96.3.30 신설된 소득세법 시행규칙 제80조 제6항의 규정을 90.8.30 이전에 취득하고 96.3.29 이전에 양도한 부동산의 취득가액 산정시 적용할 것인지 여부(취소)

토지의 취득당시 기준시가를 산정함에 있어 청구인이 적용한 소득세법시행령 제164조 제10항의 규정은 95.12.30 신설하면서 같은 법 부칙 제1조 및 제8조에서 이 영은 96.1.1부터 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하였고, 양도일 이후에 신설된 소득세법시행규칙 제80조 제6항의 규정을 적용하여 부동산의 취득당시의 기준시가를 산정하여 자산양도차익을 계산한 처분청의 처분은 위법 부당함

1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 대지 193.775㎡ 및 지상 건물 149.39㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 90.7.28 협의분할에 의한 재산상속을 원인으로 93.2.26 취득하여 96.1.8 매매를 원인으로 96.1.8 양도한 후, 96.3.30 자산양도차익예정신고시 과세미달로 신고하였다. 처분청은 쟁점부동산의 양도에 대하여, 90.8.30 이전에 취득하고 96.3.29 이전에 양도한 토지의 취득당시 기준시가를 소득세법시행령(95.12.30 대통령령 제14860호로 개정된 것) 제164조 제10항의 규정에 따라 90.8.30 직전에 결정된 과세시가표준액과 취득일 직전에 결정된 과세시가표준액이 동일한 경우로서 90.1.1을 기준으로 한 개별공시지가에 곱하는 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 하여 계산하는 것이라 하여 토지분에 대한 취득가액을 과대 계상하였다고 보아 이를 정정하여 98.6.12 청구인에게 96년도 귀속분 양도소득세 69,026,470원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.7.27 심사청구를 거쳐 98.11.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 쟁점부동산을 양도하고 소득세법시행령 제164조 제10항의 규정에 의하여 쟁점부동산의 취득가액의 기준시가를 산출하여 신고하였는 바, 처분청에서는 쟁점부동산을 양도한 후 96.3.30 신설된 소득세법시행규칙 제80조 제6항을 근거로 취득가액의 기준시가가 잘못되었다고 하나, 이는 국세기본법상 소급과세금지원칙에 반하고 확장해석이나 유추해석을 금지하는 조세법률주의원칙에도 위배되는 처분이므로 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견 90.8.30 이전에 취득하고 96.3.29 이전에 양도한 토지의 취득당시 기준시가를 소득세법시행령(95.12.30 대통령령 제14860호로 개정된 것) 제164조 제10항의 규정에 따라 산정함에 있어서, 90.8.30 직전에 결정된 과세시가표준액과 취득일 직전에 결정된 과세시가표준액이 동일한 경우로서 90.1.1을 기준으로 한 개별공시지가에 곱하는 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 하여 계산하는 것(재산 46014-324, 97.9.19)으로서 처분청이 이에 따라 과세하였음을 알 수 있다. 동 규정은 90년 공시지가 제정전에 취득한 부동산에 대한 취득가액 산정 방법을 개선하여 토지과표 현실화 과정에서 지가상승과는 관계없이 양도소득세 부담이 증가되는 문제점을 완화시키기 위한 목적으로 제정된 것이나, 청구주장과 같이 90.8.30 이전 토지의 취득가액이 90.8.30 이후 취득한 토지의 개별공시지가보다 많아지는 모순이 발생함을 방지하기 위해 위 소득세법시행규칙 신설 이전, 위 재무부예규 생산전인 96.3.2 국세청(재일 46014-535)에서 “90.8.30전에 취득한 토지의 환산 기준시가를 소득세법시행령 제164조 제10항의 규정에 따라 계산하는 경우, 토지의 취득일 전에 결정된 과세시가표준액이 직전 결정 과세시가표준액으로 적용됨으로써 그 환산기준시가가 90.1.1 기준 개별공시지가를 초과하는 경우에는 그 초과분은 없는 것으로 한다고 이미 동 규정을 해석하고 있어 소급과세로 보여지지 아니한다 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

96.3.30 신설된 소득세법 시행규칙 제80조 제6항의 규정을 90.8.30 이전에 취득하고 96.3.29 이전에 양도한 부동산의 취득가액 산정시 적용할 것인지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

소득세법시행령 제164조 제10항에 의하면, 「지가공시및토지등의평가에관한법률에 의하여 90.8.30 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 다음 산식 중 과세시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 지방세법상 과세시가표준액을 말한다」고 규정하고 있고, 96.3.30 신설된 같은 법 시행규칙 제80조 제6항에서는 「영 제164조 제10항의 규정을 적용함에 있어 동항 산식 중 분모의 가액은 90.8.30 현재의 과세시가표준액을 초과하지 못하며, 90.8.30 직전에 결정된 과세시가표준액과 취득일 직전에 결정된 과세시가표준액이 동일한 경우로서 90.1.1을 기준으로 한 개별공시지가에 곱하는 그 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 한다」고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 부칙 (96.3.30. 총리령 제562호) 제3조에는 「이 규칙 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 규칙 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다」고 규정하고 있다. 한편, 국세기본법 제18조 제2항에서는 「국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

처분청은 쟁점부동산의 양도에 대하여, 당초 청구인이 신고한 내용대로 과세미달로 결정하였다가, 국세청 감사에서 토지의 취득일이 90.7.28이고 과세시가표준액은 90.8.30 직전에 결정된 과세시가표준액(259등급)과 취득일 직전에 결정한 과세시가표준액이 동일하고, 고시된 90년 개별공시지가는 ㎡당 4,500,000원으로서 90.1.1을 기준으로 한 개별공시지가에 곱하는 비율이 100분의 100을 초과하므로 위 관련법령에 따라 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 보아 취득당시 기준시가를 ㎡당 4,500,000원으로 토지의 취득가액을 계산하였어야 함에도 청구인이 신고한 취득가액 ㎡당 5,779,130원으로 결정함은 잘못이라고 지적됨에 따라 이 건 과세한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. 청구인은 소득세법시행규칙 제80조 제6항이 96.3.30 신설되어 공포한 날부터 시행한다고 규정하고 있음에도 이를 소급 적용함은 부당하다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점부동산을 90.7.28 취득하여 96.1.8 양도하였고, 쟁점부동산중 토지의 개별공시지가는 90.8.30 최초로 고시되었으며, 토지의 취득당시 기준시가를 산정함에 있어 청구인이 적용한 소득세법시행령 제164조 제10항의 규정은 95.12.30 신설하면서 같은 법 부칙 제1조 및 제8조에서 이 영은 96.1.1부터 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하였고, 처분청이 적용한 같은 법 시행규칙 제80조 제6항의 규정은 96.3.30부터 시행하되, 양도소득에 관한 개정규정은 이 규칙 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있어 이 건의 경우는 위 개정된 시행규칙의 적용대상이 아니라 하겠다.

특히, 국세기본법 제18조 의 규정에 의하면 국세를 납부할 의무가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다는 소급과세금지를 규정하고 있으므로 쟁점부동산의 양도일 이후에 신설된 소득세법시행규칙 제80조 제6항의 규정을 적용하여 쟁점부동산의 취득당시의 기준시가를 산정하여 자산양도차익을 계산한 처분청의 처분은 위법 부당하다(97중 2681, 98.7.29, 같은 뜻임)고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.