가치세 면제대상인 쟁점토지를 공급(양도)하기 위하여 쟁점건물등을 철거한 것으로 보이는 점, 따라서 쟁점매입세액은 부가가치세 면세사업등인 토지의 공급과 관련된 매입세액으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 부가가치세 면제대상인 쟁점토지의 공급과 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.